בג"ץ נתן ב-10.5.04 את פסק דינו בעתירה שהגישה האגודה לזכויות האזרח, בדרישה כי משרד הפנים יחדל מלהעביר מידע ממרשם האוכלוסין לגופים ציבוריים ופרטיים, דוגמת נציבות מס הכנסה, המוסד לביטוח לאומי, רשות השידור והבנקים. העתירה הוגשה בשנת 1998 ונוהלה במשך 6 שנים על ידי האגודה לזכויות האזרח בישראל באמצעות עורכי הדין דן יקיר, דוד אנוך ואבנר פינצ`וק.
נקודת המוצא של פסק הדין היא, שהזכות לפרטיות היא זכות חוקתית, שכל פגיעה בה חייבת להיעשות על פי סמכות מפורשת בחוק ולמטרה ראויה, אך גם במקרה שקיימת מטרה כזו, עדיין חייבת הפגיעה להיות מידתית, כלומר – לא לחרוג מעבר להכרחי לצורך השגת המטרה. השופטת דורנר קובעת בפסק הדין כי הפרקטיקה הקיימת היום, שבה מועבר מידע ממרשם האוכלוסין לרשויות שונות ולבנקים, פוגעת בזכות לפרטיות מעבר לנדרש: העברת המידע לגופים ציבוריים אינה מוגבלת לאותם עובדים הזקוקים למידע לצורכי עבודתם. "אף מאמצים הנעשים להבטיח כי מידע יגיע רק לעובדי הציבור הזקוקים לו", כותבת השופטת, "אינם יכולים לבוא במקום הוראות בתקנות או, למצער, בהנחיות מינהליות. דרישת המידתיות מחייבת למזער את הפגיעה בזכות לפרטיות, על ידי צמצום מספר עובדי הציבור הנגישים למידע; על-ידי צמצום היקף המידע שנמסר, כך שיועבר רק המידע הדרוש; ועל-ידי קביעת היקף המידע בהתחשב בחשיבות התכלית שלשמה הוא נדרש".
באשר לבנקים נקבע, כי חיבור מסופי המחשב של הבנקים למאגר המידע של מרשם האוכלוסין נעשה ללא הסמכה חוקית: החקיקה, המטילה על הבנקים חובה לוודא את זהות לקוחותיהם אינה יכולה להיחשב כהסמכה מפורשת לפגוע בפרטיות האזרחים.
לנוכח זאת הורה בית המשפט למדינה לחדול מהעברת נתונים ממרשם האוכלוסין. יחד עם זאת קצב בית המשפט למדינה פרק זמן של חצי שנה לשם קביעת הסדרים חדשים, שיאפשרו העברות מידע במקרים בהם הדבר הכרחי, אך בהתאם לקריטריונים שיבטיחו פגיעה מינימלית בזכות לפרטיות.
פסק הדין ניתן ברוב דעות של השופטת דליה דורנר והשופט אליעזר ריבלין. השופט אשר גרוניס צידד בדעת הרוב בכל הנוגע להעברות המידע לגופים ציבוריים, ואולם סבר, כי העברת המידע לבנקים נעשית כדין.
עו"ד אבנר פינצ`וק מהאגודה לזכויות האזרח בירך על פסק הדין, אך יחד עם זאת טוען, כי פסק הדין מגלה רק את קצה הקרחון של פגיעות קשות בזכות לפרטיות. מידע רב שנצבר אודות האזרחים עובר מיד ליד ללא הצדקה וללא פיקוח מספיק. יש, הוא אומר, להמשיך ולהיאבק בקלות הבלתי נסבלת, שבה מצליחים רשויות וגופים פרטיים להניח את ידם על מאגרי מידע ולעשות בהם שימוש בלתי חוקי תוך פגיעה בצנעת הפרט.
