בתגובה לדבריו של הרמטכ"ל בתקשורת לפיהם נ כ ו ן לא לבצע פקודות בלתי חוקיות בעליל מדגישה האגודה לזכויות האזרח, כי א ס ו ר לבצע פקודות שכאלה. ביצוע פקודה בלתי חוקית בעליל הוא עבירה פלילית.
האגודה לזכויות האזרח מתריעה, כי פעולות רבות של צה"ל בשטחים הינן בבחינת ביצוע של פקודות בלתי חוקיות בעליל. בכלל זה, מניעת טיפול רפואי והעברת תרופות ומים, כפיה על פלסטינים לבדוק חפצים חשודים במקום חבלני צה"ל, התעללות באזרחים במחסומי צה"ל, פעולות "חישוף" והריסת בתים של אזרחים. האגודה לזכויות האזרח מודיעה שתגן על כל חייל שיסרב לבצע פקודות אלה.
האגודה מציינת, כי הפרות זכויות האדם המתבצעות היום בשטחים הן מהבוטות ביותר מאז 1967. זכותה וחובתה של ישראל להגן על אזרחיה ולשמור על ביטחונם, אך אין בכך הצדקה להוציא להורג ללא משפט או למנוע באופן גורף אספקת מזון, שירותי רפואה, פרנסה וחינוך מהתושבים הפלסטינים.
