בעשור האחרון פרסם מבקר המדינה כבר פעמיים דברים חריפים ביותר על התנהלותו של ארכיון צה"ל ועל האופן שבו הוא פוגע בחופש המחקר ובזכות הציבור לדעת. " עולה החשש" כתב המבקר, "שהעיקרון שלפיו פועל צוות החשיפה, הוא שלא לחשוף מסמכים אלא אם אין ברירה – עיקרון מנוגד לזה שלפיו הוא אמור לפעול."
דו"ח מבקר המדינה 47 עמוד 899 ואילך: ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון
בדיקת המבקשים לעיין בחומר שנוצר לאחר 1956 והאישורים שניתנו להם העלתה, שארכיון צה"ל פועל על פי נהלים מחמירים מאוד; החשיפה נעשית בצמצום במקום שההגבלה תהיה מצומצמת. הארכיון גם אינו נוהג בשוויון כלפי הפונים אליו.
הארכיון לא עמד במשימה של חשיפת חומר ארכיוני לאחר תקופת הגבלה מקוצרת, ולא מימש חלק ניכר מההחלטות שהתקבלו בעניין הקדמת החשיפה לאחר 30 שנה. במשך שבע שנים נחשפו רק כ2.5%-1%- מהתיקים שנועדו לחשיפה לאחר 40 שנה. בקצב זה עשויה מלאכת הסריקה להימשך מאות שנים רבות. הארכיון גם אינו ערוך כראוי לחשיפת חומר ארכיוני בתום תקופת ההגבלה של 50 שנה, שתתחיל בשנת 1998.
טרם גובשו עקרונות אחידים לחשיפה; לא עלה בידי הגופים הנוגעים בדבר להגדיר אילו עניינים עלולים להיפגע מחשיפתו של חומר מוגבל, ומי רשאי לעיין בחומר מוגבל שטרם הגיע זמן חשיפתו. השימוש שעשה הארכיון באמות המידה שנקבעו לחשיפה מנע חשיפת מסמכים העלולים, לדעתו, לגרום לפגיעה בתדמית המדינה, אישיה, צה"ל ומפקדיו, וכן חשיפה של מסמכים שיש בהם מידע על המאבק בין המחתרות, השמירה על טוהר הנשק ונושאים העלולים לעורר ויכוחים פוליטיים. נוהלי החשיפה הנהוגים בארכיון, עלולים לחסום בפני חוקרים אזרחים כמעט כליל את האפשרות לעיין בחומר הארכיוני של מערכת הביטחון.
דו"ח מבקר המדינה 50ב עמוד 711 ואילך: ארכיון צה"ל ומערכת הביטחון
על תקופות ההגבלה הגורפות: לדעת משרד מבקר המדינה, השאלה אם יש בכלל מקום להעביר את המסמכים המיועדים לעיון תחת מסננת של סריקה, גם לאחר חלוף זמן רב שהקהה את רגישותם הביטחונית, צריכה להיבדק תוך מתן משקל ראוי לזכות העיון במסמכים מזה, ולחשש מפני פגיעה בביטחון המדינה מזה. המעקב העלה, שכמעט לא היו מקרים שבהם חשיפת מסמכים שהסריקה מנעה את העיון בהם, עלולה הייתה להסב נזק לביטחון המדינה.
על המעמד של "חוקר מורשה": עצם הצורך בהרשאה ותנאי ההרשאה מעלים חשש ליחס של איפה ואיפה כלפי המעוניינים לעיין בחומר, בניגוד לאמות המידה המקובלות במחקר מדעי.
על פעילות צוות החשיפה: נמצא, שהארכיון מנע חשיפה של מסמכים רבים בלי שהובהר הנזק הצפוי מחשיפתם… מתן חיסיון למסמכים כה רבים ללא הצדקה, הטעויות המרובות בשיקול הדעת והליקויים החמורים בעבודת צוות החשיפה, מחייבים את הנהלת משרד הביטחון ואת הממונה על הארכיון להגביר את הפיקוח על הצוות; שכן יש חשש שבהעדר פיקוח יתיר הצוות לעצמו לסרוק את המסמכים שבארכיון על פי אמות מידה לא מאושרות ובלי להתחשב בדרישות המחקר ההיסטורי… מהממצאים עולה החשש, שהעיקרון שלפיו פועל צוות החשיפה, הוא שלא לחשוף מסמכים אלא אם אין ברירה – עיקרון מנוגד לזה שלפיו הוא אמור לפעול; רוב הליקויים שהועלו בביקורת לא תוקנו. עוד נמצא שגנז המדינה אינו מפקח, כנדרש בחוק, על מסמכי מערכת הביטחון.
המלצה: משרד מבקר המדינה הודיע להנהלת משרד ראש הממשלה ולהנהלת משרד הביטחון שהוא רואה בחומרה רבה את הליקויים שהועלו בדוח הביקורת, וכי מן הראוי לשקול יצירת מסגרות ניהוליות וארגוניות נפרדות למגנזה לצה"ל ולארכיון היסטורי למערכת הביטחון.
