מרכז הקליטה במבשרת ציון מיועד החל משנת 1999 עבור עולי אתיופיה, וכיום מתגוררים בו כ-1,300 דיירים (כארבע מאות משפחות). המרכז משמש בית שבו הם מסתגלים לחיים בישראל וכולל גני ילדים, מרפאה, אולפן, חדרי מחשב, כיתות לימוד, ספריה, בית כנסת, מועדונים ושירותים נוספים.
בשנת 2012 ערכו דיירי מרכז הקליטה הפגנה מול מרכז הקליטה, במחאה על החלטת הסוכנות להעלות את שכר הדירה ועל תנאי המחיה הקשים במרכז. בעקבות ההפגנה הגיעו אל האגודה לזכויות האזרח תלונות של דיירי מרכז הקליטה אודות התנכלויות שחוו מצד הסוכנות היהודית עקב השתתפותם בהפגנה, ובין היתר: ביטול שירותי המרכז כגון כביסה, דואר ושירותי התרגום וביטול הטיול השנתי לילדי המרכז. האגודה פנתה אל הסוכנות היהודית בדרישה כי תורה לעובדים במרכז להימנע מלהתנכל לדיירים וכי תפתח בבירור מיידי של ההתנכלויות. בתשובתה הכחישה הסוכנות את הטענות, אולם דיירים במקום מסרו לאגודה כי בעקבות פניותיה פסקו ההתנכלויות והנהלת המרכז הוחלפה.
תשובת הסוכנות היהודית מיום 23.8.12
תשובת הסוכנות היהודית מיום 13.9.12
כמה חודשים לאחר מכן פנתה האגודה בשלישית אל הסוכנות היהודית, עקב סירובו של מנהל מרכז הקליטה דאז לאפשר לדיירים לקיים אספות במועדון הקיים במרכז. עיתוי הסירוב – בסמוך להפגנות שקיימו הדירים, רמז כי הוא קשור לפעולות המחאה שנקטו דיירי המרכז נגד הנהלתו. הסוכנות השיבה כי המועדון משמש את צוות עובדי המרכז, ועל כן לא ניתן לקיים בו אספת דיירים. בלית ברירה נאלצים כיום דיירי המרכז לקיים אסיפות בשטח הפתוח שבמרכז הקליטה.