קביעותיה והמלצותיה של ועדת טירקל משמעותיות מאד ומצביעות על ליקויים וחוסרים חמורים הן בחקיקה הפלילית בישראל הן במנגנוני החקירות במערכת הביטחון, ובכלל זאת בצה"ל, בשב"כ ובמשטרה. הוועדה אמנם קבעה כי מנגנוני החקירה עומדים בדרך כלל בסטנדרטים הבינלאומיים, אולם תחת כותרת זו הביעה ביקורת חריפה על כל מרכיבי החקירה, החל מההחלטה העקרונית מהן הפרות שדורשות חקירה ("מה לחקור?"), דרך הקריטריונים לפתיחה בחקירה ("מתי לחקור?") ועד לאופן בו מתנהלות החקירה עצמן ("איך חוקרים?").
בין המלצותיה החשובות של הוועדה, שהאגודה לזכויות האזרח מברכת עליהן – עיגון של נורמות המשפט הבינלאומי בנוגע לפשעי מלחמה בחקיקה הפלילית הישראלית; הטלת אחריות פלילית על מפקדים צבאיים ועל מקבלי החלטות אזרחיים וניתוק הקשר בין תחקיר מבצעי לבין החלטה האם לפתוח בחקירת מצ"ח. הוועדה המליצה לעגן בהוראות המתאימות את מדיניות הפתיחה בחקירת מצ"ח, שהשתנתה בעקבות עתירה של האגודה לזכויות האזרח ובצלם (בג"ץ 9594/03).
חשיבות גדולה נודעת גם להמלצה להגביר את עצמאותו של הפרקליט הצבאי הראשי באמצעות הכפפתו ליועץ המשפטי לממשלה ובכך להחליש את תלותו ברמטכ"ל. עיגון זכויותיהם של הנפגעים לקבל מידע אודות ההליכים הננקטים נגד החשודים בגין פגיעה בהם וקביעת מסגרת זמן מוגבלת לחקירה עשויים להניע את גלגלי הצדק ולייעל משמעותית את עבודת מצ"ח. הטלת חובת תיעוד החקירות על השב"כ והעברת האחריות לבדיקת התלונות כנגד השב"כ למשרד המשפטים תתרום באופן משמעותי להכפפתה של פעילות הארגון לביקורת החוק.
הקמת גוף המתמחה בדיני לחימה במסגרת משרד המשפטים תאפשר פיקוח אזרחי מסוים על עבודת הפרקליטות הצבאית. אין בכך כדי להבטיח עצמאות מלאה של החקירות, שעל חיוניותה עמדה האגודה לזכויות האזרח בפני הוועדה בעל פה ובכתב, אולם יש לקוות שזהו.צעד בכיוון.
יש לוודא שמקבלי ההחלטות לא יתחפרו מאחורי הקביעה הכללית של הוועדה בדבר "התיישבותם, בדרך כלל, של מנגנוני הבדיקה והחקירה של תלונות וטענות בדבר הפרת דיני לחימה עם נורמות המשפט הבינלאומי" ושהמלצותיה הקונקרטיות של הוועדה ימומשו במלואן.
