היועץ המשפטי של האגודה, עו"ד דן יקיר, פנה למועצה להשכלה גבוהה ולאוניברסיטת בר אילן בתלונה על מדיניות האוניברסיטה, לפיה מופלים לרעה מרצים שאינם דתיים בקבלה לעבודה ובקידום. בפנייה צויין, כי במהלך עשר השנים האחרונות פנו אל האגודה לזכויות האזרח מספר מרצים, שהתלוננו כי קידומם נפגע בשל היותם לא דתיים, אך הם נרתעו מלצאת למאבק בעניין בשל חשש לעתידם האקדמי. עו"ד יקיר מציין, כי אותה מדיניות של אוניברסיטת בר-אילן רווחת לאורך כל הליך המינוי באוניברסיטה. זאת, החל מהופעת סעיף הקרוי "התאמה למוסד" בטופס האישי של המועמד, בו מציין דיקן הפקולטה אם המועמד הינו דתי או לא, דרך הדרישה ממועמד לא דתי להוכיח הצטיינות גבוהה הרבה יותר ותרומה אקדמית ייחודית מאשר מועמד דתי, וכלה בקביעת מכסה של מרצים לא דתיים ובהשפעת אותה מכסה על סיכויי המינוי של מועמד לא דתי.
לאחר שהגיע לידי האגודה לזכויות האזרח מידע מבוסס ופרטני, ממנו מצטיירת תמונה חמורה ועגומה של מדיניות רשויות האוניברסיטה להפלות מרצים חילוניים בכל הנוגע לתהליך קבלתם לעבודה וקידומם האקדמי באוניברסיטה, פנה עו"ד יקיר לנשיא ולרקטור אוניברסיטת בר-אילן.
מדיניות זו, הדגיש עו"ד יקיר בפנייתו, הינה מדיניות פסולה בהיותה מפלה בשל דת ובשל השקפה. הזכות לשוויון ואיסור האפליה בקבלה ובקידום הסגל האקדמי מעוגנים בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, בחוק שוויון ההזדמנויות בעבודה וכן בכללי המועצה להשכלה גבוהה, האוסרים על אפליה במינוי הסגל האקדמי, בין היתר בשל דת. עוד מוסיף עו"ד יקיר, כי מדיניות זו, לא רק שהיא סותרת מושכלות יסוד של חברה דמוקרטית, המחוייבת לשמור על זכויות האדם, אלא היא אף מפרה בצורה גסה שני עקרונות יסוד, המהווים את עמודי התווך של כל מוסד אקדמי: חופש אקדמי ושאיפה למצויינות.
אף פרופ` פנחס שיפמן מהפקולטה למשפטים באוניברסיטה העברית בירושלים כתב חוות דעת לבקשת מרצה באוניברסיטת בר אילן, לפיה למוסד להשכלה גבוהה אסור באופן חד-משמעי להפלות בין מועמדים שונים לסגל האקדמי לפי מידת "דתיותם". הפרופ` שיפמן קובע כי: "עיקרון חופש הדת והמצפון הוא עיקרון-על שמותר לפגוע בו רק על פי הסמכה חוקית מפורשת. עיקרון זה מחייב ששאלות דת ואמונה יהיו מסורות למצפונו של הפרט ולא יזקפו לחובתו בהציעו עצמו כמועמד למשרה במוסד ציבורי".
עו"ד דרור פרנקל, היועץ המשפטי של אוניברסיטת בר-אילן השיב, כי טענותיו של עו"ד יקיר בדבר אפליית מרצים חילוניים באוניברסיטת בר-אילן אינן נכונות, וכי "בהליכי ההעלאה בדרגה ובכל הליך הקידום המקצועי, אין היותו של המועמד דתי או חילוני נלקחת בחשבון…המשמעות המעשית בדרך כלל היא הדרישה מחבר הסגל לשמור על כבוד האוניברסיטה תוך התחשבות במגמת היסוד שלה כמוסד הדוגל בשמירת תורה ומצוות".
אלא, שבניגוד לדבריו של עו"ד פרנקל, בפועל קיימת מדיניות, המפלה בין מרצים דתיים לשאינם כאלה, כפי שעולה מדברים מפורשים שאמר פרופ` רנון קצוף, דיקן הפקולטה למדעי הרוח. בישיבת ועדת תוכניות לימודים ומינויים של הפקולטה למדעי הרוח, שדנה באיוש תקנים במחלקה למוסיקה אמר הדיקן: "צריך להבהיר שחלק מהאנשים שיועדו ללמד, לא יעלו בתור מינויים ולא בטוח שיעלו. המחלקה עומדת בפני שלושה מינויים, זה מה שמתמקד מהדרישות שאותן הציגו והיא מציעה לגבי כל השלושה אנשים לא דתיים. מחובתי לקיים את המדיניות של האוניברסיטה, והאוניברסיטה כן דורשת התאמה למוסד". עוד מוסיף הפרופ` קצוף, כי כחלק מתפקידו, הוא מופקד גם על שמירת הציביון הדתי של המחלקה. פרופ` קצוף מגדיר את המינויים של המרצים הלא דתיים "כנורות אדומות", ומזהיר מפני הידלקות "שורה של נורות ברצף". בדבריו מתייחס הדיקן למינוי קודם של שני מרצים שאינם דתיים ולמינוי עכשווי של שלושה מרצים חילוניים נוספים במחלקת המוסיקה. עוד מוסיף פרופ` קצוף ומצהיר באותה ישיבה, כי נדרש לו זמן רב כדי להשתכנע באיוש המינוי ובכך שאין אנשים דתיים בתחום האקדמי הספציפי, וכי אינו יכול בלב שלם להמליץ לוותר על הדרישה להתאמה דתית.
עו"ד יקיר העביר את הציטוטים מפרוטוקול הישיבה אל עו"ד פרנקל, היועץ המשפטי של אוניברסיטת בר-אילן, ודרש לדעת האם בכוונת האוניברסיטה לשנות את מדיניותה ולהימנע מאפליית מועמדים חילונים בקבלה לעבודה בקידום. עו"ד יקיר ציין, כי מהפרוטוקול עולה נטייה ברורה וחד-משמעית למתן עדיפות בקבלה לעבודה ובקידום מרצים דתיים, לעומת מרצים שאינם דתיים ושאינם עונים על סעיף ה"התאמה למוסד" . האגודה לזכויות האזרח אף ביקשה את התערבותם של השופטת שושנה נתניהו, סגנית יו"ר המועצה להשכלה גבוהה, ופרופ` נחמיה לב-ציון, יו"ר הוועדה לתכנון ותקצוב. ואכן, בעקבות פנייה זו החליטה השופטת נתניהו, כי הנושא יעלה לדיון באחת מישיבותיה הקרובות של המועצה להשכלה גבוהה.
