בעקבות תביעה של האגודה לזכויות האזרח יחד עם סטודנטים מאוניברסיטת בן גוריון נגד האוניברסיטה בדרישה לאפשר להם להפגין בתחומי הקמפוס, קבע הבוקר (16.4.08) בית המשפט המחוזי בבאר שבע כי על אוניברסיטת בן גוריון להתיר לסטודנטים לקיים הפגנות בשטחה, ולמחוק מהתקנון את הסעיף הבלתי-דמוקרטי האוסר על קיום הפגנות בנושאים פוליטיים או נושאים שנויים במחלוקת. סעיף ט' בתקנון הפעילות הפוליטית של האוניברסיטה קובע כי "לא תתקיימנה אסיפות או הפגנות פוליטיות תחת כיפת השמים, למעט מקרים מיוחדים של אסיפות בעניינים סטודנטיאליים או בנושאים של קונצנזוס לאומי וציבורי מקיף".
התביעה הוגשה בנובמבר 2007 על ידי 6 סטודנטים מהאוניברסיטה והאגודה לזכויות האזרח, לאחר שפנייתם של הסטודנטים לאפשר קיום הפגנה למען זכויות עובדים באוניברסיטה נדחתה על ידי ההנהלה בנימוק של סכנת פגיעה בסדר הציבורי. בשבועות האחרונים הודיעה אגודת הסטודנטים של האוניברסיטה על תמיכתה בתביעה, ולמעלה מ-50 מרצים בכירים באוניברסיטה חתמו על עצומה הקוראת למחיקת הסעיף מהתקנון, אך הנהלת האוניברסיטה עמדה בסירובה.
בפסק הדין ציין השופט אריאל ואגו מבית המשפט המחוזי בבאר שבע, כי הזכות להפגין גם בנושאים פוליטיים ונושאים שנויים במחלוקת הוגדרה בחוק זכויות הסטודנט, וקבע כי השמירה על הסדר הציבורי אינה יכולה לשמש כתירוץ לאיסור על קיום הפגנות.
עו"ד מוטי ארד ממשרד "מיתר", אשר ייצג את האגודה לזכויות האזרח ואת הסטודנטים, הביע שביעות רצון מההחלטה וציין כי "בישראל של שנת 2008 מוסד אקדמי אינו רשאי למנוע מהסטודנטים הלומדים בו לממש את זכותם להפגין בכל נושא".
לאחר שהתקבל התקדים, נותרה אוניברסיטת בר אילן האוניברסיטה היחידה בישראל שבתקנונה עדיין קיים איסור על קיום הפגנות בתחומי הקמפוס.
עמית דויטשר, נציג הסטודנטים העותרים: "תמיד מתלוננים על כך שהסטודנטים בישראל לא מעורבים חברתית, והנה, כשהסטודנטים רוצים להפגין ולמחות, האוניברסיטה סותמת פיות. אנחנו מדברים כאן על חופש הביטוי ועל מאבקים דמוקרטיים לגיטימיים. אי אפשר לבטל את כל זה בתואנה של סכנה לסדר הציבורי".
ה"פ 2085/07