האגודה לזכויות האזרח פנתה ב- 20.1.03 בדחיפות לאלוף פיקוד מרכז האלוף משה קפלינסקי בעקבות הוראת צה"ל על סגירת מכללת פוליטכניק-פלסטין ואוניברסיטת חברון. תוקפו של צו הסגירה הנו למשך 14 יום והוא ניתן להארכה עד לתקופה של חצי שנה. סגירת המכללות נומקה בכך שהתנהלה בהן פעילות בלתי חוקית ובפתיחת המוסד יהיה כדי לפגוע בביטחון האזור, בביטחון כוחות צה"ל ובסדר הציבורי. בתגובה אומרת האגודה לזכויות האזרח, כי אם לצה"ל יש ראיות על פעילות בלתי חוקית עליו לפעול נגד מפרי החוק בלבד, ולא לפגוע באלפי הסטודנטים והמרצים על לא עוול בכפם.
בפנייה הדחופה ששלחה עו"ד נעה שטיין מהאגודה לזכויות האזרח נאמר, כי במכללת פוליטכניק-פלסטין לומדים כ- 2,400 תלמידים, במקצועות טכנולוגיים, ובאוניברסיטת חברון לומדים כ- 2,500 תלמידים, בעיקר לימודי דת. תלמידים אלה היו אמורים לגשת לבחינות הסמסטר במהלך השבוע. סגל המרצים וצוות העובדים המועסק במכללות מושבת מעבודה, ומשמעות הדבר גזירת אבטלה ומחסור על מאות משפחות. משמעות הסגירה עבור התלמידים היא פגיעה בוטה בזכותם לרכוש השכלה ומקצוע ולהשתלב במערך התעסוקה.
עו"ד שטיין מדגישה, כי הממשל הצבאי בגדה המערבית מחוייב, כבעל השליטה האפקטיבית בגדה, לשמור על הסדר הציבורי ולהבטיח את קיומם התקין של חיי האוכלוסיה האזרחית, חובה המעוגנת באמנת האג. כמו כן לפי אמנת האג, מחוייב הממשל הצבאי לכבד רכוש פרטי ולהימנע מתפיסה או מגרימת נזק למוסדות דת, חינוך, אמנות ומדע.
עוד מציינת עו"ד שטיין בפני אלוף פיקוד המרכז, כי השימוש בסמכות הנתונה למפקד צה"ל בגדה המערבית מכוח הצו בדבר הוראות ביטחון צריך להיעשות מתוך איזון בין צרכי הצבא וחובותיו של הצבא כלפי האוכלוסיה האזרחית. בבואו להפעיל את סמכותו מחוייב מפקד כוחות צה"ל לשקול את הפגיעה שתיגרם כתוצאה מהפעלת הסמכות וכן לבחון אלטרנטיבות אחרות להשגת המטרה הצבאית.
האגודה לזכויות האזרח מתריעה, כי סגירתם של מוסדות חינוך, המשמשים את הציבור כולו, ופגיעה בזכותם של אלפי סטודנטים לחינוך, בחופש האקדמי של סגל המרצים ובזכותם של כלל עובדי המכללות לעבוד למחייתם, מענישה אותם על לא עוול בכפם. בכך, פועל צה"ל בניגוד לעקרון, כי איש בשל עבירתו יענש ובניגוד לאיסור המוחלט על ענישה קולקטיבית, אשר מעוגן אף באמנות בינלאומיות שישראל מחוייבת לפעול על פיהן. הרושם המתקבל מן הצעדים הננקטים על ידי צה"ל הוא של בחירה בדרך שיש בה היענות מוחלטת לצרכים הנקבעים ע"י כוחות הביטחון והתעלמות מן הצורך בבחינת אלטרנטיבות, אשר ימנעו פגיעה בזכויות האדם של האוכלוסיה האזרחית.
