בג"ץ דן ב-31.12.03 בעתירתם של האגודה לזכויות האזרח וארגון בצלם נגד הפרקליט הצבאי הראשי, בדרישה שיורה על פתיחה בחקירת מצ"ח בכל מקרה בו הרגו חיילי צה"ל אזרחים פלסטינים שלא לקחו חלק בלחימה. העתירה הוגשה על ידי עו"ד נעה שטיין מהאגודה לזכויות האזרח ומבוססת על מחקר שערך ארגון בצלם.
במהלך הדיון מתחו שופטי בג"ץ חשין, דורנר ונאור ביקורת על הנתונים שסיפק צה"ל וטענו, כי נתונים אלה חלקיים ואינם מאפשרים התייחסות רצינית לסוגיה שעלתה בעתירה. כך, למשל, טענה השופטת דורנר כי צה"ל אינו מפריד בנתוניו בין מקרי מוות שנגרמו בעת פעילות מבצעית של ממש ובין כאלה שאירעו במהלך פעילות שיטור, ביניהן פעולות של פיזור הפגנות, כגון זו שבה נפצע מפגין ישראלי בסוף השבוע שעבר, אכיפת עוצר ופעילות שגרתית במחסומים. השופטים הורו לצה"ל להגיש הודעה משלימה בתוך 45 ימים, הודעה שתכלול נתונים מלאים ומפורטים לגבי מספרי ההרוגים בעת פעילויות מסוגים שונים, וכן נתונים ברורים על תחקירים מבצעיים וחקירות מצ"ח שבוצעו בעקבותיהם.
מאז תחילת אינתיפאדת אל-אקצא ועד היום נהרגו על-ידי כוחות הביטחון הישראליים יותר מ- 1,000 פלסטינים בלתי חמושים, בהם למעלה מ- 400 קטינים. למרות זאת, רק 70 מחקירות מצ"ח שנפתחו מאז אוקטובר 2000 עסקו בעבירות הקשורות לירי, ורק חלקן מתייחס למקרי מוות. חקירות אלה הובילו להגשתם של תשעה כתבי אישום בלבד.
