מנגנון החתימה על אמנות האו"ם מאפשר למדינות להגיש הסתייגויות לגבי חלקים באמנה שאינן מקבלות על עצמן לקיים. ישראל הגישה הסתייגויות בשני עניינים מהותיים.
בעת אישרור האמנה לזכויות אזרחיות ומדיניות הצהירה ישראל על קיומו של מצב חירום במדינה והצהירה כי בהתאם לסעיף 4 (המתיר גריעה מההתחייבות על-פי האמנה, בשעת חירום, בכפוף למגבלות הקבועות בסעיף) היא מסתייגת ממחויבותה לגבי סעיף 9 לאמנה (שעניינו הזכות לחירות אישית ולביטחון אישי).
הסתייגות זו רלוונטית לחוק סמכויות שעת-חירום (מעצרים), 1979, שעניינו מעצרים מינהליים בתוך ישראל ותוקפו מותנה בקיומו של מצב חירום. בדרך כלל מעצרים מינהליים מכוח חוק זה אינם נפוצים, אך ראוי להזכיר כי זה החוק שמכוחו ישראל החזיקה שנים רבות אזרחים לבנונים, כ"קלפי מיקוח".
מעצרים מינהליים של פלסטינים תושבי השטחים מבוצעים מכוח צו צבאי, שאינו מותנה בקיומו של מצב חירום ולכן הסתייגות זו אינה מתייחסת אליו.
בעת אישרור האמנה לזכויות אזרחיות ומדיניות הצהירה ישראל כי ענייני מעמד אישי כפופים בישראל לדין הדתי וכי בכל התנגשות בין הדין הדתי להתחייבויות על פי האמנה יגבר החוק.
בעת אישרור האמנה לביעור כל סוגי ההפליה נגד נשים הסתייגה ישראל מהסעיף שעניינו זכותן השווה של נשים למלא כל תפקיד ציבורי, בנוגע לכהונת נשים בתפקיד שיפוטי בבתי דין דתיים, ומהסעיף בעניין שוויון במסגרת הנישואין, במידה שהדין הדתי אינו תואם את ההוראות שבאמנה.
הסתייגויות אלו רלוונטיות לכל החוקים המסדירים את סמכויות בתי הדין הדתיים והחוקים הנוגעים למעמד אישי. הרשימה שלהלן מייצגת את העיקריים שבהם:
- דבר המלך במועצה על ארץ ישראל, 1922 – הסעיפים המגדירים את בתי הדין המוסלמיים והנוצריים
- חוק בתי דין רבניים (נישואין וגירושין) 1953
- חוק לתיקון דיני משפחה (מזונות), 1959
- חוק בתי הדין הדתיים הדרוזיים, 1962
- חוק הירושה, 1965
עמדת האגודה לזכויות האזרח בישראל היא כי להסתייגות בעניין החלת הדין הדתי על ענייני המעמד האישי אין תוקף.
ההסתייגות נוגדת את חופש הדת והמצפון לו זכאי כל אדם על פי האמנה, שכן היא מתנה את מימוש זכות היסוד להינשא בהשתתפות בטקסים דתיים, שלעתים אינם עולים בקנה אחד עם אמונתם. מי שאינם מוכנים להינשא בטקס דתי, מחויבים לצאת לחו"ל על מנת להינשא, דבר היוצר קשיים ונטל כספי.
בהערה כללית 24 קבעה ועדת האו"ם לזכויות האדם כי מדינה אינה יכולה להסתייג הסתייגות אשר פוגעת בזכות לחופש המחשבה, המצפון והדת. אין צורך להכביר מילים על חומרת הפגיעה בחופש המצפון והדת של אדם אשר נאלץ לבצע טקס דתי הנוגד את אמונתו והשקפתו על מנת להינשא. הוועדה הכירה בפגיעה האמורה וקבעה בהערה כללית 19, בקשר לסעיף 23 לאמנה, כי חופש המחשבה, המצפון והדת משמעם כי החקיקה בכל מדינה חייבת לאפשר קיומם של נישואין אזרחיים.
