הפגנה נגד גזענות בפרדס חנה, 2010. צולם על ידי אילן שריףהאגודה לזכויות האזרח פנתה הבוקר (21.5.2013) אל שרת המשפטים לבני בבקשה לפתוח בהליכי משמעת והדחה נגד רב העיר צפת, הרב שמואל אליהו, בשל הסתה גזענית חוזרת ונשנית והתנהגות שאינה הולמת עובד ציבור. לאחרונה הוזכר שמו של אליהו כמועמד למשרת הרב הראשי הספרדי.
פנייתה של האגודה לזכויות האזרח נשלחה בהמשך לתכתובות שניהלה עם משרד המשפטים ב-2011, בעקבות שורה של התבטאויות גזעניות שצוטטו מפי הרב אליהו, ובהן: "הגניבות החקלאיות אצל ערבים הן אידיאולוגיה", "ברגע שאתה נותן מקום לערבי בתוכנו, לוקח לו חמש דקות להתחיל לעשות מה שהוא רוצה", "יהודי צריך להבריח ערבים", "גירוש הערבים מהשכונות היהודיות הוא חלק מאסטרטגיה", ועוד.
במענה מטעם פרקליטות המדינה, נמסר לאגודה לזכויות האזרח כי ההליך המשמעתי נגד הרב מעוכב כיוון שבאותה עת התקיימה חקירה פלילית בנושא, אלא שהחקירה הפלילית נסתיימה כבר בקיץ 2012, בשל קושי להוכיח את הדברים המדויקים שנאמרו על ידי הרב.
בפנייתו של עו"ד אבנר פינצ'וק מהאגודה לזכויות האזרח אל שרת המשפטים, הוא מציין כי "גם אם דברי הבלע הגזעניים של הרב אליהו אינם עולים כדי 'הסתה לגזענות' במובנה הפלילי, עדיין אין בכך כדי לעשותו כשיר וראוי למשרה הרמה של רב עיר. הדעת אינה סובלת, שעובד מדינה בכיר ישתמש במעמד וביוקרה, שנתנה לו המדינה, על מנת להשפיל ולבזות בני אדם, ולרמוס את כבודם ואת זכויות היסוד שלהם. אין המדינה יכולה לשבת בחיבוק ידיים, שעה שעובד בכיר בשירותה מפר את החוק, מסית לגזענות וחותר תחת ערכי היסוד וחוקי היסוד שלה".
עו"ד פינצ'וק מוסיף כי "דברים אלה מקבלים משנה תוקף ודחיפות, לנוכח הידיעות המפתיעות, שלפיהן יש מי המנסים לקדם את מועמדותו של הרב אליהו למשרת הרב הראשי. הוראת החוק המסמיכה אותך לנקוט בהליכים משמעתיים נגד רב עיר נועדה למקרים כגון זה שלפנינו. נסיבותיו החמורות של העניין הן מסוג הנסיבות, שמחייבות את בעלת הסמכות להפעילה ולמצער – לשקול לעשות בה שימוש ולהודיע ברבים על דבר ההחלטה."
