בג"ץ, בהרכב מורחב של תשעה שופטים, קיבל הבוקר (12.12.06) פה אחד את עיקרי עתירתם של תשעה ארגוני זכויות אדם וקבע, כי הסעיף בחוק, שקבע חסינות למדינה מתביעות נזיקין של פלסטינים בשטחים הכבושים, בטל בשל אי-חוקתיותו. יחד עם זאת, בחרו השופטים שלא להכריע בשלב זה בשאלת חוקתיותו של סעיף נוסף, העוסק בתביעות של נתיני מדינת אויב או חבר בארגון מחבלים, סעיף שהוא ממילא חריג, שלא נטען באף תביעת נזיקין עד היום.
האגודה לזכויות האזרח מברכת על פסק הדין החשוב של בג"ץ, שביטל את הפגיעה הגורפת בזכויות יסוד של אזרחים פלסטינים, שהם או רכושם נפגעו מפעולות לא-מלחמתיות של ישראל בשטחים הכבושים. בג"ץ קיבל את טענות העותרים, כי מטרתו האמיתית של החוק, בניגוד לטענת המדינה, היא לחסוך כסף, וכי מטרה זו אינה יכולה להצדיק פגיעה כה נרחבת בזכויות אדם.
את העתירה הגישו המוקד להגנת הפרט, עדאלה והאגודה לזכויות האזרח, בשמם ובשם ששה ארגונים נוספים: אל-חאק – החוק בשירות האדם מהגדה המערבית, המרכז הפלסטיני לזכויות האדם מעזה, בצלם, רופאים לזכויות אדם, הוועד הציבורי נגד עינויים, ושומרי משפט – רבנים לזכויות האדם, באמצעות עוה"ד חסן ג`בארין וארנה כהן מעדאלה, עוה"ד יוסי וולפסון וגיל גן מור מהמוקד להגנת הפרט ועו"ד דן יקיר מהאגודה לזכויות האזרח.
בעתירה דרשו הארגונים לבטל את התיקון לחוק, המונע מאזרחים פלסטינים לתבוע פיצויים ממדינת ישראל בגין נזקים, שגרמו להם כוחות הביטחון, גם כאשר מדובר בנזקים, שנגרמו שלא במסגרת פעילות לחימה. הארגונים טענו כי התיקון לחוק הוא גזעני ובלתי מוסרי, והוא גם מביא לסילוק הבקרה על פעולות הצבא בשטחים הכבושים.
