בג"ץ קבע כי לא יבוטל נוהל משרד הפנים לגבי תושבים המעתיקים את מגוריהם, אך פירש בצמצום רב את הוראות הנוהל
שופטי בג"ץ דחו היום (28.5.2012) את עתירת האגודה לזכויות האזרח ועמותת רופאים לזכויות אדם, וקבעו כי לא יבוטל נוהל משרד הפנים לגבי תושבים שאינם אזרחים – ובהם בעיקר פלסטינים תושבי ירושלים המזרחית – כאשר הם מעתיקים את מגוריהם למקום אחר בארץ. עם זאת קבע בג"ץ כי אין כל הצדקה שפקיד הרישום יפתח בבחינה אקטיבית של "מרכז החיים" של התושב.
בעתירה, שהוגשה בשנת 2007 על ידי עו"ד עודד פלר מהאגודה לזכויות האזרח, מתואר כיצד משרד הפנים סירב לאפשר שינוי רישום כתובת, אלא לאחר מסכת בדיקות מטריחה, וסירב להקנות שירותים בלשכה שליד מקום המגורים החדש. גם לאחר שהמען נרשם, בכל פעם שהתושבים פנו בבקשה לשירותים, משרד הפנים פתח בבדיקות להוכחת "מרכז חיים". אזרחים, חשוב לציין, יכולים לשנות את רישום מענם על ידי משלוח הספח הישן של תעודת הזהות בדואר ללשכה באזור מגוריהם החדש, ותוך כמה ימים יקבלו ספח חדש, בדרך כלל ללא צורך בבדיקה.
משמעות הדבר לתושבים הייתה כי לא ניתן לקבל תעודת זהות חדשה; להנפיק תעודות לידה, פטירה ותמצית מרשם; להתחיל בהליך לאיחוד משפחות עם בן או בת זוג מהגדה המערבית ומרצועת עזה; וכו'. כיוון שלא שינו את רישום המען, גם הרשות המקומית לא נתנה שירותים כגון רישום ילדים לבית ספר, תווי חנייה, וכו'. המוסד לביטוח לאומי, בתורו, פתח בסדרת בדיקות לבירור "מרכז חיים". במסגרת זו הוא הפסיק לשלם גמלאות עד לסיום הבירור. משרד הפנים הסתמך על המוסד לביטוח לאומי (שהסתמך, כאמור, על משרד הפנים), וקבע שאם המוסד לביטוח לאומי חוקר – הרי שהתושב לא הוכיח שהעתיק את מגוריו.
בעקבות הגשת העתירה שינה משרד הפנים את הנוהל פעמיים. בנוסח האחרון נקבע שתושבים יידרשו להציג ראיות ל"מרכז חיים" אם יש אינדיקציה לכך שתושבותם פקעה משום שמרכז חייהם אינו בישראל, למשל, אם לא פנו למשרד הפנים בבקשות לשירותים בשבע השנים האחרונות.
בפסק הדין קבעו הנשיאה בדימ' דורית ביניש והשופטים אסתר חיות וחנן מלצר שמשרד הפנים רשאי להבחין בין אזרחים לבין תושבים לעניין רישומם במרשם, ועל כן אין לבטל את הנוהל. עם זאת, בית המשפט פירש בצמצום רב את הוראות הנוהל הקיים, וקבע, כי בעת הגשת בקשה לשינוי מען, על הפקיד להסתפק באינדיקציות סבילות, דהיינו "מידע המצוי ברשותו מתוך המרשם, או כזה העשוי להיות ברשותו תוך הפעלת מאמצים מועטים". הם הוסיפו כי מסכת הייסורים של דרישת הוכחות וראיות נוספות כפי שהיה נהוג "ראוי לה שתישאר למצבים חריגים ויוצאי דופן".
בכפוף לפרשנות בית המשפט לנוהל נדחתה העתירה והנוהל לא בוטל. כיוון שהשינויים בנוהל הונהגו רק בעקבות העתירה, בית המשפט פסק לזכות הארגונים העותרים 20,000 ש"ח הוצאות.