ב- 5.2.03 קבע בג"ץ בפסק דין, כי הסעיפים בצו המעצרים שאיפשרו לצה"ל להחזיק עצורים למשך 12 או 18 ימים ללא ביקורת שיפוטית בטלים. כן קבע בג"ץ, כי בטלים הסעיפים שאיפשרו החזקת עצורים 4 או 8 ימים, מבלי לקיים אף בירור מינימאלי בעניינם. בית המשפט חזר והדגיש, כי מפקד צה"ל בשטחים כפוף אף הוא לעקרונות המשפט המינהלי והישראלי ולעקרונות המשפט הבינלאומי, וכי עליו לכבד – גם בעתות חירום – את זכות היסוד לחירות. בכלל זה קבע בג"ץ, כי אין בטענה בדבר מחסור בכוח אדם של חוקרים או שופטים כדי להצדיק פגיעה כה חמורה בזכות היסוד לחירות. בג"ץ קבע, כי בטלות הסעיפים תיכנס לתוקף 6 חודשים מיום מתן פסק הדין. לעניין הוראות הצו שקבעו תקופת מניעה אוטומטית למפגש בין עצור לבין עורך דין, דחה בג"ץ את עמדת העותרים וקבע, כי ההוראות יישארו על כנן. פסק הדין ניתן בעתירה שהגישה האגודה לזכויות האזרח וארגוני זכויות האדם: המוקד להגנת הפרט, בצלם, רופאים לזכויות אדם, עדאלה, קאנון (LAW) והועד הציבורי נגד עינויים בישראל נגד מפקד כוחות צה"ל באיזור יהודה ושומרון, האלוף יצחק איתן. העתירה הוגשה על-ידי עו"ד לילה מרגלית מהאגודה לזכויות האזרח.
הצו כנגדו הוגשה העתירה, הסמיך בשעתו כל קצין צבא בדרגת סרן ומעלה, וכל קצין משטרה בדרגת פקד ומעלה, להורות על מעצרו של אדם למשך 18 ימים, ללא עילה ברורה וללא כל ביקורת שיפוטית. באמצעות הצו הגורף, ניתן היה להחזיק עצור 18 ימים מבלי להביאו בפני שופט, ונאסר באופן גורף על קיום מפגש עם עורך דין במשך כל תקופת המעצר. כמו כן על פי הצו, ניתן היה להחזיק עצור 8 ימים מבלי לדבר איתו כלל, ומבלי לאפשר לו להשמיע את טענותיו בקשר למעצר בפני חוקריו.
בעקבות הגשת העתירה תוקן הצו פעמיים על ידי צה"ל. קוצרה התקופה עד לביקורת שיפוטית ל-4 ימים, וקוצרה התקופה עד לקיום בירור ראשוני ותחילת חקירת העצור ל- 4 ימים. כמו כן קוצרה תקופת המניעה אוטומטית למפגש עם עורך דין ליומיים. עם זאת טען צה"ל, כי אין בתיקון הצו קבלת טענותיהם העקרוניות של העותרים לגבי אי חוקיות הצו, ואם התנאים בשטח ידרשו זאת, יוחזר הצו המקורי על כנו. לפיכך התייחסה הכרעת בג"ץ הן לחוקיות הצו המקורי, והן לחוקיות הצו לאחר תיקוניו השונים.
כאמור, בג"ץ קבע כי הוראות הצו מכוחן ניתן היה להחזיק בני אדם במעצר 12 ימים ללא ביקורת שיפוטית, ו- 4 ימים ללא בירור ראשוני, בטלות. לעניין ההוראות הקובעות המניעה האוטומטית להיפגש עם עורך דין, בית המשפט דחה את עמדת העותרים וקבע, כי הוראות אלו יישארו על כנן.
