שופטי בג"ץ העניקו לצה"ל אורכה של שלושה חודשים לגיבוש נוהל להעברת מידע לפרקליט הצבאי הראשי באשר למקרי הרג של אזרחים פלסטינים, שלא נטלו חלק בפעילות לחימה. זאת על מנת לאפשר לו להגיע בהקדם להחלטה באשר לפתיחה בחקירות מצ"ח (משטרה צבאית חוקרת). השופטת דורית ביניש, שישבה בראש ההרכב, אמרה בדיון, כי קיימת בעיה בשיטה, שבה מסתמך הפרקליט הצבאי הראשי בשיקוליו אם לפתוח בחקירה כזו על התחקיר המבצעי, שתכליתו שונה לחלוטין מתכליתה של חקירה פלילית. הדברים נאמרו היום בעת הדיון בעתירתם של האגודה לזכויות האזרח וארגון בצלם נגד הפצ"ר, בדרישה להורות על פתיחה בחקירת מצ"ח בכל מקרה בו הרגו חיילי צה"ל אזרחים פלסטינים, שלא לקחו חלק בלחימה. בעתירה, אשר הוגשה באוקטובר 2003 בידי עו"ד נעה שטיין מהאגודה לזכויות האזרח ומבוססת על תחקירים מפורטים של ארגון בצלם, מפורטות נסיבות מותם של שמונה פלסטינים, אותם הרגו חיילי צה"ל בין מאי 2002 ומאי 2003.
מאז תחילת אינתיפאדת אל-אקצא ועד 9.7.05 הרגו כוחות הביטחון הישראליים 3,244 פלסטינים, מהם 648 קטינים. לפחות 1,727 מן ההרוגים לא השתתפו בלחימה. לעומת מספרים אלה בולטת העובדה, כי נפתחו רק 131 חקירות מצ"ח בעבירות הקשורות לירי, לא כולן קשורות למקרי מוות. חקירות אלה הובילו להגשת כתבי אישום ב-18 מקרים, מתוכם הומר כתב אישום אחד להעמדה דין משמעתי. עד כה היו שבע הרשעות בפרשות אלה: אחת בהריגה, שתיים בחבלה בכוונה מחמירה, שלוש בגרימת מוות ברשלנות, ואחת בשימוש בלתי חוקי בנשק. מספרים אלה, על אף שיפור מסוים שחל באחרונה, אמרה בדיון עו"ד פאטמה אל-עג`ו מהאגודה לזכויות האזרח, משדרים לחיילים מסר של "אין דין ואין דיין". היא גם הדגישה את הצורך בפתיחה מיידית של חקירות, דבר אשר הינו הכרחי לשם חקר האמת.
בעתירה הדגישו האירגונים, כי חלק ניכר מבין ההרוגים הפלסטינים נפגע במהלך ביצוע של פעולות שיטור (כמו אכיפת עוצר, מעבר במחסומים, פיזור הפגנות), ולא במהלך לחימה. יתרה מזו, התייחסות למתרחש בשטחים כאל "סכסוך מזויין" אינה פוטרת את הצבא מחובתו לחקור כל מקרה בו נפגעו אזרחים שלא השתתפו בלחימה.
זאת ועוד, התחקיר המבצעי נערך ע"י אותם כוחות, אשר את תקינות פעילותם אמורה לבחון החקירה הפלילית של מצ"ח. כאשר תחקיר כזה הינו הבסיס העיקרי להחלטה על פתיחת חקירת מצ"ח, אין להתפלא שמספר החקירות שנפתח הינו זעום ביחס למספר מקרי המוות של אזרחים פלסטינים. הסתמכותו של הפצ"ר על תוצאות התחקיר המבצעי כתנאי לפתיחת חקירת מצ"ח מסכלת למעשה את מטרתה של החקירה הפלילית – חקר האמת. בנוסף, התחקיר מתבצע בידי אנשים, שלא הוכשרו לנהל חקירה מקצועית, ולפחות חלק מהתחקירים נעשים בצורה שטחית ובלתי ממצה. לעיתים התגלו גם סתירות בין ממצאי התחקירים ובין תוצאותיהן של חקירות מצ"ח.
בדיון בעתירה, שנערך בדצמבר 2003, השמיעו שופטי בג"ץ ביקורת נוקבת אודות הנתונים החלקיים והבלתי-מספקים, שהביא צה"ל בתגובה לעתירה. השופטים הורו אז לצה"ל ולפרקליטות המדינה להגיש הודעה משלימה אשר תכלול את מספרי ההרוגים, תוך פירוט של סוגי הפעילות הצבאים במהלכה נהרגו, וכן נתונים ברורים באשר לתחקירים מבצעיים וחקירות מצ"ח שבוצעו בעקבות מקרי מוות אלה. ואולם, גם בתשובתה הארוכה והמפורטת של המדינה, שהוגשה באיחור ניכר, לא נמצאו תשובות ברורות לשאלותיו של בית המשפט. זאת ועוד, מקרים שונים של הרג אזרחים פלסטינים, שאירעו לאחר הגשת העתירה והדיון בה, הצביעו שוב ושוב על הבעייתיות הרבה שבמדיניותו של צה"ל, הנאחז בתחקירים מבצעיים כבסיס להחלטה האם לפתוח בחקירה פלילית. יצוין, כי גם בכירים לשעבר במערכת המשפט הצבאית הביעו ביקורת על התנהלותו זו של הצבא.
בג"צ 9594/03
