בדיון האחרון בוועדת המשנה בכנסת על הקמת מאגר המידע הביומטרי, שהתקיים ב-23.7.09, הודה נציג משרד הפנים כי לצורך מניעת זהויות כפולות – התכלית המוצהרת של החוק – ניתן יהיה להסתפק במאגר של טביעות אצבע בלבד. בכך, ניתן אישור נוסף לחשש כי הוספת התמונות למאגר נועדה לשם הרחבת אמצעי המעקב של כוחות הביטחון והמשטרה אחר האזרחים.
אם לא יתרחשו עיכובים נוספים, תעלה הצעת החוק להצבעה בקריאה שנייה ושלישית במהלך השבוע הבא. בשלושת השבועות שבהם התקיימו הדיונים על הקמת מאגר המידע הביומטרי התברר כי בהצעת החוק להקמת המאגר חסרה התייחסות לסוגיות קריטיות של אבטחת המידע הרגיש שבמאגר. בפרט, לא נבחנו חלופות אפקטיביות למאגר שאינן פוגעות בזכויות האדם. במקביל, עלתה ביקורת חריפה על הליך החקיקה החפוז, ועל כך שאפילו מקרב הח"כים החברים בוועדת המשנה המצומצמת קיימת בורות רבה באשר לטיבו של המאגר ולסכנות הגלומות בו.
מאגר המידע הביומטרי, אשר צפוי להכיל נתוני טביעות אצבע וזיהוי פנים של כל אזרחי ישראל, זוכה לביקורת רבה מפי אנשי זכויות אדם, משפטנים ומומחי טכנולוגיה, בשל הפגיעה בפרטיות ובשל הסכנה של דליפת מידע ושימוש לרעה בנתונים הביומטריים. המתנגדים מזכירים בין השאר את העובדה שלמאגר המוצע על ידי משרד הפנים אין אח ורע במדינות העולם החופשי.
בהליך חריג, הקים שר הפנים לשעבר, ח"כ מאיר שטרית, ועדת משנה מצומצמת אשר קיימה דיונים כמעט מדי יום, בשעה שרוב הח"כים היו טרודים בחוק ההסדרים וברפורמה בקרקעות. חלק מחברי הוועדה אף הודו כי כלל לא הכירו את הנושא המורכב.
עו"ד אבנר פינצ'וק, האגודה לזכויות האזרח: "לצד הגילויים המדאיגים על חוסר הבשלות של החוק, ועל סוגיות כבדות משקל של אבטחת מידע שכלל לא נבדקו, מצער לראות כי ועדת המשנה מתהדרת בשינויים המינוריים שהוכנסו להצעת החוק, על אף שהשפעתם בטלה בששים. חמור בעיני כי למרות הביקורת החריפה על המאגר, כלל לא נדונו בכנסת חלופות לעצם הקמתו".
