בג"ץ 10463/08 המרכז לקידום פליטים אפריקאיים נגד משרד הפנים
תשעה ארגוני זכויות אדם, ובהם האגודה, הגישו ב-10.12.08 עתירה לבג"ץ בעניין החלטתו של משרד הפנים לאסור על המשך שהייתם של מבקשי מקלט אפריקאים באילת. מבקשי המקלט, כ-2,000 בני אדם, שהגיעו לאילת בעידוד הרשויות, נדרשו לעזוב את העיר ולאבד באחת עבודה, דיור, ביטוח רפואי ושירותי חינוך, שאחרת – ייעצרו. בעתירה מתוארת בהרחבה האנדרלמוסיה ששוררת בתחום הסדרת שהייתם ועבודתם של מבקשי מקלט סודנים ואריתראים בישראל.
השופטת פרוקצ'יה אסרה על פעולות אכיפה נגד הפליטים באילת עד לסיום הדיון בעתירה.
בהודעה מעדכנת באוגוסט 2009 הודיעה פרקליטות המדינה כי "שר הפנים החליט, בנוגע למסתננים שלעת הזו לא ניתן להרחיקם למדינת אזרחותם, מטעמים כאלו ואחרים, כי תתאפשר שהייתם בכל האזורים". לפיכך מחקו הארגונים את העתירה.
החלטה, 25.12.08