תשתיות הביוב והניקוז בירושלים המזרחית כולה סובלות מהזנחה רבת שנים. כמה מהשכונות אינן מחוברות כלל למערכת הביוב העירונית, ועדיין נעשה בהן שימוש בבורות ספיגה. בשכונות אחרות מערכת הביוב העירונית ישנה מאוד או שאינה מתוחזקת כראוי. על-פי הערכה רשמית של חברת הגיחון – תאגיד המים והביוב של ירושלים – חסרים כיום בירושלים המזרחית שבעים קילומטרים של קווי ביוב.
הצפות הניקוז והביוב הנגרמות תדיר יוצרות תנאים תברואתיים קשים: הביוב זורם לעתים בסמיכות רבה לבתי המגורים ולאזורי משחק של ילדים; פגעי מזג האוויר מחריפים את המצב הקיים ומגבירים את הסכנה לבריאות התושבים. על אף תלונות חוזרות ונשנות של התושבים, במקומות רבים לא נעשו ולא נעשים כל תיקונים או שיפורים.
הנחת קווי ביוב וניקוז חדשים מותנית בתשלום אגרות גבוהות והיטלי פיתוח יקרים שאינם בהישג ידם של התושבים, אולם גם במקרים שבהם התושבים מוכנים לממן את עלויות הנחת הביוב, הרשויות מתעכבות לרוב בביצוע העבודות.
בניית גדר ההפרדה הביאה אף היא לבעיות בתחום הביוב: כמה קילומטרים של קווי ביוב נשברו במהלך העבודות על הגדר.
קישורים:
דוח האגודה: זכויות אדם בירושלים המזרחית: עובדות ונתונים, מאי 2010
זכויות תושבי ירושלים המזרחית – דף ראשי