במאי 1979 פנה לאגודה לזכויות האזרח חבר האגודה מהרצליה, וביקש "פרטים לגבי פעולותיכם הנוגעות לבעיות ההומוסקסואלים בארץ". מזכיר האגודה דאז, צבי זילברטל (כיום שופט בית המשפט המחוזי בירושלים), השיב לפונה, כי הנהלת האגודה רשמה לפניה את פנייתו "והביעה דעתה שמן הראוי להתייחס לנושא בעתיד. בעבר לא נקטה האגודה בצעדים כלשהם בנושא בעיות ההומוסקסואלים בארץ". עוד התבקש הפונה לפרט מהם לדעתו ההיבטים הדורשים טיפול.
באוגוסט 1983 פנתה מי שהיתה אז יו"ר האגודה לזכויות האזרח, ד"ר רות גביזון (כיום פרופ`, ובינתיים אף הספיקה לכהן כנשיאת האגודה), לראש אכ"א בצה"ל בעקבות פרסום בעיתון על כך שחוזהו של אדם בצה"ל הותר בעקבות תלונה של אשתו על נטיותיו ההומוסקסואליות. במכתב תהתה ד"ר גביזון אם נטייה מינית היא נתון רלבנטי לשירות בצה"ל ואם היא מונעת את המשך השירות. ד"ר גביזון ציינה, כי "אם האדם מילא את תפקידו בצורה משביעת רצון, לא צריך להיות כל טעם טוב וענייני להפסקת שירותו רק בשל העדפותיו המיניות". ראש אכ"א, תא"ל עמוס ירון, השיב באוקטובר 1983, כי נטיות הומוסקסואליות אינן מונעות מחייל שירות צבאי. בארכיון האגודה לא נמצאה תשובה למכתב נוסף של ד"ר גביזון, בו שאלה אם נטיות הומוסקסואליות מגבילות את שירותו של חייל, ואיך מנסה צה"ל לעמוד על נטיות אלו.
מאז עברה האגודה לזכויות האזרח, כמו גם המאבק לשוויון זכויות להומואים וללסביות, כברת דרך ארוכה. מאז סוף שנות ה-80 עומדת האגודה בחזית המאבק בפעילות משפטית, חינוכית וציבורית מגוונת.
בשנת 1989 הגישה האגודה (באמצעות שירה דונביץ) תביעה לבית הדין לעבודה בשם יונתן דנילוביץ נגד חברת אל-על. דנילוביץ, דייל אל על, חי עם בן זוגו מאז 1979. החברה סירבה לבקשתו לקבל כרטיסי טיסה עבור בן זוגו כפי שמקובל באל-על לגבי בני זוג ידועים בציבור. זו היתה הפעם הראשונה בה הוגשה תביעה לקבלת זכויות שוות עבור הומואים. התביעה אף היתה חלוצית בכך שהוגשה כשלוש שנים לפני התיקון לחוק שוויון ההזדמנויות בעבודה, שאסר אפליה בעבודה בשל נטיה מינית (על כך להלן). בשל כך שהליכי הדיון בתביעה התמשכו תקופה ארוכה, בבוא בית הדין האזורי לעבודה להכריע כבר היה מונח בפניו התיקון לחוק. בהסתמך על התיקון לחוק קבע בית הדין, כי מדיניות אל-על מפלה בשל נטייה מינית ולפיכך היא בלתי חוקית. אל-על ערערה לבית הדין הארצי לעבודה, ובהרכב מורחב של שבעה שופטים הערעור נדחה. אל-על לא השלימה עם פסיקות בתי הדין לעבודה, והגישה בשנת 1994 עתירה לבג"צ.
בנובמבר 1994 דחה בג"צ את העתירה. בפסק הדין, שעד היום הוא התקדים החשוב ביותר בנושא, קבע בית המשפט העליון ברוב דעות, כי מדיניות אל-על פוגעת בזכות לשוויון והיא פסולה. בפסק הדין קבע השופט ברק: "עניין לנו בהבחנה שהיא שרירותית ובלתי הוגנת: וכי הפרידה מבן זוג מאותו מין קלה יותר מפרידה מבן זוג מהמין השונה? האם חיי השיתוף בין בני אותו מין שונים הם, מבחינת יחסי השיתוף והאחווה וניהול התא החברתי, מחיי שיתוף אלה בין בני זוג ממין שונה?".
התיקון לחוק שוויון ההזדמנויות בעבודה
בשנת 1989 העלתה "עוצמה", הזרוע הפוליטית של אגודת ההומואים והלסביות, את הרעיון ליזום הצעת חוק, שתאסור אפליה בעבודה בשל נטייה מינית. האגודה ניסחה את הצעת החוק, והיא הוגשה על ידי מספר חברי כנסת ממגוון סיעות הבית בראשותו של מרדכי וירשובסקי. רק שנה קודם לכן ביטלה הכנסת את העבירה של משכב זכר. זו היתה הפעם הראשונה, בה הוגשה בכנסת הצעת חוק שלא באה למנוע פגיעה המעוגנת בחוק נגד הומואים ולסביות, אלא באה להגן על זכויותיהם. האגודה השתתפה בדיוני ועדת העבודה והרווחה בראשות אורה נמיר, שעסקו בהצעת החוק. את מרבית עבודת השדולה בכנסת ביצעו פעילי עוצמה בראשות מרק טננבאום והדר נמיר. למרבה ההפתעה ועדת השרים לחקיקה הודיעה על תמיכתה בהצעה, ובדצמבר 1991 התקבל החוק בקריאה שנייה ושלישית. החוק אוסר אפליה בשל נטיה מינית בעבודה החל מהשלב של מועמדות, עבור בקידום ובתנאי עבודה, וכלה בפיטורין ובתנאי פרישה. כאמור לעיל, התיקון לחוק היווה את הבסיס לכל פסקי הדין בתביעתו של יונתן דנילוביץ. בשנת 1995 תוקן החוק פעם נוספת ביוזמת האגודה כדי להבטיח, כי דיון בתביעה על אפליה בשל נטייה מינית יוכל להישמע בדלתיים סגורות.
בשנת 1996 הגישה האגודה (באמצעות הדס תגרי) עתירה לבג"צ בשם ד"ר טל ירוס-חקק נגד כללים של משרד הבריאות בנוגע לטיפולי הפריה. הכללים קבעו, כי רווקה, המבקשת לקבל תרומת זרע, תצטרך לקבל חוות דעת פסיכיאטרית ודו"ח של עובדת סוציאלית. כמו כן רווקה, המבקשת לעבור הפריה חוץ גופית, תצטרך לקבל חוות דעת של עובדת סוציאלית. טל ירוס-חקק חיה עם בת זוגה אביטל ירוס-חקק מאז 1989. הכללים וההנחיות של משרד הבריאות הפלו את אביטל ירוס-חקק בכך שהתייחסו אליה כאל רווקה, שלא חיה בחיי זוגיות, וכן הפלו ללא הצדקה נגד רווקות. בלחץ שופטי בג"צ ביטל משרד הבריאות את הכללים וההנחיות המפלים. משרד הבריאות אף הינחה את כל המרכזים הרפואיים של טיפולי פוריות, כי אין מקום ליחס שונה כלפי נשים לא נשואות.
בשנת 1996 הגישה האגודה עתירה לבג"צ בשמו של אדיר שטיינר נגד שר הבטחון. אדיר שטיינר חי במשך שבע שנים עם בן זוגו אל"מ ד"ר דורון מייזל ז"ל וסעד אותו עד פטירתו ממחלת הסרטן בה לקה. היחידה להנצחת החייל סירבה להכיר באדיר שטיינר כבן זוגו של חייל צה"ל שנפטר לצורך זכויות הנצחה. לאחר הגשת העתירה הפנה שר הבטחון את הסוגיה למועצה הציבורית להנצחת החייל. לאחר דיון ממושך לא הגיעה המועצה להחלטה, שכן בהצבעה נחלקו הקולות שווה בשווה (8:8). (רק לאחרונה, בעקבות תביעה שהגיש אדיר שטיינר לפי חוק חופש המידע, נחשפו הפרוטוקולים של הדיונים, הכוללים אמירות הומופוביות). שר הבטחון יצחק מרדכי החליט להכיר באדיר שטיינר כבן משפחתו של אל"מ מייזל לצרכי הנצחה, ולפיכך התייתר הדיון בעתירה.
בשנת 1997 הגישה האגודה ביחד עם קל"ף ואגודת ההומואים והלסביות עתירה לבג"צ נגד החלטתו של שר החינוך זבולון המר לאסור את שידור התוכנית "קלפים פתוחים" על בני נוער הומוסקסואלים ולסביות בטלויזיה החינוכית. העתירה הוגשה ביחד עם עוה"ד עירא הדר (עדן) מקל"ף ודורי ספיבק מאגודת ההומואים והלסביות. בעתירה נטען, כי פסילת התוכנית פוגעת בחופש הביטוי, מפלה נגד הומואים ולסביות ומשדרת מסר שלילי כלפיהם. לבג"צ אף הוגשו חוות דעת מומחים של פרופ` איריס לוין מבית הספר לחינוך באוניברסיטת ת"א, פרופ` גבריאל סלומון, דיקן בית הספר לחינוך באוניברסיטת חיפה, ד"ר עדיטל בן ארי מבית הספר לעבודה סוציאלית באוניברסיטת חיפה וחנה לויטה, מנהלת בית הספר התיכון ליד האוניברסיטה העברית, שעמדו על החשיבות החינוכית הרבה שבשידור התוכנית.
בעתירה דן אותו הרכב השופטים שדן בבג"צ דנילוביץ, אך הפעם פסק הדין ניתן פה אחד, כשהוא נכתב על ידי השופט קדמי, שנותר בדעת מיעוט בעניין דנילוביץ. בג"צ הורה לשר החינוך להסיר את התנגדותו לשידור התוכנית. בפסק הדין נקבע, כי העידן בו אנו חיים מטפח את זכויות הפרט ונושא את דגל ההבנה, הסבלנות והסובלנות כלפי מיעוטים וחריגים, לרבות הקהיליה החד מינית. עוד נקבע, כי התוכנית אינה "בלתי מאוזנת" או "אנטי חינוכית", כפי שטען שר החינוך, שכן היא נועדה להכרת התופעה באמצעות מפגש עם צעירים בעלי זהות חד מינית, וכי חינוך אין פירושו חינוך מודרך מטעם, אלא חינוך במשמעות הרחבה ברוח התקופה.
בשנת 1999 הגישה האגודה (באמצעות עו"ד הדס תגרי) עתירה לבג"צ בשם רותי, ניקול ומתן ברנר-קדיש נגד שר הפנים. זאת בשל סירובו לרשום את ניקול כאם המאמצת של מתן. במאי 2000 קיבל בג"צ ברוב דעות את העתירה, והורה למשרד הפנים לרשום את ניקול כאם שנייה של מתן. לאחר מתן פסק הדין ביקש שר הפנים לקיים דיון נוסף בעניין. נשיא בית המשפט העליון נענה לבקשה, וקבע, כי הרכב מורחב של שבעה שופטים ידון בסוגיה. במקביל ביקש משרד הפנים לעכב את הרישום עד למתן פסק דין בדיון הנוסף. השופט ברק דחה את הבקשה, והורה למשרד הפנים לבצע את הרישום ללא דיחוי נוסף. ביולי 2001 נרשמה ניקול כאמו השנייה של מתן, וכך גם מבחינת משרד הפנים למתן יש שתי אמהות.
בשנת 2000 הגישה האגודה עתירה לבג"צ (באמצעות עו"ד אילת גולן-תבורי) בשם בנות זוג נגד בתי הדין הרבניים. בעלה לשעבר של אחת הנשים ואבי בנותיה הגיש תביעה לבית הדין הרבני וקיבל צו, האוסר עליה להיפגש עם בת זוגה בנוכחות הילדות. בג"צ ביטל את הצו, וקבע שהוצא בחוסר סמכות.
בשנת 1998 הגישה האגודה ביחד עם קל"ף ואגודת ההומואים והלסביות עתירה לבג"צ (ביחד עם עו"ד עירא הדר (עדן) ) נגד החלטת שר החינוך יצחק לוי למנוע מקל"ף ומהאגודה להציב דוכן ביריד חומרי לימוד בנושא "הזכות לכבוד והחובה לכבד". בג"צ דחה את העתירה בקובעו, שכיוון שהוגשה יום לפני פתיחת היריד לא ניתן לברר את העניין לעמקו.
בשנת 1998 הגישה האגודה (באמצעות עו"ד דורי ספיבק) חוות דעת למשרד המשפטים, בה הובעה תמיכה בתיקון חוק העונשין להשוואת גיל ההסכמה לקיום יחסי מין בין גברים. האגודה אף השתתפה בדיון רב משתתפים בנושא במשרד המשפטים. בעקבות הדיון גובשה עמדת המשרד בתמיכה בהצעת החוק, שהתקבלה בכנסת בשנת 2000.
קצבת שארים, פיצויי פיטורין וביטוח חיים
- בשנת 1994 הגישה האגודה תביעה לבית הדין לעבודה בשם פרופ` עוזי אבן נגד אוניברסיטת ת"א וקרן הגימלאות של עובדי האוניברסיטה. האוניברסיטה סירבה להעניק לבן זוגו של פרופ` אבן, עמית קמה, את הזכויות המוענקות לבן זוג ידוע בציבור של איש סגל. בעקבות פסק הדין בבג"צ דנילוביץ הסכימה האוניברסיטה לשנות את מדיניותה, ובני זוג בני אותו המין זכאים לכל הזכויות וההטבות – קצבת שארים עם פטירתו של איש הסגל, כרטיס טיסה בשנת שבתון, פטור משכר לימוד, ומנוי זוגי במועדון הספורט.
- גננת, שהיא גימלאית של משרד החינוך, ביקשה להבטיח, כי בת זוגה תהנה מקצבת שארים לאחר פטירתה. בעקבות פניית האגודה בשנת 1998 לנציב שירות המדינה ולמרות לשון החוק הבעייתית, החליט הנציב, כי בן זוג בן אותו המין של עובד מדינה זכאי לקצבת שארים.
- בשנת 1999 פנתה האגודה בשמה של מרצה באוניברסיטה הפתוחה לקרן הפנסיה מבטחים, כדי להבטיח שבת זוגה תזכה לקצבת שארים לאחר פטירתה. מבטחים טענה בתגובה שהתקנון אינו מקנה זכות זו לבן זוג בן אותו המין. לאחר התכתבות ממושכת ופניית האגודה למפקחת על הביטוח במשרד האוצר, הודיע משרד האוצר, כי יש לפרש את התקנון כחל אף על בן זוג בן אותו המין. לאור עמדה זו שינתה מבטחים את מדיניותה.
- בשנת 1997 פנתה האגודה בשמו של בן זוג של עובד שנפטר, ודרשה כי ישולמו לו פיצויי הפיטורין. חוק פיצויי הפיטורין קובע, כי פיצויי פיטורין ישולמו ל"בן זוג של העובד בשעת פטירתו לרבות הידוע בציבור כבן זוגו והא גר עמו". לאחר התכתבות עם חברת הביטוח, בה היה המנוח מבוטח בביטוח מנהלים, שולמו הפיצויים במלואם.
- בשנת 2000 פנתה האגודה למשרד האוצר ולעיריית ת"א-יפו בתלונה על שהסכם ביטוח הרכב וביטוח החיים, המוצע לעובדים, אינו חל על ידועים בציבור, ובכך מופלים אף עובדים שלהם בן זוג בן אותו המין. משרד האוצר שינה את תנאי הפוליסה, כך שהיא הורחבה אף לידועים בציבור.
בשנת 1995 פנתה האגודה למכס בעניין הזכות לשימוש ברכב פטור ממסים ע"י בן הזוג. עולה חדש רכש רכב פטור ממסים. למכס הוגשה תלונה על כך שאדם אחר נוהג ברכב. שניהם הוזמנו לחקירה במכס, וכשהתברר לחוקרים שהם בני זוג, נאמר להם, כי לבן הזוג לא יותר לנהוג ברכב אלא בנוכחותו של העולה. זאת בניגוד לזכותו של ידוע בציבור לנהוג ברכב פטור ממסים על פי נהלי המכס. המכס היפנה את העניין להכרעת היועץ המשפטי לממשלה. לאחר התכתבות ממושכת הינחה היועץ את המכס בשנת 1998 לאפשר אף לבני זוג בני אותו המין לנהוג ברכב פטור ממסים של בן זוגם ללא הגבלה.
בשנת 2000 הגישה האגודה למנהל מס שבח השגה בעקבות סירוב רשויות המס ליתן פטור לבני זוג בני אותו המין. אדיר שטיינר העביר לבן זוגו זכויות בדירה, בה הם מתגוררים, וכפי שמקובל לגבי העברה בין ידועים בציבור, הם ביקשו פטור ממס שבח וממס רכישה. בהשגה נטען, כי יש לפרש את החוק באופן שיבטיח את הזכות לשוויון לבני זוג בני אותו המין. משנדחתה ההשגה, הוגש בשנת 2001 ערר לוועדת הערר שליד בית המשפט המחוזי, והוא תלוי ועומד.
האגודה הגישה מספר תלונות נגד שוטרים, שהטרידו הומואים בגן העצמאות ובמקומות אחרים, ונגד יחס לא ראוי של חוקרי משטרה כלפי הומואים, שהוזמנו לעדות בעקבות מקרי רצח של הומואים. בשנת 1997 האגודה אף השתתפה ביחד עם נציגי אגודת ההומואים והלסביות בפגישה עם מפקד מחוז ת"א דאז, ניצב שלמה אהרונישקי, בה סוכם על צמצום סיורי המשטרה בגן העצמאות ופעולות הדרכה לשוטרים.
בשנת 1994 הגישה האגודה (באמצעות מיכל אהרוני) תלונה למחלקה לחקירות שוטרים בשם חייל, שהוטרד והושפל קשות. החייל עבר בגן שליד תחנת הרכבת בת"א כשקצין משטרה בדרגת פקד ניגש אליו ודרש תעודה מזהה. הקצין דרש את מספר הטלפון שלו, ודרש שיודה שהוא הומו. הוא אף איים עליו במעצר, ואמר לו כי ידוע לו שהוא מזדיין עם בחור אחר שהיה במקום. הקצין קילל אותו, ודרש ממנו להצטרף אליו לניידת תוך שהוא מודיע לו שהוא נלקח למעצר. באמצע הדרך הוריד קצין המשטרה את החייל מן הרכב. בעקבות התלונה הוגש כתב אישום נגד הקצין. למרות שהקצין מסר בעדותו גירסה כוזבת, אימץ בית המשפט את עדות החייל, והרשיע את קצין המשטרה בשימוש לרעה בכח המשרה.
- האגודה השתתפה בישיבות של ועדות הכנסת השונות ובמיוחד בישיבות ועדת המשנה לזכויות הומואים ולסביות בראשות ח"כ יעל דיין.
- האגודה העניקה ייעוץ משפטי לעשרות פונים, שביקשו מידע לגבי זכויותיהם, לעו"ד שייצגו בעלי דין בתביעות, הנוגעות לזכויות הומואים ולסביות, ולאגודת ההומואים והלסביות.
- האגודה מחתה על ביטויים מעליבים או עמדות מפלות כלפי הומואים ולסביות מצד אישי ציבור. כך, למשל, בשנת 1992 מחתה האגודה בפני ח"כ יצחק לוי על פנייתו ליו"ר הכנסת לאסור את קיום הכנס הראשון בנושא בכנסת. בשנת 1995 מחתה האגודה בפני היועץ המשפטי לממשלה על התבטאותו של פרופ` נחום רקובר, מי שהיה באותה עת המשנה ליועמ"ש למשפט עברי, שהשווה יחסי מין בין גברים ליחסי מין עם חיות. בשנת 1996 מחתה האגודה בפני הנשיא עזר וייצמן על דבריו נגד הומואים. בעקבות המכתב התקשר הנשיא לאגודה, וניסה להסביר עמדתו.
- בפעילותה החינוכית דואגת האגודה להגביר את המודעות לזכויות ההומואים והלסביות. כך, למשל, במסגרת הנושא המרכז במערכת החינוך לפני מספר שנים, "הזכות לכבוד והחובה לכבד", ערכה האגודה פאנלים בבתי ספר בנושא הכבוד לאחר, בהם השתתפו הומואים ולסביות.
- בדו"ח מקיף שפרסמה האגודה בשנת 1996, "זכויות האדם בישראל – תמונת מצב", הוקדש פרק לזכויות הומואים ולסביות.
- האגודה מחתה בשנת 2001 בפני קצין חינוך ראשי על החלטתו להשעות את הופעת השבועון "במחנה" בעקבות כתבת שער על שירותו מחוץ לארון של אל"מ (מיל`) אלי שרון.