מזה שנים אחדות מפעיל משרד הפנים מדיניות נוקשה לגבי מתן רישיון לישיבת קבע לבני זוג זרים של אזרחי ישראל. בעבר קיבלו בני הזוג הזרים רשיון ישיבת קבע מייד עם הגשת הבקשה ובמקרים חריגים של ספק לגבי כנות הנישואין ניתנה תושבות-הקבע תוך שנה לכל היותר.
לגבי אזרחים ערבים נקבע מסלול מפרך, הכולל תקופת המתנה בלתי מוגבלת ולאחריה חמש ורבע שנים של מעמד זמני, עד לקבלת החלטה בבקשה למתן מעמד של תושב קבע לבן הזוג של האזרח הישראלי. כאשר אחד מבני הזוג אזרח ישראל והשני תושב השטחים הם נאלצים לחיות במשך שנים ארוכות בפירוד פיזי, שכן על פי מדיניות זו נאסר על בני הזוג מהשטחים לשהות בישראל עד לאישור בקשתם לאיחוד משפחות.
כדי לטפל בבקשות של אזרחים ערבים מערים משרד הפנים קשיים ודורש מבן הזוג הישראלי להציג מסמכים רבים, שאמורים להוכיח כי מרכז חייו בישראל (חוזי שכירות, חשבונות חשמל, ארנונה, טלפון וכו` בשבע השנים האחרונות). בעקבות העתירה לבג"צ אמורים כיום גם אזרחים יהודים להציג מסמכים (בעבר נדרשו יהודים להציג הוכחות בסיסיות בלבד) אך למעשה הנוהל ממשיך להיות מופעל כלפי ערבים בלבד.
בעקבות עתירה לבג"צ, שהגישה האגודה לזכויות האזרח בישראל, הודיע משרד הפנים על שינוי הנוהל. בפועל לא השתנה הרבה בכל הנוגע לאיחוד משפחות של אזרחים ערבים. לאגודה ידוע על עשרות משפחות שמשרד הפנים מתחמק מטיפול בבקשתם במשך שנים, ומעמיד שוב ושוב דרישות בלתי-סבירות (כגון ציוניהם של הילדים בבית הספר), מטרטר אותן לעיתים מבלי לאשר את עצם הגשת הבקשה (כל עוד לא מאושרת הגשת הבקשה לא מתחיל התהליך, הנמשך ארבע ורבע שנים). למרות התחייבותו של משרד הפנים בפני בג"צ, לנמק כל סירוב לבקשה, נדחות בקשות רבות ללא נימוק, או בנימוק לקוני, כגון: "מנימוקים בטחוניים". ראש מינהל האוכלוסין אף טען שאינו חייב לנמק.
