בג"ץ הוציא ב-28.10.04 צו ביניים האוסר על המדינה לעקור עצים לאורך תוואי גדר ההפרדה, המוקמת בסמוך לכפר בודרוס, שמצפון למודיעין, להעתיק אותם ממקומם או לחסום את הגישה אליהם. כל זאת עד לדיון הבא, שיתקיים בעתירתה של האגודה לזכויות האזרח נגד תוואי הגדר באזור. את הצו הוציא המשנה לנשיא בית המשפט העליון, השופט אליהו מצא, לאחר שהתברר, כי תצהירי המדינה, באשר להיקפי הפגיעה במטעיהם של תושבי הכפר, היו שגויים. צו הביניים ניתן לבקשתה של עו"ד רונית רובינסון, שהגישה את העתירה מטעם האגודה לזכויות האזרח.
האגודה לזכויות האזרח הגישה בקשה לצו הביניים לאחר שהוברר, כי העבודות לבניית הגדר במקום עתידות להביא לעקירתם של 77 עצי פרי (עצי זית ברובם הגדול, ומיעוטם עצי תאנה), השייכים לתושבי הכפר, ולהותיר מעברה המערבי 80 עצים נוספים, שינותקו באופן זה מבעליהם. זאת באופן, שאינו עולה בקנה אחד עם תצהיר שהגישה המדינה לבג"ץ בחודש מאי האחרון, ולפיו ייעקרו לכל היותר 30 עצים, וכי מעברה המערבי של הגדר תיוותר רק אדמת טרשים. עו"ד רובינסון ציינה בבקשתה לצו הביניים, כי הטעויות הרבות שנפלו בנתוני המדינה באשר לתוואי הגדר באזור הכפר בודרוס, גם בשלבים קודמים של העבודות במקום, מעידות על זלזול בתושבי הכפר ובזכויותיהם.
האגודה לזכויות האזרח הגישה את עתירתה בחודש מאי האחרון נגד ראש הממשלה, שר הביטחון ונגד צה"ל, בשמם של ראש מועצת הכפר בודרוס, מחמד חאלד עליאן, ראש הועדה העממית נגד הגדר, עאד מוראד, ושישה תושבים נוספים בכפר, שאדמותיהם הפרטיות עתידות להיגזל עקב בניית הגדר בתוואי המתוכנן. העתירה נדונה בפני הנשיא אהרן ברק והשופטים אליהו מצא ומישאל חשין, שלא נעתרו עד כה להוציא בה צו ביניים, ככל הנראה בהשפעתם של הנתונים השגויים, שהציגה המדינה.
האגודה מציינת בעתירתה, כי לא נראה לעין כל אינטרס ביטחוני או אחר המונע את העתקתו של תוואי הגדר באזור אל הקו הירוק ממש. תוואי חלופי זה, המצוי במרחק של 170 מטרים לכל היותר מן התוואי שנגדו הוגשה העתירה, יאפשר להקים את הגדר על אדמות המדינה בקצה יער בן שמן, ובכך למנוע פגיעה קשה בזכות הקניין של תושבי הכפר ובזכותם להתפרנס בכבוד מן האדמות, שמבקשים לקחת מהם, וכן בחופש התנועה שלהם. כן הודגש בעתירה, כי ההחלטה להקים את הגדר בתוואי, שנגדו מופנית העתירה, אין בה כל הגיון טופוגרפי או סביבתי, שיצדיק פגיעה שכזו בתושבים. לעתירה צורפה חוות דעת מומחים מטעם עמותת "במקום – מתכננים למען זכויות תכנון", המראה שאין כל מניעה טופוגרפית או הנדסית להקמת הגדר על הקו הירוק באופן שימנע כל פגיעה בתושבי הכפר.
תושבי הכפר בודרוס ניהלו מאז נובמבר 2003 מאבק אזרחי בלתי אלים נגד בנייתה של גדר ההפרדה על גבי אדמותיהם. מאבק זה נחל הצלחה חלקית בכך, שהרשויות העבירו את התוואי המתוכנן קרוב יותר אל הקו הירוק. אולם, נאמר בעתירה, גם תוואי זה טומן בחובו פגיעה של ממש בתושבים, בלא הצדקה. יצוין, כי האדמות שעתידות להיפגע מהקמת הגדר הן האדמות האחרונות שברשות העותרים.
בעקבות הגשת העתירה תיקנה המדינה במעט את תוואי הגדר המתוכנן, ואולם מדובר בתיקון בלתי מספק, שאינו מונע את עיקרה של הפגיעה הבלתי מוצדקת בזכויותיהם של בעלי האדמות במקום.
