בדיון בעתירת האגודה בעניין השערים בגדר ההפרדה, שנערך ב-3.5.04, ביקרו שופטי בג"ץ את התנהלותו של צה"ל באשר לפתיחת השערים למעבר מבוקר של תושבים פלסטינים, אשר הגדר מנתקת אותם משדותיהם ומקומות עבודתם, ממוסדות חינוך, מטיפול רפואי, מבני משפחותיהם ומשורה ארוכה של שירותים חיוניים. העתירה הוגשה בחודש דצמבר האחרון ע"י עו"ד פאטמה אל-עג`ו מהאגודה לזכויות האזרח בשמם של תושבים מארבעה כפרים באזור, שבין טול כרם וקלקיליה, אשר הגדר ניתקה אותם ממקורות פרנסתם ומשירותים חיוניים רבים, ושהשערים המועטים ושעות פתיחתם המוגבלות אינם מאפשרים להם לקיים אורח חיים תקין. למרות הבטחות שונות להקלות, שהבטיחה פרקליטות המדינה, כמעט ולא השתנו הדברים בשטח, והפגיעה בתושבים מוסיפה להיות קשה.
בסיום הדיון הצדיק נשיא בית המשפט, אהרן ברק, אשר ישב בראש ההרכב יחד עם השופטים אדמונד לוי ואשר גרוניס, את דבריה של עו"ד אל-עג`ו ואמר לנציגי הפרקליטות והצבא: "אם אתם לא יכולים לתת פתרונות לפתחים ]לשערים בגדר[, יש צורך להזיז את הגדר". הוא גם הוסיף ואמר בביקורת על אופן התנהלותן של הרשויות בעניין זה: "לא בונים גדר לפני שפותרים את הבעיות האלה! קודם פותרים את הבעיות, ואחר כך בונים גדר. מדובר כאן בבני אדם". בסופו של הדיון הקציבו השופטים 45 ימים לצדדים, בכדי שינסו להגיע לפתרונות מוסכמים, אשר יאפשרו לתושבי הכפרים לנהל אורח חיים תקין ולעבד את שדותיהם.
העתירה הוגשה בשם ארבעה כפרים, אשר שלושה מהם, ג`יוס, פלאמיה ופרעון, מצויים ממזרח לגדר ההפרדה, ואשר תוואי הגדר הפריד אותם ממרבית שדותיהם ומקורות המים שלהם, שממערב לגדר. הכפר הרביעי, ח`רבת ג`בארה, נותר ממערב לגדר, מנותק מיתר חלקי הגדה המערבית באופן ששיתק כמעט לחלוטין את פרנסת תושביו וניתק בין התלמידים ובין בתי ספריהם. כדי לאפשר לתושבים להגיע לשדותיהם, לבתי הספר, לבתי החולים וליתר השירותים החיוניים, היה צורך לפתוח שערים בגדר ולאפשר לתושבים בעלי היתרים מתאימים לעבור בהם. בפועל, מבהירה עו"ד אל-עג`ו, נפתחים השערים לפרקי זמן קצרים, באורח לא סדיר, כשלפעמים אינם נפתחים כלל, הגישה אליהם בעייתית, והם אינם מאפשרים את המשך הניהול התקין של חיי התושבים. גם התחייבויות שונות של המדינה לשיפור המצב אין מספקות, מה גם שחלקן כלל לא יצא אל הפועל. כך, למשל, הובטח כי השער בכפר ג`יוס, המיועד למעבר חקלאים אל אדמותיהם, ייפתח שלוש פעמים ביום ולמשך שעה – שעה וחצי בכל פעם. בפועל, מציינת עו"ד אל-עג`ו, הוא נפתח באורח לא סדיר, ובדרך כלל למשך לא יותר מ-15-20 דקות בכל פעם.
יש לציין, כי עתירה זו היא אחת מארבע עתירות, שעניין תוואי גדר ההפרדה ואשר הוגשו עד כה בידי האגודה לזכויות האזרח לבג"ץ ומצויות בשלבי דיון שונים.
