בעקבות פנייתה של האגודה לזכויות האזרח לפרקליטות המדינה בקדם-בג"ץ, נענה המשרד לענייני דתות לבקשות לרישום כמוסלמים יהודים-לשעבר אשר המירו דתם לאיסלאם. הפניה לפרקליטות המדינה נעשתה על ידי עו"ד באנה שגרי-בדארנה מהאגודה לזכויות האזרח, בעקבות פניות לאגודה של ארבעה יהודים אשר המירו דתם לאיסלאם, ואשר המשרד לענייני דתות סירב להכיר בתוקפם של פסקי-דין שרעים המעידים על המרת דתם.
המשרד לענייני דתות הערים על הפונים קשיים מרובים בדרך לקבלת האישורים בדבר המרת דתם. אישור המשרד נדרש כדי שההמרה תקבל תוקף לפי המשפט הישראלי, בין השאר לצורך נישואין וגירושין. בין היתר נדרשו הפונים על ידי פקידי המשרד להביא אישורים מן הרבנות הראשית ו/או לעבור בדיקה של ועדה מיוחדת, המורכבת מעובד סוציאלי, פסיכיאטר ופסיכולוג. זאת במטרה לבחון את כנות ההמרה וכתנאי להכרה בהמרת דתם. בפניית האגודה הודגש כי דרישה זו היא בניגוד מפורש לחוק, שמחייב רישום ההתאסלמות על סמך התעודה מבית הדין השרעי, כשם שתעודת גיור מבית-דין רבני מהווה אישור מספיק לרישומו של גיור. בפניה נאמר כי חלק מהפונים עברו מסכת שלמה של נסיונות שכנוע מצד הפקידים במשרד הדתות, במטרה לשנות את דעתם בעניין ההתאסלמות, גם זאת בניגוד לחוק. אחד הפונים אף נדרש להציג בפני פקידת המשרד את תעודת הפטור משירות צבאי, ואילו לפונה אחרת נאמר, שהיא תידרש לעבור בחינה בדת היהודית ובדת האיסלאם. לחצים אלה לווו לעתים בביטויים משפילים ובחדירה גסה לפרטיות. כך הואשמה אחת הפונות על ידי פקידי המשרד כי היא "בוגדת בעם היהודי". אף ההיענות לדרישות הבלתי-חוקיות של פקידי המשרד לא הועילה. כך למשל לאחד הפונים, שהסכים בלחץ הפקידים להתייצב בפני הועדה, נקבעו חמישה מועדים להתייצבות בפניה, שכולם בוטלו ברגע האחרון.
בשיחה שקיימה עו"ד שגרי-בדארנה עם פקידה ממשרד הדתות, אישרה הפקידה שאכן המשרד דורש לקבל אישור של ועדה פנימית לצורך הנפקתה של תעודה המעידה על המרת הדת. כן אישרה פקידה מהמחלקה המשפטית של המשרד כי לכל דת יש הליך שונה.
בפניה לפרקליטות המדינה טענה עו"ד שגרי-בדארנה, כי דרישותיו של המשרד לענייני דתות מן המתאסלמים אינן חוקיות, ומהוות פגיעה קשה בזכות לחופש הדת ובזכות לכבוד של הפונים, וכי הן מהוות חריגה מסמכות. כמו-כן טענה, כי החוק מחייב את המשרד לרשום את דבר ההמרה לאחר שיוודא את זהות המבקש ועל סמך תעודה ציבורית מראש העדה הדתית אליה הצטרף המבקש, וזאת ללא כל דרישות נוספות. עוד נטען, כי ההבדלים בנהלים בין הממירים דתם לדתות שונות מצביעים על אפליה על רקע דתי. כאמור, בעקבות הפניה נענה המשרד לענייני דתות להנפיק את התעודה לארבעת הפונים ללא כל דרישה נוספת.
