בפנייה דחופה שהעבירה לראש הממשלה ולשר הביטחון ב- 29.3.02 הביעה האגודה לזכויות האזרח שותפות לכאב הנורא על הפיגועים הרצחניים שמתבצעים בישראל ובשטחים גם בעיצומו של חג הפסח, ולתחושות חוסר-האונים והפחד שגורמות לאזרחי ישראל להסתגר בביתם בימי החג ולא לנוע כאנשים בני-חורין. בפנייה הדגישה ד"ר נעמה כרמי, יו"ר האגודה, את זכותה וחובתה של ישראל, ככל מדינה, להגן על אזרחיה מפני פגיעות בחייהם ובשלומם.
אך עם זאת, מציינת האגודה בפנייה, כי השטחים שבהם פועלת מדינת ישראל בתגובה לפיגועים הרצחניים, מאוכלסים בצפיפות באוכלוסייה אזרחית שרובה המכריע חפה מפשע ואינה נושאת באחריות למעשים הנוראים שמבצעים יחידים מתוכה. על רקע פעולותיו האחרונות של צה"ל במחנות הפליטים ובערים הפלסטיניות, שבה האגודה ומתריעה מפני הישנותם של מעשים קשים אשר אינם עומדים במבחן הסבירות והפרופורציונליות, וזאת תוך הפרה של הוראות החוק הישראלי והחוק ההומניטרי הבינלאומי כאחד, ובסתירה לכל אמת מידה מוסרית ואנושית.
האגודה לזכויות האזרח מדגישה, כי גם כאשר הצד השני מפר את הכללים ומקעקע את ההבחנה ההכרחית בין לוחמים לאזרחים או לכוחות סיוע הומניטריים, אין בכך כדי לפטור אותנו מחובתנו האנושית, המוסרית והמשפטית, לכבד את זכויות-האדם.