בית המשפט המחוזי בחיפה, בשבתו כבית משפט לעניינים מינהליים, דן ב-7.9.04 בעתירתם של האגודה לזכויות האזרח ושל המרכז הערבי לתכנון אלטרנטיבי נגד מינהל מקרקעי ישראל, הקרן הקיימת לישראל, עיריית כרמיאל וחברת ערים לפיתוח עירוני, בדרישה לאפשר לאזרחים ערבים להשתתף במכרז לרכישת מגרשים לבניה עצמית בשכונת מכוש בעיר כרמיאל. המינהל מונע מאזרחים ערבים השתתפות במכרז, בטענה שהקרקע בה מדובר הינה קרקע של קק"ל, המיועדת ליישוב יהודים בלבד. השופט שמואל ברלינר קבע בתום הדיון בעתירה, כי מינהל מקרקעי ישראל יוכל לשקול האם להקפיא את המכרז עד למתן פסק דין בעתירה. למקרה בו יבחר המינהל להמשיך במכרז, הוציא השופט צו ביניים, המאריך ב-21 ימים נוספים את המועד להגשת הצעות למכרז. בתקופה זו, הוסיף השופט, יוכל לגשת למכרז גם מי שסבר עד כה, כי כיוון שמדובר בקרקע קק"ל אין לו זכות השתתפות. בית המשפט הורה למינהל לפרסם על כך מודעה מתאימה בעיתונות עד ליום ראשון הקרוב. כן הורה בית המשפט למינהל לקבל כל הצעה מכל אדם ולדון בה בוועדת המכרזים שלו. עוד קבע השופט דיון נוסף בעוד שבועיים לדיון בבקשתם של הארגונים העותרים להעביר את העתירה לדיון בבג"ץ, וזאת בשל כך, שהעתירה עוסקת בסוגיה בעלת חשיבות עקרונית וציבורית. בעתירה, אשר הוגשה בידי עו"ד עאוני בנא מהאגודה לזכויות האזרח ב-1.9.04, התבקש בית המשפט להורות למינהל מקרקעי ישראל לבטל לא רק את האפליה במקרה של המכרז הנוכחי בכרמיאל, אלא את מדיניותו המונעת מערבים לגשת למכרזים גם ביתר קרקעות הקק"ל, הנתונות לניהולו של המינהל עפ"י חוק, ולנהוג בשוויוניות בקבלת כל החלטה בנוגע לכל קרקע הנתונה לניהולו של המינהל.
בחודש יולי האחרון פירסם מינהל מקרקעי ישראל מכרז לשיווק 26 מגרשים לבניה עצמית בשכונת גבעת מכוש בכרמיאל. במודעה שפורסמה בעיתונות אודות המכרז הוספה, שלא כנהוג במכרזים דומים, הערה בה נאמר: "לידיעת המשתתפים, מדובר בקרקע בבעלות קרן קיימת לישראל (להלן: קק"ל) אשר חלה עליה האמנה שבין מדינת ישראל לבין קק"ל אשר פורסמה בילקוט הפרסומים מס` 1456 מיום י"א בסיוון תשכ"ח (7.6.1968) בעמוד 1597". הערה כזו לא פורסמה במכרז קודם, שהוציא המינהל לשיווק 43 מגרשים לבניה עצמית באותה שכונה ובאותם תנאים. בין הזוכים במכרז הקודם היו מספר משפחות ערביות, שדבר זכייתן עורר סערה בקרב חוגים יהודיים, ובכללם חלק מהזוכים היהודים, אשר ביקשו להקפיא את המכרז. המכרז אכן הוקפא בטענה, כי המגרשים ששווקו בו הינם בבעלות הקרן הקיימת לישראל, וככאלה הם מיועדים לאזרחים יהודים בלבד. במכרז הנוכחי, וכדי למנוע מראש את השתתפותם של ערבים בו, נוספה כאמור ההערה הנ"ל, שנועדה להבהיר, כי הוא מיועד ליהודים בלבד.
יצוין, כי המרכז הערבי לתכנון אלטרנטיבי חשף את דבר הפרסום המסויג של מגרשי הבנייה בכרמיאל במסגרת המעקב השוטף שהוא עורך אחר החלטותיהם ופעולותיהם של מינהל מקרקעי ישראל ומוסדות התכנון והבנייה בארץ. ד"ר חנא סוויד, מנכ"ל המרכז, מבהיר, כי מדובר בעליית מדרגה מסוכנת באפליה הממסדית נגד האזרחים הערבים בכל הקשור לזכות המגורים שלהם ביישובים יהודיים. לפי נתוני המרכז, שעוקב כאמור אחר המכרזים שמוציא המינהל, הרי שבתקופה שמאז חודש אפריל 2004 ועד חודש אוגוסט 2004 פירסם המינהל מכרזים לשיווק קרקעות לבניית כ-1820 יחידות דיור במחוז הצפון, כאשר רק כ-140 מהן הוצעו לשיווק ביישובים הערביים. נתון זה מלמד, כי מצוקת הדיור של האוכלוסייה הערבית אינה על סדר יומו המינהל.
עו"ד עאוני בנא מבהיר בעתירה, כי הוספת ההערה לפרסום בדבר המכרז חושפת מדיניות חמורה, לפיה חסומה בפני הציבור הערבי ההזדמנות לחיות במקומות מסוימים במדינת ישראל, אשר מיועדים ליהודים ורק להם, בתואנה כי הקרקע במקומות אלה הינה בבעלות קק"ל. מדיניות זו, הוא מוסיף, מקבלת משנה חומרה לנוכח העובדה, שהגוף "המופקד" על ביצועה הוא לא אחר מאשר מינהל מקרקעי ישראל, שהוא "המדינה בכבודה ובעצמה". מדיניות זו, הוא מוסיף, הינה בלתי חוקית וחורגת באורח קיצוני מכללי מינהל תקין וממחויבותו של מינהל המקרקעין לעקרון השוויון ומוסיפה נדבך נוסף לאפליה הקשה, שממנה סובל הציבור הערבי בתחום הקרקע והדיור. זו באה לידי ביטוי, בין היתר, במדיניות של הפקעת קרקעות מבעליה הערבים והעברתן למעשה לשימוש הקולקטיב היהודי בלבד ובצמצום שטחי השיפוט של היישובים הערבים.
בתגובה לפנייתם של האגודה לזכויות האזרח ושל המרכז הערבי לתכנון אלטרנטיבי הודה מינהל מקרקעי ישראל בפה מלא, שהוא אכן נוקט במדיניות של אפליה על בסיס לאום בהקצאת קרקעות ציבוריות, וזאת ככל שמדובר בקרקע שבבעלות קק"ל. לטענת המינהל, הוא חייב לעשות כן לאור האמנה שנחתמה בין מדינת ישראל לבין הקרן הקיימת לישראל בתחילת שנות הששים ואשר מחייבת אותו לנהל את קרקעות קק"ל בהתאם למטרותיה של האחרונה – דהיינו, לשם יישוב יהודים בלבד.
על עמדתו זו של המינהל נאמר בעתירה, כי הזכות החוקתית לשוויון, לה מחויב מינהל מקרקעי ישראל בהיותו גוף ציבורי הפועל על פי דין, גוברת על כל מחויבות שלו כלפי קק"ל. כללי מינהל תקין אוסרים על המינהל לעשות שימוש בסמכויותיו השלטוניות ובמשאביו הציבוריים, הן הפיזיים והן הכספיים, לשם קידום ענייניה של קבוצה אחת באוכלוסייה, תוך שהוא מייחד קרקעות ליהודים בלבד. סמכויות המינהל ומשאביו, הוא מדגיש, הוענקו לו כנאמן הציבור ולמען הציבור כולו, ועליו להשתמש בהן תוך הקפדה על עקרון זה.