האגודה לזכויות האזרח קוראת ליישם את המלצתה של ועדת וינוגרד לחקור אירועים ופעולות צבאיות, אשר על פי החשד גרמו להפרה בוטה של כללי המשפט ההומניטארי. יחד עם זאת האגודה מביעה אכזבה קשה מהחלטתה של ועדת וינוגרד שלא לחקור לעומק בעצמה את החשדות הללו, וקוראת לכן לפתיחה בחקירה עצמאית של הנושא על ידי גורם חוץ-צבאי.
בספטמבר 2006 פנתה האגודה לזכויות האזרח לוועדת וינוגרד בדרישה לברר במסגרת חקירותיה גם חשדות להפרת כללי המשפט ההומניטארי, לרבות הפרה בוטה של עקרון ההבחנה בין מטרות אזרחיות לבין מטרות צבאיות. האגודה דרשה לחקור את השימוש בפצצות מצרר בשטחים בנויים, הרג עשרות אזרחים חפים מפשע בהפגזת בניין המגורים בכפר קאנא, וכן התבטאויות חמורות של שרים בממשלה, אשר קראו "לשטח כפרים שלמים" בדרום לבנון.
בהתייחסותה לירי פצצות מצרר בתוך שטחים בנויים קבעה הוועדה, כי "פרשנות מרחיבה, המתירה לירות בחימוש מסוג מצרר גם למטרות צבאיות, הנמצאות במקומות בהם הנפלים עלולים לפגוע באזרחים – אף אם רק לאחר שובם – על פי שקלולו של מפקד צבאי בשטח בלבד – אינה תואמת את הרציונאל שבבסיס ההגבלות על השימוש במצרר… איננו סבורים כי הרחבת כללי השימוש בחימוש מסוג מצרר, שיש עמו נפלים רבים, לשטחים כאלה, ללא בקרות מחמירות ופרטניות – אף אחרי שיושביהם פונו זמנית – היא הרחבה קבילה". קביעות אלה מחזקות את עמדת האגודה לזכויות האזרח, לפיה השימוש בפצצות מצרר במלחמת לבנון נעשה תוך הפרה בוטה של כללי המשפט ההומניטארי.
האגודה תמהה ומאוכזבת מהחלטת הוועדה שלא לחקור בעצמה סוגיות אלה ולהסתפק בהערות כלליות, בהתבסס בין השאר על נכונותה של ישראל לחקור תלונות על פגיעה בלתי מוצדקת באוכלוסייה אזרחית. זאת, תוך התעלמות מהעובדה, כי התחקירים שבוצעו עד כה בנושאים אלו היו תחקירים שערך הצבא, אשר מטבע הדברים ועל סמך ניסיון העבר המר, אינם יורדים לשורש האמת.
אחד מנימוקי הוועדה לאי בדיקתן של הסוגיות הללו – כי חקירת נושא הפרת המשפט ההומניטארי תשמש כלי תעמולה נגד ישראל – מטריד ומקומם. האגודה מביעה דאגה עמוקה מכך שהוועדה, אשר לקחה על עצמה לחקור את האירועים ללא מורא וללא משוא פנים, רואה את השיקול הזר של החשש מהשלכות תעמולתיות כרלוונטי. יש להדגיש, כי מהות החקירה של האירועים ככלי חיוני בהתנהלות דמוקרטית מבוססת על היכולת לבחון את הדברים לאשורם ולעומקם ולא על פי אמת מידה של הצטיירותם בארץ או בחו"ל.
האגודה שבה ומדגישה, כי אין די בהמלצת הוועדה לערוך בדיקה של ההגבלות על ירי פצצות מצרר לצורך שינוי הפקודות בעתיד. האגודה קוראת לפתיחת חקירה פלילית עצמאית של גורם חוץ-צבאי, לצורך בדיקת אחריותם האישית של כל המעורבים בשימוש בתחמושת מצרר בשטחים בנויים, אשר גרם להרג אזרחים חפים מפשע.
בנוסף קוראת האגודה למערכת הביטחון למסור מפה של האזורים, בהם הופלו פצצות מצרר, כדי לסייע לגורמים הומניטאריים לנטרל את סכנת הנפלים שטרם התפוצצו ולחסוך בכך חייהם של אזרחים תמימים, אשר עדיין עלולים להיפגע מהם.
