בג"ץ קיבל את עתירת האגודה נגד האגרות המופקעות שגבה משרד הפנים בגין חידוש דרכון שאבד, נגנב או הושחת
בראשית חודש ינואר 2009 נכנס לתוקפו תיקון לתקנות הדרכונים, אשר קובע, כי התשלום עבור הנפקת דרכון חדש יעמוד על סך 250 ש"ח, ואולם במקרה שבו נדרש דרכון חדש במקום דרכון אשר נגנב, אבד, הושמד או הושחת, יתווספו לכך 750 ש"ח, והאגרה תעמוד על סך 1,000 ש"ח.
בחודש מרץ 2009 עתרה האגודה לזכויות האזרח לבג"ץ בדרישה לבטל את התקנות המעגנות את התוספת. בעתירה נטען, שהתוספת היא קנס, ומשרד הפנים אינו מוסמך להטיל עונשים בגין אבדן דרכונים. עוד נטען בעתירה, כי אגרה בשיעור 1,000 ש"ח בגין חידוש דרכון, היא אגרה מופקעת, אשר מערימה קושי על מימוש זכות היסוד לצאת מהארץ.
מאז הגשת העתירה ובעקבות הערות בג"ץ וועדת הכספים של הכנסת, הופחת גובה האגרה והועמד בהוראת שעה עד לחודש דצמבר 2011 על סך 650 ₪. כיום, בעקבות עליית המדד, עומדת האגרה על 685 ₪, שעה שחידוש דרכון בנסיבות רגילות עומד על סך 265 ₪.
בפסק הדין שניתן היום נחלקו שלושת שופטי בג"ץ בדעותיהם.
השופט אדמונד לוי סבר שהאגרה הנוספת הינה קנס, ששר הפנים לא הוסמך להשיתו, ולכן יש להורות על ביטול התקנות.
השופטת מרים נאור סברה שאין מדובר בקנס, אלא באגרה ששיעורה משקף גם אמצעי הרתעתי לגיטימי, ולכן אין לבטל את התקנות.
השופט יורם דנציגר סבר, כי אמנם, ככלל, מותר לגבות אגרות שיכללו גם אלמנט הרתעתי, ואולם נוכח עליונותה של זכות היסוד לצאת מן הארץ, והתניית מימוש הזכות בתשלום האגרה הנוספת, האגרות אינן יכולות לכלול אלמנט הרתעתי זה, אלא רק תוספת עבור התשומות הנוספות הכרוכות בהנפקת דרכון בנסיבות אלה. משום כך, השופט דנציגר הורה על ביטול התקנות, ואולם השעה את הבטלות בשישה חודשים, וקבע, כי במהלך תקופה זו, עד להתקנתן של תקנות חדשות, יוכל משרד הפנים לגבות תוספת אגרה בנסיבות אלה בשיעור שנקבע טרם תיקון התקנות בשנת 2009. האגרה עבור דרכון חדש במקום דרכון שאבד או נגנב תעמוד בששת החודשים הקרובים על סך 530 ₪.
בשל חילוקי הדעות בין השופטים, ועל מנת שעמדתו של ראש ההרכב, השופט לוי, לא תכריע את הדין, הצטרפה השופטת נאור לתוצאה האופרטיבית שהציע השופט דנציגר. לפיכך, העתירה התקבלה על יסוד פסק דינו של השופט דנציגר.