ב-2.3.2008 פנתה האגודה ליועץ המשפטי לממשלה, בדרישה לפתוח בחקירה פלילית לחקר נסיבות השימוש בפצצות מצרר במהלך מלחמת לבנון השנייה. לפי הנתונים המעודכנים של סוכנות האו"ם לפינוי מוקשים, בדרום לבנון זוהו עד כה 962 זירות של ירי פצצות מצרר, והן מכסות שטח של 38.7 קמ"ר, בהם 4.3 קמ"ר עירוניים, 20 קמ"ר חקלאיים ו-4 קמ"ר מיוערים. לפי נתוני הסוכנות, מספר האזרחים שנפגעו מנפלים של פצצות מצרר אחרי ההכרזה על הפסקת אש עומד על 193, מתוכם 20 קיפחו את חייהם כתוצאה מפגיעה זו. בנוסף לאזרחים תמימים שנפגעו מנפלים של פצצות מצרר, נפלים אלה פגעו בצוותי פירוק מוקשים. לפי נתוני הסוכנות, 47 בני אדם נפגעו במהלך עבודתם לפירוק מוקשים בדרום לבנון, מתוכם 13 קיפחו את חייהם. כך שמניין ההרוגים מפצצות מצרר אחרי תום הלחימה עומד על 33, ומניין הפצועים עומד על 240. זאת בנוסף לאזרחים, שנהרגו בזמן הטלת פצצות המצרר, שמספרם הסופי טרם נאמד.
במכתב הדגישה האגודה, כי על אף שהמשפט ההומניטרי אינו אוסר במפורש על השימוש בפצצות מצרר, השימוש בנשק זה בתוך שטחים מיושבים מהווה הפרה חמורה ביותר של עקרון היסוד, שעליו מבוסס המשפט ההומניטרי, והמהווה אף את סיבת קיומו של ענף משפט זה. הכוונה לעקרון ההבחנה בין אזרחים לבין לוחמים וההבחנה בין מטרות צבאיות לבין מטרות אזרחיות. ראשית, פצצות מצרר מטבען אינן יכולות להיות מכוונות נגד מטרה צבאית קונקרטית. מדובר בתחמושת בעלת דפוס פיזור נרחב ביותר, המורכבת מפצצות קטנות, המתפזרות על פני שטח רחב. על כן, השימוש בפצצות מסוג זה בלב כפרים בדרום לבנון משמעותו פגיעה ודאית במטרות אזרחיות. שנית, מדובר בתחמושת שהופכת את השטח הנפגע לשדה מוקשים, בשל אי-התפוצצותם של נפלים רבים. עובדה זה התבטאה במיליון נפלים, שפוזרו בדרום לבנון.
במכתב תוקפת האגודה את הניסיון של צה"ל להצדיק את השימוש בפצצות מצרר בתוך שטחים בנויים בכך שהירי בוצע "כשלהבנת הכוחות, הכפר התפנה מרובה המכריע של האוכלוסייה האזרחית, כך שהפגיעה הצפויה באזרחים בלתי מעורבים הייתה מצומצמת". האגודה מדגישה, כי מדובר בהנחה בעייתית הן ברמה העובדתית והן ברמה הנורמטיבית. ברמה העובדתית מדובר בהנחה בלתי סבירה, מכיוון שסיפוריהם של אזרחים שנהרגו בעקבות התקפות צה"ל בדרום לבנון, וסיפוריהם של אזרחים לכודים, מילאו את כלי התקשורת הישראלים והזרים כאחד לאורך המלחמה כולה. זאת ועוד, שגרירויות זרות היו בקשר קבוע עם דיפלומטים ישראלים וביקשו סיוע בפינוי של נתיני מדינותיהם, הלכודים בדרום לבנון. גם האזהרות של צה"ל, שדרשו מהתושבים להתפנות, לא היו אפקטיביות, לא סיפקו מידע חיוני לאוכלוסייה האזרחית, לרבות מידע על מעברים בטוחים, ולא סיפקו לתושבים התראה מספקת לעזוב את המקום.
האגודה מדגישה, כי גם אם מקבלים את הטענה המופרכת, כי בדרום לבנון לא נותרו אזרחים בזמן הפגזת כפרים בפצצות מצרר, עדיין השימוש בתחמושת זו בתוך שטחים בנויים מהווה הפרה בוטה של חובת הזהירות והפרה בוטה של עקרון ההבחנה. פצצות המצרר, שהוטלו על דרום לבנון, הותירו מאחוריהן מאות אלפי פצצות קטנות מתקתקות, העלולות להתפוצץ בכל רגע בעקבות מגע של אנשים, כלי רכב או כל חפץ אחר. אף לו היה בסיס לסברה המופרכת בדבר אי-נוכחות אזרחים בדרום לבנון בעת הטלת פצצות המצרר, הרי שעם תום הלחימה לרשויות הצבא היה ברור, כי האזרחים הנמלטים ישובו לבתיהם, וכי הפצצות הקטנות, שהפכו שטחים רבים בדרום לבנון לשדות מוקשים, יסכנו באופן ממשי את חייהם של האזרחים. בכך הפרה מדינת ישראל את עקרון היסוד של המשפט ההומניטרי, קרי, שימוש בנשק שאינו מבחין בין לוחמים לאזרחים.
הסכנה הנשקפת לחייהם של אזרחים תמימים מהנפלים, שנותרו בדרום לבנון, מפרה את עקרון המידתיות אף אם ירי פצצות המצרר לא נעשה לעבר שטחים בנויים ולעבר כפרים, אלא לעבר שטחים שבהם שוהים אזרחים, כמו שטחים חקלאיים. ירי לעבר שטחים חקלאיים, שמהם נורו כביכול רקטות לעבר ישראל, צריך לקחת בחשבון את הפגיעה הצפויה בחקלאים כתוצאה מהנפלים שנשארו אחרי המלחמה. הניסיון שהצטבר בעולם מלמד, כי במקרים אלה הפגיעה הצפויה האזרחים הינה בלתי מידתית.
חומרת השימוש בפצצות מצרר בתוך כפרים לבנוניים מקבלת משנה תוקף בשל שני טעמים:
א. בשל החלטת רשויות הצבא להשתמש בפצצות מצרר מתוצרת ארה"ב, ששיעור הכישלון שלהם הוא גבוה יחסית לפצצות מצרר מתוצרת ישראל, שמשאירות מספר קטן יותר של נפלים;
ב. בשל סירובה של ישראל למסור לגורמים הרלבנטיים מפה של האתרים שהופגזו בפצצות מצרר, מה שמנע פינוי יעיל וזריז של מאות אלפי נפלים, שהפכו למוקשים נגד בני אדם וגבו עד היום 33 הרוגים.
