האגודה לזכויות האזרח הגישה הבוקר (7.5.07) עתירה מתוקנת, בדרישה לבטל את חוק האזרחות והכניסה לישראל (הוראת שעה), אשר תוקפו הוארך עד לחודש יולי 2008. העתירה המתוקנת, המופנית נגד שר הפנים, מפקד כוחות צה"ל ביהודה והשומרון ואלוף פיקוד הדרום, הוגשה בהתאם להחלטת בג"ץ מיום 21.3.07, תוך התייחסות לשינויים שחלו בחוק במהלך הזמן (להלן). את העתירה המתוקנת, כמו גם את קודמתה, הגישו עורכי הדין שרון אברהם-ויס, עודד פלר ודן יקיר מהאגודה לזכויות האזרח.
ביום 14.5.06 נתנו אחד עשר שופטי בג"ץ את פסק דינם בעתירות, ובהן זו של האגודה לזכויות האזרח, בעניין חוקתיותו של חוק האזרחות והכניסה לישראל (הוראת שעה). שישה מבין 11 השופטים פסקו שהחוק, המונע מבני-זוג פלסטינים של אזרחי ישראל ותושביה אפשרות לקבל מעמד חוקי במדינה, הינו בלתי-חוקתי. זאת על רקע פגיעתו בזכות לחיי משפחה ובזכות לשוויון. חמישה משופטי ההרכב היו תמימי דעים, שבשל אי חוקתיותו, על החוק להתבטל בתוך חצי שנה ממועד מתן פסק הדין. שופט נוסף, אדמונד לוי, סבר, שבשל אי-חוקתיותו, החוק לא יוכל להמשיך ולעמוד, ועל המדינה לגבש הסדר אחר תחתיו בתוך תשעה חודשים. הוא ציין, כי ספק "אם יוכל החוק להתמיד ולצלוח את הביקורת השיפוטית גם בעתיד". על אף דברים אלה, הוארך תוקפו של החוק מספר פעמים, תחילה כלשונו, ולאחר מכן – בשינויים מסויימים – עד ליום 31.7.08.
האגודה לזכויות האזרח מבהירה בעתירה המתוקנת, כי השינויים שחלו בחוק אינם מרפאים את הפגם המהותי הקיים בו, וגם בנוסחו הנוכחי מהווה החוק ענישה קולקטיבית ומפר באופן בוטה את הזכויות החוקתיות של הפרט לכבוד, לחיי משפחה, לשוויון ולפרטיות. הלכה למעשה קובע החוק – גם בנוסחו הנוכחי – כי הנהלים להסדרת מעמדם של בני זוג של אזרחים ושל תושבים ישראלים, והנהלים להסדרת מעמדם של בני זוג אחרים (הורים וילדים), לא יחולו על בני זוג ובני משפחה פלסטינים. תחולתו של החוק אף הורחבה, וכעת הוא מונע הסדרת מעמד לבני משפחה כאלה, שמוצאם באיראן, בלבנון, בסוריה ובעיראק או באזורי סיכון אחרים, שהממשלה רשאית להוסיף ולקבוע בצו.
משמעות הדבר היא, שעל אף פגיעותיו החריפות והבלתי חוקתיות בזכות לחיי משפחה ובזכות לשוויון, ממשיך החוק לעמוד בתוקפו גם כיום – כמעט שנה מאז פסק הדין – וימשיך לעמוד בתוקפו למעלה משנתיים ממועד זה. הלכה למעשה, מבהירים עורכי הדין, כבר מאז חודש מרץ 2002 אין פקידי משרד הפנים מטפלים בבקשות חדשות למתן מעמד לפלסטינים בישראל. מאחר שמדובר בפגיעה קשה, הנמשכת כבר למעלה מחמש (ועתידה להימשך למעלה משש) שנים, כבר לא ניתן לקבלה בטענה כי מדובר ב"איזון לשעה" "בעל אופי זמני בלבד". ביקורתו של בית המשפט על פגיעתו הקשה של החוק בזכויות יסוד נפלה אם כן על אוזניים ערלות, והמחוקק חוזר ומחדש פגיעה זו שוב ושוב, מבלי שהוא נותן דעתו לביקורת זו של רוב שופטי ההרכב.
חילוקי הדעות בין השופטים, מודגש עוד בעתירה, לא נסבו סביב קיומה של הפגיעה, אלא באשר למידתיותה. התמשכותה של הפגיעה, ואף הגדלת מעגל הנפגעים מן החוק, אינם עולים בקנה אחד עם תפיסתו של חוק זה כפוגע באורח מידתי, כדעת חלק מהשופטים בפסק הדין, טרם הארכת תוקפו של החוק והחמרתו. הוספתה של "ועדת חריגים הומניטרית", נאמר בעתירה, אינה אלא כותרת למראית עין, שאין בה ממש. זאת, בין היתר, משום שנקבע כי תהיה "מכסה שנתית מירבית של רשיונות או היתרים שיאושרו לפי תיקון זה". "מה חטאו של אדם, הנמצא במצוקה ונדרש לסיוע הומניטרי", שואלים עורכי הדין, "שהוא צריך להיות כבול בסד של מכסות על פי מספר הנזקקים, שהגיעו לפני לוועדה?".
בשל התמשכותן של הפגיעות הקשות הללו בזכויות יסוד, מתבקש בג"ץ להורות על בטלותו של החוק.
בג"ץ 544/07