האגודה לזכויות האזרח בישראל עתרה ב- 24.7.03 נגד הכנסת ונגד הממשלה, בדרישה לבטל את מצב החירום, אשר מוכרז באופן קבוע במדינת ישראל. עתירה זו הינה עתירה מתוקנת, שמוגשת בהמשך לעתירה קודמת של האגודה. את העתירה המתוקנת הגיש היועץ המשפטי של האגודה, עו"ד דן יקיר, לאחר שבדיון הקודם בעתירה המקורית, שהתקיים בחודש מארס האחרון, פסק בג"ץ, כי תינתן לאגודה אפשרות לתקן את עתירתה לנוכח הנסיבות הביטחוניות, שהשתנו מאז הוגשה העתירה המקורית בשנת 1999.
ההכרזה על מצב חירום קיימת במדינת ישראל מיום היווסדה. מאז חקיקת חוק יסוד: הממשלה, בשנת 1992, מוגבלת כל הכרזה על שעת חירום לשנה. אולם מאז הוחל החוק הכריזה הכנסת על מצב חירום בכל שנה מחדש. בעתירת האגודה נטען, כי ההחלטה על ההכרזה התקבלה בכנסת שוב ושוב מתוך שיקולים שאינם ממין העניין, וללא בחינת התשתית העובדתית המתאימה. ההכרזה, נאמר בעתירה, פוגעת שלא כדין בזכויות אדם ובשלטון החוק, ודינה להתבטל. לעתירה המתוקנת צורפו כל הפרוטוקולים, מאז שנת 2000, של הדיונים בוועדה המשותפת לוועדת חוץ ובטחון ולוועדת חוקה, אשר ממליצה בפני מליאת הכנסת להאריך את תוקף ההכרזה על מצב חירום. פרוטוקולים אלה, שעד לאחרונה היו חסויים, ונחשפים לראשונה בעתירת האגודה, מצביעים על כך שלא נשקלו כלל שיקולי בטחון, אלא אך ורק שיקולים הקשורים בתוקפה של החקיקה, התלויה בהכרזה על מצב חירום. למרות הבטחות חוזרות ונשנות של משרד המשפטים לתקן את החקיקה שתוקפה תלוי בהכרזה על מצב החירום, כמעט ולא תוקן אף חוק. גם בג"ץ מתח על כך ביקורת חריפה במהלך הדיונים בעתירה המקורית.
בין הדברים שנאמרו בדיוני הוועדה המשותפת ניתן למצוא, למשל, את דבריו של יו"ר הוועדה בשנת 2002, ח"כ דוד מגן, שאמר, כי יש להציג לכנסת גם שיקולים שאינם ביטחוניים, המצדיקים הכרזה על מצב חירום. ח"כ מגן אף הגדיל והוסיף כי ימליץ לממשלה, מתוקף חברותו בוועדת חקירה פרלמנטרית לבחינת המשבר במשק המים, לנצל את סמכותה ולהתקין תקנות לשעת חירום בעניין משבר המים. דבריו אלה של ח"כ מגן הינם דוגמה אחת בלבד לאופי הדיונים בעניין זה בוועדה ולחוסר-הסבירות שבבסיס המלצות הוועדה למליאת הכנסת. עוד עלה בדיוני הוועדה החשש של משרד המשפטים מתיקון החקיקה, שכן ניתן יהיה לתקוף את החקיקה המתוקנת ולטעון, שהיא סותרת את חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו.
עו"ד יקיר מסביר, כי ההכרזה על מצב חירום מקנה לרשות המבצעת סמכויות, אשר מוקנות ברגיל לרשות המחוקקת בלבד. כך, למשל, יש בכוחן של תקנות שעת חירום, שמתקינה הממשלה מכוח ההכרזה, לבטל חוקים שחוקקה הכנסת. בעבר כבר חזר וקבע בית המשפט העליון כי הסמכות הנתונה בידי הממשלה להתקין תקנות מכוח ההכרזה על מצב חירום פוגעת קשות בערכים הדמוקרטיים. בעתירה נאמר עוד, כי מתן סמכות זו יכול להיות סביר רק כאשר המדינה נמצאת במצב חירום, ביטחוני או אחר, המונע באופן פיזי את הגישה לכנסת, וכתוצאה מכך נוצר מצב שיש בו כדי למנוע חקיקה בידי הכנסת. מתן סמכות חקיקה בידי הממשלה שלא במצב חירום אמיתי אינה הולמת משטר דמוקרטי.
עוד נאמר בעתירה כי להכרזה על מצב חירום ישנן שתי השלכות עיקריות: ההכרזה מסמיכה את הממשלה, ובמקרים דחופים אפילו את ראש הממשלה לבדו, להתקין תקנות לשעת חירום. בנוסף, קיימים חוקים, אשר תוקפם מותנה בהכרזה על מצב חירום, ואשר ניתנים להפעלה רק בהתקיים מצב כזה. לפיכך, מדגיש עו"ד יקיר, ההכרזה על מצב חירום מאפשרת הטלתן של הגבלות קשות על חופש הביטוי, סמכויות נרחבות להפקעת קרקעות, לפיקוח על מוצרים ושירותים (ובכלל זה על שירותים שאינם רלבנטיים לקיומה של שעת חירום, כמו סחר ביהלומים ושירותי מיזוג), ועוד. בעתירה נטען, כי חוקים אלו פוגעים בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו. השימוש הנפוץ ביותר בתקנות לשעת חירום הוא הוצאת "צווי ריתוק" לעובדים בעת שביתה, צווים שיש בהם כדי לפגוע בחירות השביתה של העובדים. זוהי חירות שבית המשפט העליון הכריז עליה כזכות יסוד עוד בטרם חקיקת חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, ואילו אחרי חקיקתו של חוק היסוד היא הוגדרה כזכות חוקתית.
