בג"ץ קיבל באופן חלקי (בפסק דין שנחתם ביום 19.7.07) עתירה שהגישה האגודה לזכויות האזרח בשמם של תושבי הכפר הפלסטיני נעלין ותושב היישוב הישראלי שילת, נגד תוואי הגדר ליד הכפר נעלין באזור מודיעין. פסק הדין מקבל את טענות האגודה בכל הנוגע לקטע גדר, שבסמוך לו תוכננה הרחבה של ההתנחלות מודיעין עלית. השופטים (הנשיאה דורית ביניש, המשנה לנשיאה, אליעזר ריבלין, והשופטת איילה פרוקצ'יה) הורו למדינה להרחיק את התוואי מעבר לשטח השכונה המתוכננת.
העתירה הוכנה בידי עו"ד אבנר פינצ'וק מהאגודה לזכויות האזרח במהלך שבת אחת במחצית מרץ 2004 והוגשה אור ליום ראשון, שעה שהדחפורים בשטח עמדו לחדש את פעילותם. עם הגשת העתירה הופסקו העבודות באזור. התוואי שתוכנן באותה עת עבר לא הרחק מבתי נעלין, השאיר את מרבית מטעי הכפר בצד "הישראלי" של הגדר, ואיים להביא לפגיעה קשה ביותר בפרנסתם של בעלי האדמות הפלסטינים.
המאבק על תוואי הגדר באדמות נעלין התמקד בשתי גזרות. בגזרה המערבית החליט הצבא במהלך ההתדיינות לוותר לחלוטין על כוונתו להצמיד את הגדר לבתי הכפר, והרחיק אותה אל עבר הקו הירוק. בגזרה הדרומית עובר התוואי בין בתי נעלין לבין ההתנחלויות חשמונאים ומודיעין עלית שמדרום. במהלך ההתדיינות הרחיק הצבא את התוואי פעמיים לכיוון דרום – לכיוון ההתנחלויות. אלא שבשלב מסויים התברר, שקטע מסויים של התוואי חולף בסמוך לגבעה, שבבעלות חברה ישראלית המתכננת לבנות עליה שכונה חדשה. הצבא הודיע, כי לאחר ששב ושקל בדבר, הוא החליט שמבחינה ביטחונית יש להעביר את התוואי באופן שמותיר את הגבעה בצד "הישראלי" של הגדר. נטען אז, שהתוואי שנבחר בסופו של דבר עדיף, משום שהוא מרוחק מבתי ההתנחלות כ-500-600 מ', בעוד שהתוואי הדרומי רחוק מהם רק 300-350 מ'.
האגודה לזכויות האזרח טענה, תוך הסתייעות בעמותת במקום – מתכננים למען זכויות אדם, כי מדובר בשיקול זר – הרצון להרחיב את ההתנחלות ולא הגנה על המתנחלים, המתגוררים בה כיום – והצביעה על כך, שהצבא התיר למתכנני השכונה החדשה לתכנן אותה באופן שבתיה יהיו מרוחקים מרחק 150 מ' בלבד מהגדר. המועצה לשלום וביטחון שהצטרפה להתדיינות טענה, כי התוואי שנבחר בסופו של דבר משרת פחות טוב את האינטרסים הביטחוניים של ישראל.
בפסק הדין דוחה הנשיאה ביניש את תביעתה של האגודה להקמת גדר ההפרדה על תוואי גדר המערכת הקיימת של ההתנחלויות שמדרום. יחד עם זאת, בכל הנוגע לקטע המסויים, שבקרבתו תוכננה שכונה חדשה, דחו השופטים את טענת הצבא, לפיה התוואי שנבחר הוא מידתי, והורו להרחיק את התוואי דרומה, בסמוך לתוואי שעליו המליצה המועצה לשלום וביטחון. זאת בשים לב לכך, שבעבר סבר המפקד הצבאי, שיוכל למלא את חובתו להגן על תושבי ההתנחלות גם אם תוקם הגדר בחלופה הדרומית של התוואי. בפסק הדין נכתב, כי "התמיהות בנוגע לשינוי בעמדה הביטחונית גוברות לאור העובדה" שהמפקד הצבאי נתן אישור עקרוני לתכנון שכונה חדשה באופן, שבתי השכונה ייבנו במרחק של 150 מטרים מגדר הביטחון. "לא הוברר לנו כיצד הדבר מתיישב עם תפיסת הביטחון בדבר הצורך במרחב התרעה ומרדף של מאות מטרים מבתי תושבים ישראלים", מציינת הנשיאה ביניש, שכתבה את פסק הדין, אשר אושר בידי עמיתיה. אולם בסופו של דבר, ההחלטה לחזור לתוואי הדרומי לא נסמכת על מסקנה, לפיה לא ניתן לתת אמון בטענות שהציג הצבא בפני בג"ץ, אלא על כך ש"בנסיבות העניין לא שוכנענו כי צורכי הביטחון מובטחים במידה משמעותית ורבה יותר" לפי החלופה שנבחרה, בהשוואה לחלופה הדרומית.
אשר לטענותיה של חברת הנדל"ן הישראלית בעלת הקרקע, שעליה התכוונו להקים את השכונה החדשה, נקבע כי "לעניין מימוש תוכנית הבניה, תכנון תוואי גדר הביטחון אינו צריך להתבסס על הרצון לכלול בצידה ה"ישראלי" של הגדר שטחים להרחבת יישובים, בפרט כאשר מדובר בתוכניות מתאר שכלל אינן תקפות… יתרה מכך, ככל שתוכנית מתאר להרחבת ישוב מהווה נימוק יחיד או נימוק דומיננטי לתוואי שקובע המפקד הצבאי, הדבר אינו חוקי. . בהתחשב בטבעה הזמני של הגדר, לשיקול בדבר מימוש עתידי של תוכניות בניה שטרם קיבלו תוקף משקל מוגבל". ובאשר לטענות לפגיעה בזכות קניינית של בעלת הקרקע נאמר: "כשם שצורכי הביטחון עשויים לחייב פגיעה באדמותיהם של התושבים המקומיים וביכולת השימוש בהן, כך הם עשויים לחייב פגיעה גם באדמותיהם של ישראלים וביכולת השימוש בהן".
בג"ץ 2577/04
