האגודה לזכויות האזרח מביעה זעזוע מתוצאות ההשתלטות הצבאית על משט הספינות לעזה, וקוראת לחקירה עצמאית של האירוע: אסור היה שמשט שתכליתו המוצהרת העברת ציוד הומניטרי ומחאה נגד המצור המוטל ע"י ישראל על רצועת עזה, יסתיים בהריגתם ופציעתם של עשרות ממשתתפיו
לדברי חגי אלעד, מנכ"ל האגודה לזכויות האזרח, "אותה התנהלות כוחנית שכופה על מיליון וחצי תושבי עזה מצור מזה ארבע שנים, היא גם זו שהביאה לפעולה הצבאית שהסתיימה בפצועים והרוגים. בנסיבות אלו, יש הכרח לקיים חקירה מיידית על ידי גורם עצמאי של האירועים והשתלשלותם. הדברים מקבלים משנה תוקף לנוכח ניסיונות המיסוך האלקטרוני והגבלת הסיקור התקשורתי הפתוח, אשר הוטלו על האירוע."
האגודה לזכויות האזרח שבה וקוראת לממשלת ישראל להסיר את המצור הבלתי מוסרי והבלתי חוקי הפוגע באורח אנוש באוכלוסייה האזרחית בעזה.
