"לא יהא אדם נתון לעינויים, ולא ליחס או לעונש אכזריים, בלתי אנושיים או משפילים" (סעיף 5)
השב"כ חוקר חשודים בשיטות הכוללות בידוד ממושך, תנאי מעצר בלתי-אנושיים, שלילת שינה לימים ושבועות, הגבלות חושיות – באמצעות כיסוי ראש העציר בשק מטונף והשמעת מוסיקה רועשת לזמן ממושך, כבילה הדוקה לתקופות ארוכות, כפיית העציר לשבת על שרפרף נמוך, לעמוד או לכרוע בתנוחות מכאיבות, למשך זמן רב, חשיפה לחום לוהט או לקור מקפיא לתקופה ממושכת, איומים, לרבות איומים מיניים ואיומי מוות, מכות, סטירות ובעיטות, טלטול אלים. השיטות הללו מופעלות במשולב, בעת ובעונה אחת, ולתקופה ממושכת, באופן המגביר את הסבל פי כמה. לעתים גרמו שיטות חקירה אלה לנזק מוחי ואף למות. על פי הערכה, כל שנה נחקרים על ידי השב"כ 1,500-1,000 פלסטינים, וכלפי כ- 85% מהם מופעלים אמצעי חקירה המהווים עינויים.
בניגוד להתחייבויותיה הבינלאומיות, לא חוקקה ישראל חוק נגד עינויים. יתר על כן, המדינה – ועד כה, בתי המשפט – רואה ב"הגנת הצורך" צידוק לשימוש בעינויים.
תנאי הכליאה בישראל הם קשים ומשפילים, ובחלק מהמקרים בלתי-אנושיים. באופן אירוני, אנשים שנעצרו ואשמתם טרם הוכחה כלואים בבתי מעצר משטרתיים בתנאים קשים יותר מאלה של אסירים שהורשעו ומרצים את עונשם. גם עצירים שהוגש נגדם כתב אישום מוחזקים בבתי מעצר משטרתיים בתנאים קשים, למרות פסק דין שקבע שהם זכאים לתנאים של אסירים. זכויותיהם של עצירים ואסירים בטחוניים נחותות במידה ניכרת מאלו של אסירים ועצירים פליליים.
תנאי הכליאה בכלא אל-חיאם בדרום לבנון, קשים במיוחד. הכלא נתון, אומנם, באופן רשמי תחת שליטת צד"ל, אולם בפועל יש לישראל שליטה ופיקוח על הנעשה בו, לרבות ניהול שוטף של הכלא, אספקת ציוד והעברת עצורים אל הכלא וממנו.
