בג"ץ קיבל ב-21.1.03 את עתירת האגודה לזכויות האזרח בישראל נגד יו"ר ועדת הבחירות המרכזית לכנסת ה-16, השופט מישאל חשין. העתירה הוגשה על ידי עו"ד דן יקיר, היועץ המשפטי של האגודה, בדרישה לאפשר לשדר את הקטעים שנפסלו לשידור מתשדירי המפלגות רע"מ ובל"ד בהן נראה הדגל הפלסטיני.
בדיון בעתירה טען נציג פרקליטות המדינה כי אין לאפשר עתירה ציבורית במקרה זה, בו הנפגעות הישירות (רע"ם ובל"ד) בחרו שלא לעתור. עוד ציין נציג הפרקליטות, כי השופט חשין, יו"ר ועדת הבחירות "סבור, כי שידורם של הקטעים שנפסלו על ידו יפגע פגיעה של ממש, במידה הקרובה לוודאות, ברגשותיהן של אותן אלפי משפחות שנפגעו במלחמת הטרור שמנהל הצד הפלסטיני, וכי מדובר בפגיעה ממשית וקשה, שאין להצדיקה. באיזון שבין זכותן של המפלגות רע"ם ובל"ד לחופש ביטוי פוליטי לבין האינטרס הציבורי, האיזון נוטה בבירור לטובת פסילת הקטעים שנפסלו."
בתגובה טען עו"ד יקיר, היועץ המשפטי של האגודה, כי עוד בראשית שנות ה-70`, לפני פתיחת שערי ביהמ"ש בפני העותר הציבורי, נפסק שבענייני בחירות לכל אזרח יש אינטרס אישי. עוד ציין עו"ד יקיר, כי חופש הביטוי הוא החופש לשמוע לא פחות מן החופש להשמיע, ולפיכך כל בוחר נפגע מן ההחלטה. לגוף העניין, בהקשר בו מונף הדגל בתשדירי התעמולה לא ניתן לייחס לו משמעות של פגיעה כלשהי בציבור וברגשותיו, ולפיכך אין הצדקה לפסילה. עו"ד יקיר הדגיש, כי תפקידם החוקתי של תשדירי התעמולה הוא לשרת את ציבור הבוחרים, ולכן לכל בוחר יש זכות אישית מובהקת לשמוע ולראות את כל מה שמבקשות המפלגות לשדר.
ב- 21.1.03 קיבלו שופטי בג"ץ את העתירה והורו להתיר את שידור הקטעים שנפסלו. ב- 26.1.03 פורסמו הנימוקים לפסק הדין, שנכתבו על ידי השופטת פרוקצ`יה בהסכמת השופטים שטרסברג-כהן ואנגלרד. השופטים קיבלו את טענת האגודה, שאין בהצגת הדגל הפלסטיני בתשדירים פגיעה כלשהי ברגשות הציבור:
"דגל פלסטין אכן מהווה סמל לזהות לאומית של העם הפלסטיני, ובהיותו דגל של הרשות הפלסטינית ושל ארגון אשף, הוא עשוי להיות מזוהה גם עם גורמים עויינים המעורבים בפעולות טרור כנגד אזרחי ישראל. יחד עם זאת, כדי שהצגתו של דגל פלסטין בתשדירי תעמולת בחירות תיפסל, על ההצגה להיות בעלת תוכן העשוי לגרום לפגיעה ממשית, עמוקה וקשה ביותר, ברגשות בני הציבור בישראל, העשויים לצפות בתשדירים ובמיוחד אל שנפגעו מפעולות טרור. על פי מערך האיזונים הראוי, רק פגיעה מסוג זו תצדיק גריעה או הגבלה של חופש הביטוי בתעמולת הבחירות. צפייה בתוכן התשדירים בענייננו אינה מעלה קיומה של פגיעה מסוג זה." "בשני התשדירים כאחד הצגתו של דגל פלסטין אינה מהווה ענין מרכזי אלא צדדי בלבד. הצגתו נדחקת לסופם של התשדירים ונעשית בהבזק של שניה. ככלל, אין לתמונת הדגל משמעות תוכנית מרכזית הלוכדת את תשומת לבו של הצופה. נסיבות הצגה אלה אינן עשויות להגיע לרמת הפגיעה שיש בה כדי להצדיק את פסילת תמונות הדגל וכדי לפגוע בכך בחופש תעמולת הבחירות של המתמודדות בבחירות, וכדי לפגוע בחופש הנתון לבוחר לקלוט באופן חופשי את מיגוון המסרים הפוליטיים הנעים וזורמים בשיח הפוליטי האופייני להליך דמוקרטי."
לעניין זכות העמידה של האגודה לזכויות האזרח (להלן העותרת), כשמי שנפגעו ישירות (רע"מ ובל"ד) החליטו לא לעתור בעניין נקבע:
"זכות עמידה קנויה לעותרת גם כמי שמייצגת את עניינו של הבוחר כבעל עניין ישיר בהליך הבחירות, ולא רק את עניינן של המפלגות שקטעי תשדיריהן נפסלו." "העותרת בעתירתה לסעד ביחס לאותן החלטות אינה באה בנעליהן של אותן רשימות. לאמיתו של דבר, היא מבקשת להגן בעתירתה לא רק על זכויות המפלגות לחופש ביטוי פוליטי במסגרת שידורי התעמולה, אלא גם לתת ביטוי לאינטרס ציבורי אשר נועד להבטיח, בצד ההגנה על חופש הביטוי של המועמד בבחירות, גם את זכויות הבוחר." "העותרת טוענת, בעיקרם של דברים, לפגיעה באינטרס ציבורי חוקתי חשוב הנוגע להגבלת חופש התעמולה של מפלגות המתמודדות בבחירות. היא מייצגת בטענה זו אינטרס החורג מעניינן של שתי המפלגות בהן מדובר. היא מייצגת את עניינו של ציבור הבוחרים שחבריה נמנים עליו. יש, איפוא, להכיר בזכות עמידתה במשפט, ולברר את עתירתה לגופה."
עו"ד דן יקיר בירך על החלטת בג"ץ, וציין שיש בה כדי לחזק את חופש הביטוי בכלל, ואת זכותם של הפלסטינים אזרחי ישראל להתבטא בחופשיות בפרט.
