האגודה לזכויות האזרח וארגון בצלם עתרו ב-27.10.03 לבג"ץ נגד הפרקליט הצבאי הראשי. הארגונים דורשים מהפצ"ר להורות על פתיחה בחקירת מצ"ח בכל מקרה בו הרגו חיילי צה"ל אזרחים פלסטינים, שלא לקחו חלק בלחימה. בעתירה מפורטות נסיבות מותם של שמונה פלסטינים, אותם הרגו חיילי צה"ל בין מאי 2002 ומאי 2003. מאחר שהזמן החולף פוגע בסיכויי החקירות, דרשו הארגונים לקיים דיון דחוף בעתירה. העתירה הוגשה על ידי עו"ד נעה שטיין מהאגודה לזכויות האזרח ומבוססת על מחקר, שערך ארגון בצלם.
מאז תחילת אינתיפאדת אל-אקצא ועד 15.10.03 נהרגו על-ידי כוחות הביטחון הישראליים 2,171 פלסטינים, בהם 410 קטינים. צה"ל עצמו הודה במארס 2003 כי על-פי הנתונים שבידיו נהרגו 235 פלסטינים שלא השתתפו בלחימה. למרות זאת, נכון לתחילת חודש יולי, מתוך 365 חקירות מצ"ח שנפתחו מאז אוקטובר 2000, רק 55 עסקו בעבירות הקשורות לירי. לא ברור כמה מתוכן עסקו במקרי מוות של פלסטינים. חקירות אלה הובילו להגשת שמונה כתבי אישום בלבד.
במהלך האינתיפאדה הראשונה פעל צה"ל לפי פקודת מטכ"ל 33.0304, שחייבה פתיחה בחקירת מצ"ח בכל מקרה שבו נהרג אזרח פלסטיני, למעט באירועים שהוגדרו כ"פעילות חבלנית עוינת". בתחילת האינתיפאדה הנוכחית שינתה הפרקליטות הצבאית את מדיניותה, בטענה שמדובר ב"סכסוך מזויין שאינו מגיע לכדי מלחמה", וקבעה כי חקירת מצ"ח תיפתח רק במקרים שבהם עולה חשד להתנהגות פלילית של החיילים המעורבים. לפי הנוהל החדש, ההחלטה תתקבל בהתאם לתוצאות התחקיר המבצעי.
בעתירה טוענים האירגונים, כי חלק ניכר מבין ההרוגים הפלסטינים לא נפגעו במהלך אירועי לחימה אלא במהלך ביצוע של פעולות שיטור, כמו אכיפת עוצר, מעבר במחסומים, פיזור הפגנות וכד`. יתרה מזו, התייחסות למתרחש היום בשטחים כאל "סכסוך מזויין" אינה פוטרת את הצבא מחובתו לחקור כל מקרה שבו נפגעו אזרחים שלא השתתפו בלחימה.
התחקיר המבצעי נערך ע"י אותם כוחות, אשר את תקינות פעילותם אמורה לבחון החקירה הפלילית של מצ"ח. כאשר התחקיר הינו הבסיס העיקרי להחלטה בדבר פתיחת חקירת מצ"ח, אין להתפלא על כך שמספר החקירות שנפתח הינו זעום ביחס למקרי המוות של אזרחים פלסטינים. הסתמכותו של הפצ"ר על תוצאות התחקיר המבצעי כתנאי לפתיחת חקירת מצ"ח מסכלת למעשה את מטרתה של החקירה הפלילית – חקר האמת. בנוסף, התחקיר מתבצע בידי אנשים, שלא הוכשרו לנהל חקירה מקצועית, ולפחות חלק מהתחקירים נעשים בצורה שטחית ובלתי ממצה. לעיתים התגלו גם סתירות בין ממצאי התחקירים ובין תוצאותיהן של חקירות מצ"ח.
ישראל, ככוח הכובש בשטחים, מחוייבת להבטיח את שלומם ואת ביטחונם של תושבי השטחים. בחירת הפרקליטות הצבאית במדיניות, שהביאה למספר זעום כל כך של חקירות פליליות, הינה מעילה בחובה זו, שכן היא מעודדת מדיניות של "אצבע קלה על ההדק". לפיכך דורשים האגודה לזכויות האזרח וארגון בצלם, כי הפרקליטות הצבאית תורה על חקירת כל מקרה בו נהרג אזרח פלסטיני, שלא השתתף בלחימה.
