שופטי בג"ץ ביקרו בחריפות את הממשלה ואת הכנסת על כך, שאינם פועלים לקידום חקיקה אשר תאפשר את ביטול ההכרזה על מצב חירום, הכרזה התקפה בישראל מאז קום המדינה ואשר מאפשרת לממשלה ליטול לעצמה סמכויות נרחבות, שברגיל נתונות לכנסת. הביקורת הנוקבת הושמעה ב-8.9.04 בעת דיון בעתירה, שהגישה האגודה לזכויות האזרח נגד הכנסת והממשלה, בדרישה לבטל את ההכרזה על מצב חירום בישראל. את העתירה הגיש עו"ד דן יקיר, היועץ המשפטי של האגודה. בסיום הדיון הקציבו השופטים למדינה 6 חודשים נוספים להגשת תשובה מספקת יותר באשר להתקדמותם של הליכי חקיקה חלופיים, שיאפשרו את ביטולה של ההכרזה.
את הביקורת הנוקבת ביטאה בעיקר השופטת דורית ביניש, אשר ישבה בראש ההרכב, יחד עם השופטים מרים נאור ויהונתן עדיאל. בין היתר, היא אמרה לבאת כוח המדינה, עו"ד אסנת מנדל: "זה לא מתקבל על הדעת…משנת 99` אתם חוזרים כמו תקליט בכל פעם על אותם דברים, אבל לא הראיתם שום בדל של חידוש". בתגובה לדבריה של מנדל, שטענה, כי בפועל לא גורמת ההכרזה על מצב החירום לפגיעה של ממש בזכויות אדם, אמרה השופטת ביניש "זה לא כך, זה [מצב החירום] כלי חזק מאוד, אשר משאיר את האפשרות לפגוע בזכויות אדם בכל עת". עוד הוסיפה, כי "הכנסת צריכה לדאוג לעצמה… אנחנו [השופטים] יכולים לשמור על כבודה רק עד גבול מסוים".
ההכרזה על מצב חירום קיימת במדינת ישראל מיום היווסדה. מאז חקיקת חוק יסוד: הממשלה, בשנת 1992, מוגבלת כל הכרזה על שעת חירום לתקופה מקסימלית של שנה. אולם מאז נכנס החוק לתוקף הכריזה הכנסת על מצב חירום בכל פעם מחדש. רק בפעם האחרונה בה חודשה ההכרזה, ביוני האחרון, נקטה הכנסת מידה מסוימת של ריסון וביקורת, כאשר בחרה לאשר את הארכת ההכרזה לששה חודשים בלבד ולא לשנה כבקשת הממשלה. בעתירת האגודה נטען, כי ההחלטה על ההכרזה התקבלה בכנסת שוב ושוב מתוך שיקולים שאינם ממין העניין וללא בחינת התשתית העובדתית המתאימה. ההכרזה, נאמר בעתירה, פוגעת שלא כדין בזכויות האדם ובשלטון החוק, ודינה להתבטל. לעתירה המתוקנת צורפו כל הפרוטוקולים, מאז שנת 2000, של הדיונים בוועדה המשותפת לוועדת חוץ ובטחון ולוועדת חוקה, אשר ממליצה בפני מליאת הכנסת להאריך את תוקף ההכרזה על מצב חירום. פרוטוקולים אלה, שעד לאחרונה היו חסויים ונחשפו לראשונה בעתירת האגודה, מצביעים על כך, שלא נשקלו כלל שיקולי ביטחון, אלא אך ורק שיקולים, הקשורים בתוקפה של החקיקה, אשר תוקפה תלוי בהכרזה על מצב חירום. למרות הבטחות חוזרות ונשנות של משרד המשפטים לתקן את החקיקה הזו, כמעט ולא תוקן אף חוק. עו"ד יקיר הפנה את בג"ץ לדבריו של יהושע שופמן, המשנה ליועץ המשפטי לממשלה, שאמר בגילוי לב בכנסת, כי החשש בממשלה הוא, שתיקון החקיקה, שתוקפה תלוי בהכרזה על מצב חירום, יפתח פתח לתקיפה חוקתית של החוקים הללו לאור חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, בעוד שחוקים קודמים חסינים מפני ביקורת זו. בהקשר זה אמר עו"ד יקיר, כי ההחלטה להכריז שוב ושוב על מצב חירום, רק בשל חשש מהצורך להתעמת עם ביקורת חוקתית, נובעת משיקול זר ועל כן פסול.
