"כל אדם זכאי לחירות המחשבה, המצפון והדת; חירות זו כוללת את הזכות להמיר את דתו או את אמונתו, כפרט או כציבור, ברשות היחיד או ברשות הרבים – באמצעות הוראה, נוהג, פולחן ושמירת מצוות" (סעיף 18)
לממסדים הדתיים השונים מונופול והשפעה מרחיקת לכת על תחומי חיים חשובים כגון גיור, נישואין, אימוץ, קבורה, כשרות ועוד.
המדינה מפלה לטובה, בהקצאותיה למוסדות דת, את מוסדות הזרם היהודי אורתודוכסי, על פני זרמים אחרים ביהדות, ועל פני הדתות האחרות – המוסלמים, הנוצרים והדרוזים.
המונופול הניתן ליהדות האורתודוכסית פוגע בחופש הדת והפולחן של הזרמים האחרים ביהדות, שהמדינה אינה מכירה בגיור ובנישואין הנערכים על ידי רבניהם, ומגביל את חופש הפולחן שלהם (למשל, מוגבלת זכותם להתפלל ליד הכותל המערבי). טעמים דתיים מביאים להגבלות, הפוגעות בעיקר באורח החיים החילוני, כגון הגבלות על מכירת מזון, על פתיחת בתי קולנוע ובתי עסק בשבת, וקיום תחבורה ציבורית בשבת.
בניגוד לחוק שהתקבל על ידי הכנסת לא הוקמו בתי קברות חלופיים והמדינה ממשיכה בפועל את המונופול האורתודוכסי על טקסי הקבורה
בישראל. מצב זה מהווה פגיעה בחופש הדת והמצפון.
אין הכרה רשמית בסרבני גיוס מטעמים פציפיסטיים, ובמקרים רבים אין הם מקבלים פטור משירות צבאי.
