בג"ץ בהרכב מורחב של תשעה שופטים בראשות הנשיא אהרן ברק, קיבל ב-6.9.99 פה אחד את שבע העתירות שהוגשו נגד השימוש בעינויים בחקירות השב"כ, והפך את הצו על תנאי למוחלט. בפסק הדין קובע בג"ץ, כי "אין לשב"כ סמכות "לטלטל" אדם, להחזיקו בתנוחת "שבאח"….לחייבו ב"כריעת צפרדע", ולמנוע ממנו שינה באופן שאינו מתחייב מצרכי החקירה". בכך קיבל בג"ץ את הטענות שהועלו בעתירות, לפיהן משתמש השב"כ באמצעים בלתי חוקיים בחקירותיו. עוד ציין בג"ץ בפסק הדין, כי סמכות החקירה הנתונה לשוטרים היא זו שעומדת אף לחוקרי השב"כ. לגבי טענת המדינה, כי עומדת להגנת חוקרי השב"כ הגנת "הצורך" פסק בג"ץ, כי סייג "הצורך" אינו יכול לשמש מקור סמכות לחוקרי השב"כ לנקיטת אמצעי חקירה שיש בהם הפעלת לחץ פיזי כלפי הנחקר.
כזכור, לפני כשנה וחצי החליט בג"ץ לקיים דיון עקרוני משותף בעתירות נגד השימוש בעינויים בחקירות השב"כ. בג"ץ בהרכב 9 שופטים קבע, כי במסגרת הדיון העקרוני יידונו שבע עתירות שהוגשו בעבר והעלו טענות עקרוניות כנגד השימוש בשיטת העינויים בחקירות השב"כ, ביניהן העתירה שהגישה לבג"צ לפני כארבע שנים האגודה לזכויות האזרח בישראל, כנגד השימוש בשיטת הטלטולים בחקירות השב"כ. באפריל 1995 נפטר עבדל צאמד חריזאת, לאחר שטולטל קדימה ואחורה על ידי חוקרי השב"כ בעת שהוחזק במגרש הרוסים בירושלים. מותו של חריזאת וחוות הדעת הרפואיות שניתנו בעקבותיו הוכיחו, כי אמצעי הטלטולים עלול לגרום לפגיעה מוחית בלתי הפיכה בנחקרים ואף למותם. בעקבות מותו של חריזאת הגישה האגודה לזכויות האזרח עתירה בעניין חוקיות השימוש בשיטת הטלטולים בחקירות שב"כ.
בתגובה לפסק הדין אמר עו"ד דן יקיר, היועץ המשפטי של האגודה לזכויות האזרח, כי למרות האווירה הציבורית הקשה קיבל היום בג"ץ את ההחלטה האמיצה היחידה הראויה, שאין להתיר במדינה מתוקנת שימוש בעינויים בחקירות. בשנים האחרונות העדיף בג"ץ את הטענות על שיקולי הביטחון על פני זכויות האדם, ובשמן התיר פגיעות חמורות בזכויות אדם בסיסיות כמו גירוש והריסת בתים. היום יצק בג"ץ לראשונה תוכן של ממש להגנה של חוק היסוד על כבוד האדם וחירותו.
האגודה לזכויות האזרח הגיבה, כי החלטת בג"צ איננה פוגעת בביטחון המדינה ואינה מפחיתה מהיעילות של חקירות השב"כ. האגודה לזכויות האזרח הביעה את ביטחונה המלא, כי לרשות השב"כ אמצעים יעילים ומתוחכמים, העומדים במסגרת החוק והשמירה על זכויות האדם, שיאפשרו לו לעמוד במשימות החשובות עליהן הוא מופקד – הגנה על חיי אדם ובטחון המדינה.
היועץ המשפטי של האגודה לזכויות האזרח, עו"ד דן יקיר הדגיש, כי רוחו של כל משטר נאור נמדדת דווקא ביכולתו שלא לחרוג מאמות מידה מוסריות בסיסיות גם בזמנים הקשים ביותר, ואף תוך התמודדות עם האויבים הקשים ביותר. מדינת ישראל, על אף מלחמתה הבלתי פוסקת בטרור, מבקשת להידמות למתוקנות שבמדינות תבל, בהן אסור השימוש בעינויים באופן מוחלט. עוד הוסיף וציין עו"ד יקיר כי יתרה מזו, מדינות נאורות, שבהן אסורה לחלוטין כל הפעלת אמצעי לחץ פיזי או פסיכולוגי נגד נחקרים (למשל ארה"ב, בריטניה, וספרד), נלחמות בטרור במידה לא פחותה של הצלחה ממדינות בהן עינויים ויחס משפיל ובלתי אנושי הם חלק משגרת פעולתו של השלטון כנגד אויביו (כגון טורקיה, אלג`יריה, מכסיקו או פרו). כמדינה נאורה ומתוקנת על ישראל להימנע משימוש בשיטות חקירה פסולות מיסודן, המזכירות מרתפי חקירות של משטרים חשוכים.
