בעקבות החשש שמחסום ראס ח'מיס שבצפון ירושלים ייחסם בימים הקרובים, ולא יאפשר לתושבי השכונה הירושלמים מעבר לתוך העיר, פנתה האגודה לזכויות האזרח למשטרת ישראל בדרישה דחופה כי לא יסגרו את המחסום, וזאת לאור אי קיום התחייבויות מערכת הביטחון לבג"ץ בעניין תוואי הגדר באזור.
בכוונת הרשויות להעביר את תנועת אנשי השכונה למעבר מ.פ. שועפט הסמוך. אלא שבשנת 2008 התחייבה המדינה בבית המשפט שמחסום ראס ח'מיס ימשיך לפעול עד שבמחסום שועפט יתקיימו מספר תנאים, הכוללים: מעבר של עד 5,000 אנשים בשעת העומס; שישה שרוולים להולכי רגל ועוד שני שרוולים למעבר רגלי של תלמידים; וארבעה נתיבי תנועה לכלי רכב. בפועל, מצב זה רחוק מהמציאות: רק שני שרוולים להולכי רגל פתוחים במקום, ומספר הנתיבים לכלי רכב נע בין שניים לארבעה בהתאם לשעה וליום בשבוע. בנוסף, מאז מתן ההתחייבויות בבג"ץ גדלה מאוד האוכלוסייה באזור, ויש צורך שהמחסום יתרחב ויאפשר מעבר של יותר מ-5,000 תושבים בשעה.
עו"ד נסרין עליאן כותבת בפניה: "סגירת מחסום ראס ח'מיס בעת הזו, טרם עמידתכם בהתחייבויותיכם בנוגע למחסום מ.פ שועפט, תהווה פגיעה קשה ובלתי מידתית בחופש התנועה של האוכלוסייה, אשר תלויה במעבר במחסום, וכיוצא בכך, פגיעה בזכויותיהם של התושבים להתפרנס, לקבל טיפול רפואי, ללמוד, להתפלל במקומות הקדושים, ולבקר את קרוביהם".
בניגוד להחלטת בג"ץ: עשרות אלפי תושבי שועפט יעברו דרך מחסום אחד בלבד, הארץ, 27.8.2012
פניית האגודה בנושא, מרץ 2012