הוועד הארצי לראשי הרשויות המקומיות הערביות, מרכז עדאלה, האגודה לזכויות האזרח, המרכז הערבי לתכנון אלטרנטיבי, ובמקום – מתכננים למען זכויות תכנון, עתרו לבג"ץ ב-18.8.2016, בדרישה לבטל סעיף בחוק רשות מקרקעי ישראל, שבו נקבע כי 6 מתוך 14 חברי מועצת מקרקעי ישראל יהיו נציגי הקרן הקיימת לישראל (קק"ל). הארגונים טוענים בעתירתם כי ייצוג של קק"ל במועצת מקרקעי ישראל הוא בלתי חוקי, וכי משעה ש- 43% מבין חברי מועצת מקרקעי ישראל יהיו נציגים של קק"ל, "הופכת קק"ל, אשר מפלה באופן מוצהר לטובת האוכלוסייה היהודית ורואה את עצמה כמשרתת את האינטרסים של אוכלוסייה זו בלבד, לשותפה מלאה ואף מכרעת בהליך קבלת ההחלטות בגוף ממשלתי האמון על ניהול משאבי הקרקע הציבוריים במדינה וקובע את המדיניות הארצית בניהול ופיתוח קרקעות אלה."
עורכות הדין סוהאד בשארה מעדאלה ורגד ג'ראיסי מהאגודה לזכויות האזרח טוענות בעתירה כי "השותפות הנדונה עם גוף אשר קבע באופן מפורש את יעדיו לשרת את האוכלוסייה היהודית בלבד, מהווה פגיעה בזכות לשוויון ובזכות לכבוד של בנות ובני האוכלוסייה הערבית בישראל. פגיעה זו מקבלת משנה תוקף לאור מעמדה של המועצה כגוף ציבורי בעל חשיבות ייחודית, ונוכח הרגישות הקיימת כלפי האוכלוסייה הערבית הנתונה לאפלייה היסטורית בחלוקת משאבים ציבוריים בכלל, ובתחום הקרקעות בפרט. הפגיעה בזכויות החוקתיות של אזרחי המדינה הערבים איננה לתכלית ראויה שכן היא פוגעת בעצמאות הרשויות ובעקרון השוויון בפני החוק והיא אף בלתי מידתית."
באשר לקק"ל כגוף מפלה אשר איננו מחויב לעקרונות השוויון, נכתב בעתירה כי "קק"ל רואה את עצמה כגוף האמון על האינטרסים של העם היהודי בלבד. מתוך ראייה זו, קק"ל נוקטת בעמדה, כי קרקעותיה צריכות להיות משווקות ליהודים בלבד." בעתירת הארגונים הובא ציטוט מתצהיר שהגישה קק"ל בעבר לבית המשפט, שבו נכתב כי "נאמנותה של קק"ל אינה נתונה, ולא יכול שתהא נתונה, לציבור הישראלי כולו. נאמנותה של קק"ל שמורה לעם היהודי לבדו – למענו היא נוסדה ולמענו היא פועלת." על כן נטען בעתירה כי "לאור מטרותיה והצהרותיה הנ"ל, קק"ל ונציגיה אינם יכולים לייצג נאמנה את האינטרסים של כלל הציבור בישראל ללא הבדלי לאום ו/או דת, כפי שהדבר אמור להיות במועצת הרשות. שכן, הייצוג שניתן לקק"ל במועצת הרשות, יאפשר לגוף המצהיר מפורשות כי הוא נוקט בהפליה ופועל לטובת הציבור היהודי בלבד, לקחת חלק פעיל ומכריע בעיצוב מדיניות כה חשובה וחיונית לכלל הציבור ובכלל זה לציבור הערבי."
עורכות הדין בשארה וג'ראיסי טוענות כי מבחינת היסטורית הדברים מקבלים משנה חשיבות לנוכח המדיניות המפלה, ארוכת השנים והמתמשכת של רשות מקרקעי ישראל בהקצאת קרקעות לפיתוח יישובים ערביים. בעתירה הובאו דברים מדו"ח ועדת אור, ועדת החקירה הממשלתית לבירור ההתנגשויות בין כוחות הביטחון לבין אזרחים ערבים באוקטובר 2000, בעניין מצוקת הדיור בחברה הערבית: "בחמישים השנים הראשונות למדינה גדלה האוכלוסייה הערבית פי שבעה לערך. במקביל, נשאר השטח המאפשר בנייה למגורים בעיקרו כמעט ללא שינוי. כתוצאה מכך גדלה הצפיפות ביישובים הערביים במידה ניכרת. מצוקת השטחים לבנייה פגעה קשות בזוגות צעירים שחיפשו להם דיור […] יישובים חדשים לא קמו (להוציא את יישובי הבדווים) וקרקעות מינהל לא שוחררו בדרך כלל לבנייה ביישובים ערביים."
עורכות הדין בשארה וג'ראיסי טענו כי "דווקא בשל האפליה ההיסטורית ממנה סבלה האוכלוסייה הערבית במדינת ישראל בכל הנוגע לחלוקת משאבים ציבוריים, ובמיוחד במשאבי הקרקע, גוברת האחריות המוטלת על רשויות המדינה, האחראיות על ניהול וחלוקת משאבים אלה".
נוסף על כך נטען בעתירה כי התיקון לחוק איננו לתכלית ראויה, משום שפעילות קק"ל במועצת מקרקעי ישראל נגועה בניגוד עניינים מובהק: "השותפות בין הרשות לקק"ל בקביעת המדיניות הקרקעית במדינה הינה בעייתית מחמת שיקולים של ניגוד עניינים בין מטרות קק"ל ויעדיה, כפי שהובאו לעיל, לבין הנורמות שאמורות לחול על המדיניות הקרקעית ועל רשות מקרקעי ישראל כבעלת הסמכות בעניין זה. השותפות המלאה בקביעת המדיניות הקרקעית בין המדינה לבין קק"ל, אשר תכליות השוויון מנוגדות לעקרונותיה כאמור, פותחת פתח לשילובם של שיקולים זרים ובלתי רלוונטיים במערך השיקולים שנשקל על ידי מועצת הרשות, שאינם עולים בקנה אחד עם הצורך לשמור על כללי מינהל תקין ועל עקרונות השוויון והצדק החלוקתי בהקצאת משאבי הקרקע."