לפני כשבועיים הגישו ארגוני זכויות האדם לבית המשפט המחוזי בבאר שבע עתירה נגד ההסדר החדש, המאפשר גירוש בכפייה ל"מדינה שלישית", ונגד כליאתם של מבקשי מקלט אזרחי אריתריאה וסודן בשל סירובם להיות מגורשים למדינה שלישית. היום (14.5.2015) מחק בית המשפט את העתירה בקובעו שהיא מוקדמת, לאחר שהמדינה הודיעה שתקיים שימוע נוסף לפני שתכלא את מבקשי המקלט. בעקבות הערות בית המשפט הודיעה המדינה עוד, שלאחר שתתקבל החלטה על העברה למשמורת של מי שיסרב לצאת לאוגנדה או לרואנדה, היא תושהה למשך שלושה ימי עבודה, על מנת לאפשר למבקש המקלט לנקוט הליכים נגדה. בית המשפט חיווה דעתו בפסק הדין, כי ראוי להעניק שבועיים לצורך כך.
עורכי הדין ענת בן דור ואלעד כהנא מהקליניקות לזכויות פליטים באוניברסיטת תל אביב הגישו את העתירה בשם שבעה ארגוני זכויות אדם, ובהם האגודה לזכויות האזרח. עורכי הדין בן דור וכהנא מסרו כי "נאלצנו לפנות לבית המשפט כדי לגלות שנכון להיום לא התקבלה ולו החלטה אחת לכלוא אריתריאים משום שסירבו לצאת לרואנדה או לאוגנדה. עוד גילינו, שהמדינה מודה בפה מלא שהמהלך שהיא מתכננת הוא גירוש לכל דבר ועניין של אריתריאים שזכאים להגנה בינלאומית לרואנדה ואוגנדה. אנו מקווים שמשרד הפנים יאמץ את דבריו של בית המשפט לפיהם יינתנו לכל אדם 14 ימים בטרם כליאתו להגיש עתירה. נמשיך לעקוב אחר הנעשה ובמידת הצורך נשוב לבית המשפט."