ב- 28.12.03 עתרה האגודה לזכויות האזרח לבג"ץ נגד צה"ל, בדרישה לפתוח את המעברים ב"גדר ההפרדה", באופן שיתאפשר בהם מעבר קבוע של תושבי הכפרים הסמוכים להם, ובכלל זה מעבר של כלי רכב, ציוד חקלאי וציוד מכני. את העתירה הגישה עו"ד פאטמה אל-עג`ו מהאגודה לזכויות האזרח בשמם של חמישה פלסטינים, תושבי ארבעה מן הכפרים הסמוכים לגדר ההפרדה.
עו"ד אל-עג`ו מדגישה, כי תוואי הגדר שנבחר, לכאורה משיקולים הזרים למטרתו המוצהרת של המכשול, חוצה קהילות, מנתק כפרים חקלאיים מאדמותיהם החקלאיות, מנתק כפרים ממרכזי השירות המוניציפלי וכולא בתוך לולאותיו ובינו לבין הקו הירוק מובלעות פלסטיניות, שבהן מתגוררים עשרות אלפי בני אדם, שהפגיעה ברקמת חייהם היא בלתי נסבלת.
נוכח הבעיות החמורות שיצר תוואי הגדר היה צורך בהקמת מעברים בגדר ההפרדה, על מנת למזער את הפגיעה האנושה באוכלוסיה האזרחית ולאפשר תנועת פלסטינים אל אדמותיהם, אל מקומות עבודתם ואל בני משפחותיהם, שמצדה האחר של הגדר. כדי לאפשר לתושבים להתפרנס וכדי למנוע אובדן של גידולים חקלאיים, שבהם תלויה פרנסתם של מרבית תושבי האזור, יש צורך להקפיד על מעבר סדיר של התושבים אל שדותיהם. הבעיה היא, כפי שמודגש בעתירה, ששעות פתיחתם של המעברים בגדר מוגבלות ביותר ושרירותיות, ואינן עונות כלל ועיקר על צרכיה הבסיסיים של האוכלוסיה האזרחית המתגוררת באזור. בעתירה נטען, כי גם במקרים בהם שעות הפתיחה המצומצמות מתפרסמות, אין צה"ל עומד בלוח הזמנים שבו הוא עצמו נקב, תוך התעלמות מצרכי האוכלוסיה. יתר על כן, ישנם שערים שאינם נפתחים כלל, וישנם מקרים שבהם כל השערים נסגרים למשך ימים שלמים.
אחד הכפרים שנפגע קשות כתוצאה מהקמתה של הגדר הוא הכפר ג`יוס, שלמעלה מ-80% מאדמותיו החקלאיות, וכמעט כל מקורות המים שלו, נותרו בצדה המערבי של הגדר: מאז הקמתה של הגדר מנותק הכפר מתחנות השאיבה ששימשוהו לחקלאות ולשתיה, והתושבים נאלצים לרכוש בעלות גבוהה מאוד מים לשתיה ולצריכה ביתית ולהובילם לכפרם במיכליות. באזור הכפר קבועים בגדר שני שערים, שאינם מאוישים. אחד מהם סגור באופן קבוע, והשני סגור במשך רוב שעות היממה. על גבי אחד השערים תלה צה"ל מזכר, שבו צוין, כי השערים ייפתחו שלוש פעמים ביממה לפרקי זמן קצרים, המפורטים במזכר. בפועל פתיחת השער אינה סדירה, השעות משתנות, ומשך הפתיחה קצר לרוב מהמוצהר על ידי הצבא. תושבים, המבקשים לצאת אל אדמתם, ממתינים לעתים במשך שעות עד להגעתם של החיילים. כאשר החיילים מגיעים לשער, הם מאפשרים מעבר של התושבים הממתינים במקום ואשר ברשותם אישורים, ופעמים רבות סוגרים אותו מיד. מכיוון שלעתים קרובות השער לא נותר פתוח, אלא לצורך העברת הממתינים במקום, הדרך היחידה לזכות לעבור את הגדר היא להמתין, לעתים שעות, בסמוך לשער. בכמה מקרים, מצוין בעתירה, הגיעו תושבים אל השער מיד כשננעל ובעוד החיילים מצויים במקום, אך למרות תחינותיהם, החיילים סירבו לפתוח את השער שנית ועזבו את המקום. בתקופת החגים בישראל השערים לא נפתחו כלל במשך 12 ימים, ובמשך כשבוע לאחר מכן נמנע מעברם של גברים מתחת לגיל 38, שהינם כוח העבודה העיקרי בחקלאות. אל בעיית התזמון של פתיחת השערים, נאמר בעתירה, מצטרפת העובדה, שכ-150 חקלאים מן הכפר לא קיבלו לידם עד כה את אישורי המעבר, ובסך הכל רק כ-40% מהחקלאים בכפר מצליחים להגיע אל אדמותיהם ולעבדן, וגם זאת לרוב ללא ציודם החקלאי. כתוצאה ממגבלות אלה, אבד חלק ניכר מן התוצרת החקלאית. כך, למשל, נפגעו כ-90% מיבול הגויאבות, בשל אי-יכולתם של המגדלים לקטוף את הפירות. בעתירה מפורטות עוד פגיעות רבות ואנושות בפרנסתם של תושבי כפר זה ובתושבי כפרים נוספים, דוגמת ח`רבת ג`בארה. אחת הפגיעות החמורות ביותר בתושבי כפר זה היא הפגיעה בילדי הכפר, אשר נדרשים לעבור בשער הקבוע בגדר ההפרדה בדרכם אל בתי הספר שלהם. הילדים נדרשים להמתין שעות ארוכות ליד השערים, עד שאלה ייפתחו, בטרם יוכלו לעשות את דרכם לבתי הספר או חזרה אל הכפר.
עו"ד אל-עג`ו טוענת בעתירה, כי לא ניתן להצדיק שיתוק של חיי האוכלוסיה האזרחית וכליאתה במנותק מסביבתה המשפחתית-חברתית, מאדמותיה החקלאיות, מהשווקים, ממקורות פרנסתה, ממוסדות החינוך ומשירותי הבריאות, בטענה שזהו האיזון הראוי להשגת הבטחון. צה"ל לא שקל כראוי את היקף הפגיעה, בעיקר בהתחשב בכך שמדובר בפגיעה מתמשכת ולא בהגבלה חולפת. כתוצאה ממדיניותו של צה"ל בנוגע לסגירת השערים הפכו הכפרים הסמוכים למכלאות, כאשר הצבא מהווה מעין סוהר, המורה על פתיחת המכלאות וסגירתן לפי שיקול דעתו המוחלט, תוך התעלמות מצרכי האוכלוסיה האזרחית. כל אלה, נטען, עלולים לגרום להצטברות של תסכול, כעס, עוני, אבטלה, מתיחות ושנאה. עוד נטען בעתירה, כי צה"ל יכול להגשים את תכלית מדיניותו ע"י קיום פיקוח על המעברים באופן שמחד גיסא ימנע כניסתם של מפגעים אל שטח המדינה, ומאידך יקטין באופן משמעותי את הפגיעה באוכלוסיה האזרחית. מדיניותו של צה"ל בעניין זה מהווה ענישה קולקטיבית, אשר נאסרה בדין הבינלאומי ואף מנוגדת להתחייבויותיו המפורשות בפני בג"ץ. לפיכך מתבקשים שופטי בג"ץ להורות לצה"ל לפתוח את השערים שלאורך הגדר באופן שיאפשר מעבר סדיר ושוטף של התושבים דרכם, על כלי הרכב שלהם וציודם החקלאי.
