בעקבות הודעת היועץ המשפטי לממשלה על כוונתו לזמן לשימוע את רב העיר צפת הרב שמואל אליהו, במידה שזה יהיה מועמד למשרת הרב הספרדי הראשי, האגודה לזכויות האזרח שבה ומזכירה כי לאור התבטאויותיו הגזעניות החמורות, הרב אליהו אינו ראוי גם לתפקידו הנוכחי.
בחודש מאי האחרון פנתה האגודה אל שרת המשפטים לבני בבקשה לפתוח בהליכי משמעת והדחה נגד הרב אליהו, בשל הסתה גזענית חוזרת ונשנית והתנהגות שאינה הולמת עובד ציבור. בין השאר, צוטט אליהו כאומר "הגנבות החקלאיות אצל ערבים הן אידיאולוגיה", "ברגע שאתה נותן מקום לערבי בתוכנו, לוקח לו חמש דקות להתחיל לעשות מה שהוא רוצה", "יהודי צריך להבריח ערבים", "גירוש הערבים מהשכונות היהודיות הוא חלק מאסטרטגיה", ועוד. בתגובה לפניית האגודה מסרה שרת המשפטים לבני כי היא רואה בחומרה את התבטאויות הרב, וכי בכוונתה לבחון את אפשרויות הטיפול בעניין.
לדברי עו"ד אבנר פינצ'וק מהאגודה לזכויות האזרח, "הדעת אינה סובלת, שעובד מדינה בכיר ישתמש במעמד וביוקרה, שנתנה לו המדינה, על מנת להשפיל ולבזות בני אדם, לרמוס את כבודם ואת זכויות היסוד שלהם. הדברים נכונים באשר לתפקיד רב העיר צפת, אותו ממלא כיום הרב אליהו, ומקבלים משנה תוקף על רקע הניסיונות התמוהים לקדם את מועמדותו למשרת הרב הספרדי הראשי. גם אם הרב אליהו 'יתנצל' כפי שעשה בעבר כדי להימלט מאישום פלילי, המחשבה שימונה לרב ראשי בישראל מעוררת חלחלה."
פינצ'וק הוסיף עוד: "החקירה המשטרתית בעניין התבטאויות אליהו הסתיימה בהחלטה שלא להעמידו לדין פלילי, אולם אין בכך כדי להכשיר את דברי הבלע הגזעניים במישור הציבורי והערכי. ראוי שהיועץ המשפטי לממשלה יפרסם את סיכום החקירה, על מנת שהציבור כולו ייחשף לממצאי המשטרה".
