ב- 26.5.02 התקיים דיון בעתירת האגודה לזכויות האזרח נגד משרד הפנים, אשר דרשה, כי משרד הפנים יחדל מלהעביר מידע ממרשם האוכלוסין לגופים ציבוריים ופרטיים, דוגמת נציבות מס הכנסה, המוסד לביטוח לאומי, רשות השידור והבנקים. בדיון מתחה ראש ההרכב, השופטת דליה דורנר, ביקורת על תגובת המדינה לצו על-תנאי שהוציא בג"צ לפני כעשרה חודשים, ואמרה כי התגובה אינה עונה על כל הליקויים עליהם הצביעה העתירה. עוד ציינה השופטת דורנר, כי על המדינה לפעול מתוך גישה ביקורתית, ולהציע פתרונות ואמצעים שיצמצמו את העברת המידע למינימום ההכרחי. כדוגמא העלתה השופטת דורנר את השאלה, מדוע צריכים פקידי מס הכנסה לקבל פירוט שוטף על נסיעותיהם לחו"ל של כל תושבי ישראל, במקום שיגישו שאילתה פרטנית לגבי אזרח זה או אחר. עוד אמרו השופטים בדיון ש"צריך לעשות איזון, שתהיה סבירות. כדאי שהמערכת תבדוק את עצמה לפני שניתן פסק דין… לא צריך להעביר את כל המידע שבמחשב". העתירה נקבעה לעיון כדי שיינתן פסק הדין.
בדיון ציין עו"ד אבנר פינצ`וק מהאגודה לזכויות האזרח, כי רק לאחר שהוגשה העתירה החל משרד הפנים להסדיר את מסירת המידע בהתאם להוראות שבחוק הגנת הפרטיות, וכי עדיין גורמים רבים מקבלים מידע ממרשם האוכלוסין במשרד הפנים מבלי שיהיה בידיהם האישור לכך. עוד אמר עו"ד פינצ`וק, כי קיים חוסר אחידות מבחינת נהלי מסירת המידע ואבטחתו בין משרדי הממשלה השונים, וכל גוף מחליט באופן עצמאי מהם הנהלים המתאימים לו. עו"ד פינצ`וק הוסיף, כי העובדה שהבנקים מחוייבים לזהות את לקוחותיהם, אינה גוררת אחריה היתר לחיבור בקו ישיר (נל"ן) למירשם האוכלוסין. העברת מידע ממאגרי המידע הציבוריים לידי גורמים פרטיים דוגמת הבנקים, מהווה "קפיצת מדרגה" ומחייבת משנה זהירות.
בשנים האחרונות הוגשו לבתי המשפט מספר אישומים כנגד עובדי מדינה, שהוציאו ממאגרי המידע של המדינה מידע על אזרחים והעבירו אותו לחוקרים פרטיים או לגורמים זרים אחרים. פגיעות חמורות אלה בפרטיותם של האזרחים, אשר מטבען מגלות רק את קצה הקרחון של תופעת השימוש לרעה במאגרי המידע, מחייבות משנה זהירות וקימוץ במידע המועבר ממרשם האוכלוסין לגורמים אחרים, כך נאמר בעיקרי הטיעון שהגיש עו"ד פינצ`וק לבג"צ לקראת הדיון.
העתירה הוגשה בדצמבר 1998 על-ידי עוה"ד דוד אנוך ודן יקיר מהאגודה לזכויות האזרח.
בעתירה נאמר, כי העברת המידע ממרשם האוכלוסין, מהווה הפרה של הזכות לפרטיות, וכי עקרון הגנת הפרטיות זכה לעיגון כזכות חוקתית בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו ומתוקף מעמדו זה יש לבחון כל חקיקה ופעולה מנהלית לאורו. עוד נדרש בעתירה, כי משרד הפנים יפרסם נהלים וקריטריונים להעברת מידע ממרשם האוכלוסין לכל גורם אחר – ציבורי או פרטי, לרבות מהות המידע המועבר, אופן העברתו והבטחתו.
בעתירה הובאו דוגמאות לשימוש שעושים גורמים שונים במידע המועבר אליהם ממשרד הפנים. כך למשל, בתצהיר שהוגש לבג"צ סיפר ד"ר י` ל` על מקרה שארע לו בסניף של בנק הפועלים בתל אביב, אליו פנה כדי לפתוח חשבון בנק על שם נכדו שרק נולד. ד"ר ל` מסר לפקיד הבנק את מספר תעודת הזהות של נכדו בן ארבעים הימים, ואילו הפקיד הקליד את המספר למסוף המחשב; לא חלפו שניות מעטות והפקיד כבר ידע, רק על סמך מספר הזהות של התינוק, את שם הוריו, מספרי תעודות הזהות שלהם ומקום מגוריהם, זאת על אף שהורי הילד אינם נמנים עם לקוחותיו של בנק הפועלים. בתשובה לתלונתו של ד"ר ל` ענתה רשמת מאגרי המידע, כי אכן מועברים נתונים שונים ממשרד הפנים אל הבנקים, וכי העברת המידע הינה חוקית.
לסיכום נאמר בדיון, כי העובדות והוראות הדין מעלות את החשש, שרשויות המינהל טרם הפנימו את מעמדה של הזכות לפרטיות כזכות חוקתית, ועדיין לא עשו למימושה בנוהליהם ובסדרי העבודה שלהם. לפיכך, מדגישה האגודה לזכויות האזרח, נדרשת התערבותו של בג"צ, כדי להעניק לזכות לפרטיות את המעמד לו היא ראויה לפי המשפט הישראלי, ולממש את כוונת המחוקק בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו, שלא תותר פגיעה בזכות זו אלא משיקולים כבדי משקל.