האגודה לזכויות האזרח עתרה ב-3.6.04 בשמו של מרדכי ואנונו, נגד שר הפנים ונגד אלוף פיקוד העורף, בדרישה לבטל את ההגבלות הקשות, אשר הוטלו על ואנונו לאחר שחרורו מן הכלא. כמו כן מתבקש בג"ץ לקבוע, כי תקנות ההגנה (שעת חירום) מ-1945 ותקנת חירום מ-1948, המאפשרת לאסור יציאה של אזרחים לחו"ל, בטלות. העתירה הוגשה על ידי עו"ד דן יקיר, היועץ המשפטי של האגודה לזכויות האזרח, ועו"ד עודד פלר מהאגודה. לאור המגבלות הקיצוניות, אשר הוטלו על ואנונו ואשר מהוות עבורו ענישה יום-יומית קשה מנשוא, מתבקש בג"ץ לקיים דיון דחוף בעתירה.
ההגבלות שהוטלו על ואנונו כוללות, מלבד איסור היציאה מישראל למשך שנה, עוד שורה של מגבלות קשות. כך נאסר על ואנונו להחליף כתובת מגורים, ללא הודעה של 48 שעות מראש; הוא מחויב להודיע 24 שעות מראש על כל כוונה לצאת מתחומי היישוב, בו הוא מתגורר, תוך פירוט מדויק של היעדים ושל משך השהיה הצפוי בכל אחד מהם; הוא מחויב להודיע יממה מראש בכל פעם, שהוא מתכוון ללון מחוץ לביתו; אסור לו להימצא בטווח של 500 מטרים ממעברי היציאה מישראל באוויר, בים או ביבשה; אסור לו להיכנס או לנסות ולהיכנס לנציגויות דיפלומטיות זרות; לבסוף – נאסר עליו לקיים קשרים או להחליף ידיעות בכל דרך שהיא עם אזרחים או תושבים זרים וכן להשתתף ב"צ`טים" באינטרנט. כל בקשה לחריגה מהגבלות אלה, עליו להגיש בכתב למפקד תחנת המשטרה הסמוכה למקום מגוריו, לפחות 48 שעות מראש.
עורכי הדין יקיר ופלר מציינים בעתירה, כי המגבלות הקשות שהוטלו על ואנונו כופות עליו "תיחום מגורים" מחד גיסא ונידוי חברתי מאידך גיסא, תוך שהן מתעלמות ממצבו של אסיר, המשתחרר לאחר תקופת מאסר ממושכת כל כך – וממצבו המיוחד של ואנונו בפרט. זאת בנוטלן ממנו יכולות בסיסיות של גמישות, ניידות והסתגלות לסביבה, אליה יצא לאחר מאסרו הממושך. כמו כן, נאמר בעתירה, מבשרות ההגבלות לואנונו, כי לא יוכל לקיים חיי חברה עם בני אדם, רק בשל העובדה, כי אינם מחזיקים באזרחות ישראלית. לאור הניכור, שמפגינה החברה הישראלית כלפי העותר, מדגישים עורכי הדין, פירוש הדבר הינו מניעת מגע כלשהו בינו לבין חלק הארי של בני האדם, המבקשים לבוא בקרבתו. מניעת יציאתו של ואנונו מהארץ, נאמר עוד, לא רק שהיא מהווה פגיעה בלתי סבירה בחופש התנועה, אלא שהיא גוזרת את דינו, כך שלא יוכל לשקם את חייו. זאת בכך, שהיא כופה עליו הימצאות בסביבה חברתית המוקיעה אותו, המוסתת לראות בו בוגד ואויב מסוכן, ואשר במחיצתה אין לו כל סיכוי לממש את רצונו וזכותו להקים משפחה, למצוא תעסוקה ולהתפרנס, ולהיות שותף לגיטימי לשיח ציבורי דמוקרטי ופתוח.
עורכי הדין יקיר ופלר מדגישים בעתירה, כי חששן של הרשויות מפני "פגיעה בביטחון המדינה", חשש העומד בבסיס הצדקתן של המגבלות, שהוטלו על ואנונו, הופרך מעיקרו בשנים האחרונות, ובכלל זה בכל התקופה בה הוצא מהבידוד ובא במגע עם אסירים אחרים ובני משפחה (עמם נפגש כמעט לכל אורך תקופת מאסרו). מרדכי ואנונו, מודגש בעתירה, שב ומבהיר בכל הזדמנות, כי אינו מתכוון למסור מידע נוסף, ואף אין ביכולתו לעשות כן. המידע אותו גילה לעתון "סנדיי טיימס", ואשר פורסם בפירוט רב, נוגע למציאות ששררה לפני עשרים שנים ויותר, ואין בידי ואנונו כל מידע נוסף. בהיותו טכנאי בקריה למחקר גרעיני ולא איש מדע, ידיעותיו באשר להליכי ייצור של חומרים גרעיניים מוגבלות לתחום בו עסק, והן ממילא מפורסמות, ניתנות ללימוד ולעיון על ידי כל אדם, ואין בהן כדי לחדש דבר. עוד נאמר בהקשר זה, כי יכולתו של מרדכי ואנונו לפגוע בביטחון המדינה מוטלת בספק רב במבט לאחור, קל וחומר שכך הוא במבט לעתיד, שעליו מבססות הרשויות את ההגבלות החמורות שהוטלו עליו. כך, למשל, החוקר האמריקאי תומס ב` קוקראן, אשר חוקר את תפוצת הנשק הגרעיני, קבע כי אין לואנונו מידע נוסף, העשוי לכרסם במדיניות ה"עמימות"; אין לו מידע באשר למדיניות ההפעלה; מעולם לא היתה לו גישה לתחום הפריסה (הצבת אמצעי שיגור) – ואפילו אם כן, מידע זה הפך להיות חסר ערך לגמרי במרוצת השנים; מאוד בלתי סביר, כי יש ברשותו מידע נוסף באשר לעיצוב הנשק הגרעיני, למידע על ניסויים אפשריים של ראשי נפץ, וגם מאוד בלתי סביר להניח, כי יוכל לחשוף מידע על מקורות ושיטות מודיעין, לרבות שמות של אנשים, וממילא חשיפת השמות בהם הוא נתקל, אין בה כדי לסכן את ביטחונה הלאומי של ישראל. זאת ועוד, אפילו בכירים לשעבר בממסד הביטחוני כבר הביעו את דעתם, כי ההגבלות שהוטלו על ואנונו הינן חסרות תוחלת, וכי אין ברשותו מידע נוסף מעבר לזה שחשף בשנות השמונים. גם ד"ר פרנק בארנבי, פיזיקאי גרעין בעל מעמד בינלאומי, תומך בראייה זו של הדברים.
עורכי הדין מציינים, כי הציטוטים שהובאו ממכתביו של ואנונו במצגת, שהכין המלמ"ב במשרד הביטחון ואשר שימשה בידיו להצדקתן של ההגבלות, הינם חלקיים, נטולי הקשר, מגמתיים ובעיקר נתונים לפרשנות. מכאן, שאין הם אלא בדלי ראיות, אשר אינם עולים לכדי תשתית ראייתית שלמה, מהימנה וראויה. אין בדברים אלה דבר כלשהו המלמד על ידיעה של סודות גרעין חדשים או נוספים, שטרם פורסמו, או על כוונה או יכולת לפגוע בביטחון המדינה. חוות הדעת הפסיכיאטריות, שהוזכרו בידי המלמ"ב, יחיאל חורב, כבסיס לסכנה, הנשקפת מואנונו לביטחון המדינה, נכתבו על סמך צפייה בקלטת וידאו ועיון במכתביו, מבלי שהפסיכיאטר המומחה פגש כלל את ואנונו!
לאור דברים אלה ובהתבסס על שורה של ראיות נוספות, אין מנוס מן המסקנה, כי ההגבלות הוטלו על ואנונו כדי לשמר את מדיניות ה"עמימות" הגרעינית של ישראל, תוך מניעה של שיח לגיטימי אודותיה. ההגבלות, נאמר עוד בעתירה, משקפות תפיסה של נקם, ענישה והרתעה ולא הגנה על ביטחונה הלאומי של ישראל – מטרתן המוצהרת.
בנוסף לטענה, כי אין עילה להטיל מגבלות על מרדכי ואנונו, מוסיפים עורכי הדין וטוענים, כי על בג"ץ להכריז על בטלותן של תקנות ההגנה (שעת חירום), 1945 ושל תקנה 6 לתקנות שעת חירום (יציאה לחוץ לארץ), 1948, שעליהן מבוססות ההגבלות שהוטלו על ואנונו. זאת כיוון, שאין הן עולות בקנה אחד עם המשטר החוקתי של מדינת ישראל. לפיכך, הטלת המגבלות לכשעצמה, גם ללא בחינת ההצדקה להן במקרהו של ואנונו, אינה עולה בקנה אחד עם חוקי היסוד של מדינת ישראל.
