לדברי עו"ד עודד פלר מהאגודה לזכויות האזרח, "טוב עשו חברי ועדת הכספים של הכנסת, אשר בעקבות בג"ץ מחו על העונש הקולקטיבי, והורו על הפחתת סכום האגרה. שמירה על דרכונים היא חשובה מאוד ואולם אגרה אינה קנס, ומשרד הפנים אינו מוסמך להעניש את אזרחי ישראל, שדרכוניהם אבדו או נגנבו."
כזכור, בתחילת 2010 נכנסו לתוקפן תקנות חדשות, אשר קובעות כי עבור דרכון חדש תשולם אגרה בסך 250 ש"ח, ואילו עבור דרכון חדש במקום דרכון שאבד, נגנב או הושמד תשולם אגרה מופרזת בשיעור של 1000 ש"ח. האגודה לזכויות האזרח עתרה לבג"ץ נגד התקנות, בנימוק שה"אגרה" המנופחת במקרים של אובדן או גניבה היא למעשה קנס לכל דבר, שאותו משרד הפנים לא מוסמך לגבות.
בחודש נובמבר 2009 הוציא בג"ץ צו על תנאי, והורה למשרד הפנים לנמק מדוע רכיב הקנס באגרה לא יבוטל. בעקבות זאת, סירבה ועדת הכספים של הכנסת לאשר בחודש דצמבר 2009 הפחתה של האגרה במקרים של אובדן או גניבה לסך של 750 ש"ח, ודרשה ממשרד הפנים להפחית את האגרה עוד. משרד הפנים נאלץ לשוב ולבחון את עמדתו, ובדיון שהתקיים היום הופחתה האגרה במקרים של אובדן או גניבה לסך של 650 ש"ח. עתירת האגודה עודנה תלויה ועומדת בדרישה לבטל את רכיב הקנס שבאגרה.
