רשויות החקירה פועלות בניגוד לחוק כשאינן מוסרות דיווחים מספקים על היקפי החדירה לפרטיות; עלייה של יותר מ- 50% באיסוף מידע על שיחות סלולריות, גלישה באינטרנט ועוד, ללא בקרה של שופט; אין דרך לדעת כמה אנשים נפגעו מהחדירה לפרטיותם, ולאף אחד אין דרך לדעת האם המשטרה בדקה אודותיו. נציג חברה סלולרית: המקרה החריג של איסוף מידע אישי ללא התערבות שופט, הפך לנורמה.
לדברי עו"ד דורי ספיבק, המייצג את האגודה לזכויות האזרח שעתרה נגד החוק, "האופן שבו מתנהלות רשויות החקירה מצביע על מגמה מדאיגה ביותר של פגיעה רחבת היקף בפרטיות של כולנו על ידי רשויות החוק. הגורמים אשר מורשים לאסוף את המידע הפרטי עלינו, ממאנים לדווח באופן מספק על היקפי הפגיעה בפרטיות, ואילו מהמעט שכן ידוע לנו, עולה תמונה מדאיגה של מינימום ביקורת שיפוטית חיצונית, פגיעה בפרטיות גם לצורך חקירת עבירות קלות, וזלזול בוטה בחוק – דווקא על ידי הגורמים הממונים על אכיפתו, אשר מונעים כל ניסיון לפקח על עבודתם".
חוק נתוני תקשורת, אשר נכנס לתוקף ביוני 2008, מאפשר למשטרה ולרשויות חקירה נוספות לקבל מידע אישי על אזרחים בהיקף חסר תקדים: מידע על מיקומו הגיאוגרפי של אדם בזמן נתון, שמות הגורמים שאליהם התקשר מהטלפון הנייד, אתרי אינטרנט שגלש בהם, אנשים שעמם התכתב באימייל, וכן כל מספרי הטלפון החסויים.
החוק מאפשר פגיעה בפרטיות – גם של אנשים שכלל אינם חשודים, גם בחקירות עבירות בדרגת חומרה קלה, ומבלי לספק הגנה על אנשי מקצוע המחויבים לשמירה על חיסיון, דוגמת עורכי דין, רופאים או עיתונאים. בעתירתה דורשת האגודה לזכויות האזרח לצמצם את תחולת החוק כך שהחדירה לפרטיות תוגבל רק למקרים של חשדות קונקרטיים לעבירות מסוג פשע, תוך הגנה על חיסיון מקצועי, ומבלי לאפשר למשטרה גישה חופשית למאגר מספרי הטלפון החסויים.
בדיונים הקודמים בבית המשפט, נדונה בהרחבה שאלת השמירה על החיסיון המקצועי. במקביל, גורמי החקירה המורשים לאסוף את המידע הפרטי, מתמהמהים בחשיפת היקפי הפגיעה בפרטיות: מצ"ח ורשות המסים, אשר נדרשו על פי חוק לפרסם את היקפי חדירתן לפרטיות עד יוני 2009, טרם עשו זאת; משטרת ישראל העבירה לכנסת את נתוני החדירה לפרטיות מהתקופה יוני 2008-יוני 2009 רק באוקטובר 2009, בעיכוב בלתי-חוקי של למעלה משלושה חודשים. מהנתונים הללו עולה בין השאר כי בעוד שבששת החודשים הראשונים לחוק, הוצאו 755 צווים לקבלת נתונים פרטיים ללא צו שופט, הרי שבששת החודשים העוקבים, צמח המספר ל- 1275 – גידול של יותר מ- 50%. נתון מטריד נוסף בדוח מצביע על כך ש- 1835 צווים לקבלת מידע אישי הוצאו לצורך חקירות עבירות של "פגיעה בסדר הציבורי או החברתי". בדיון מסר נציג חברת פלאפון, כי בניגוד להגיון המקורי של החוק, כ- 42% מבקשות המידע הפרטי שהופנו אל החברה, היו ללא ביקורת שופט.
באוגוסט 2008 הודו נציגי המשטרה במהלך דיון בכנסת, כי פעלו בניגוד לחוק, כאשר דרשו וקיבלו מחברות הסלולר מידע אישי בהיקף החורג מהמותר להם, וכי חלה עליה חדה במספר הגורמים במשטרה המורשים לאשר איסוף נתוני תקשורת גם ללא צו שופט.
