אף כאשר עצם היציאה למלחמה מותרת, לא הכל מותר במהלך הלחימה. דיני הלחימה, שהינם חלק מהמשפט הבינלאומי ההומניטרי, קובעים את החובות המוטלות על צדדים לוחמים. מטרתו של משפט זה הינה למצוא את האיזון הנכון בין שני אינטרסים סותרים: אינטרס הצורך הצבאי, והשאיפה למתן הגנה מקסימאלית לאוכלוסייה האזרחית בזמן הלחימה.
המשפט הבינלאומי ההומניטרי, ובראשו אמנת ג'נבה הרביעית והפרוטוקולים הנלווים לה, הינו יציר הסכמתן של מדינות. חלק נכבד ממשפט זה נוצר לאחר מלחמת העולם השנייה ולנוכח זוועותיה, מתוך תקווה שיהיה בו כדי להפחית את הסבל העצום, שנגרם לאוכלוסייה אזרחית במהלך מלחמה. מדינת ישראל חתומה על אמנת ג'נבה. חלק נכבד מהוראותיו של משפט זה מחייב כל מדינה בעולם, בין אם חתמה על האמנה ובין אם לאו. גם ישראל מחויבת לפעול בהתאם להוראותיו של משפט זה.
החובות על פי המשפט הבינלאומי ההומניטרי מחייבות את כל הצדדים, גם אם הצד השני ללחימה אינו עומד בהן. כך, הפרה של הוראות משפט זה מצד ישראל איננה מכשירה הפרות מצד חמאס, ואילו הפרות מצד חמאס אינן מכשירות הפרות מצד ישראל.
החובות החלות על הצדדים הלוחמים במהלך ניהול ההתקפה
שני עקרונות היסוד של המשפט ההומניטרי הינם עקרון ההבחנה בין לוחמים לבין אזרחים ועקרון הפרופורציונאליות. עקרונות אלו נועדו לשרת את מטרת העל של המשפט ההומניטרי: הקטנת הסבל הנגרם לאוכלוסייה האזרחית בעת סכסוכים מזוינים.
בין השאר, נקבע במשפט הבינלאומי כי "בניהול פעולות צבאיות, תינקט זהירות מתמדת במטרה לחוס על האוכלוסייה האזרחית, על אזרחים ועל אובייקטים אזרחיים" (סעיף 57(1) לפרוטוקול). עוד נקבע, כי "התקפה תבוטל או תושעה, אם מתברר כי המטרה איננה מטרה צבאית […] או שניתן לצפות כי תגרום לאובדן נלווה של חיי אזרחים, פציעה נלווית של אזרחים, נזק נלווה לאובייקטים אזרחיים או שילוב של כל אלה, אשר יהיו מופרזים ביחס ליתרון הצבאי הקונקרטי והישיר הצפוי" (סעיף 57(2)(ב) לפרוטוקול).
כללי המשפט ההומניטארי מטילים חובה מפורשת על הכוח הלוחם להבחין בין מטרות צבאיות לבין מטרות אזרחיות. כאשר יש ספק אם יעדים, המשמשים באופן רגיל לצרכים אזרחיים, כגון בנייני מגורים, מבני תפילה או מבני ציבור וממשל, משמשים גם למטרה צבאית, יש להניח שאינם משמשים לכך, ותקיפתם לפיכך אסורה (סעיף 52(3) לפרוטוקול). על פי הדין הבינלאומי גם אם אכן מדובר במטרה צבאית, הסיכון לאזרחים ולמתקנים אזרחיים חייב להילקח בחשבון בתכנון ובביצוע תקיפה. הדין הבינלאומי אוסר על "התקפה שניתן לצפות כי תגרום לאובדן נלווה של חיי אזרחים, פציעה נלווית של אזרחים, נזק נלווה לאובייקטים אזרחיים, או שילוב של כל אלה, אשר יהיו מופרזים ביחס ליתרון הצבאי הקונקרטי והישיר הצפוי".
ירי הטילים שמבצע חמאס לעבר ישראל, שאיננו מכוון למטרה צבאית אלא לפגיעה באזרחים, מהווה הפרה של המשפט הבינלאומי. גם שימוש באוכלוסיה אזרחית כ"מגן אנושי" או ביצוע התקפות מלב ריכוזי אוכלוסייה הינם אסורים בתכלית, ויוצרים סיכון פסול לחיי אזרחים.
גם מעשי ישראל ברצועת עזה מהווים הפרה של המשפט הבינלאומי. כידוע, רצועת עזה היא מהמקומות הצפופים בעולם. חלק נכבד מההתקפות שביצע צה"ל ברצועת עזה כוללות הפגזות ממטוסים לעבר יעדים המצויים בלב ליבה של אוכלוסייה אזרחית, או בסמוך להם. חלק מההתקפות מכוונות לפגיעה ולהרס של מבנים, המשמשים באופן רגיל לצרכים אזרחיים. חלק מהמטרות שתקף צה"ל, ובכללן בנייני הממשל השונים, הינן מטרות אזרחיות במובהק, ולכן אסורות בתקיפה. תקיפות אחרות הופנו נגד מסגדים, בתי ספר ומבני מגורים בטענה ששימשו כמחסני תחמושת, או שמהם או מקרבתם התבצע ירי. התקפה לעבר מקומות מוגנים אלה איננה יכולה להתבצע על סמך חשד כללי, אלא אך ורק על פי מידע מבוסס היטב, וגם אז, הסיכון לחיי אזרחים חייב להילקח בחשבון הן בזמן התכנון והן בזמן ביצוע הפעולה.
יתרה מכך, כל מי שמחליט על שימוש באמצעים אלה לעבר מטרות המצויות בלב אזורי מגורים המאוכלסים בצפיפות או בסמיכות להם, יודע כי הוא מעמיד אזרחים רבים בסכנת חיים ממשית; לא מדובר בסיכון תיאורטי. דפוסי פעולה אלה הובילו, כאמור, להריגתם ולפציעתם של אזרחים רבים.
ביצוען של התקפות יזומות בלב ליבה של אוכלוסייה אזרחית צפופה או בסמיכות רבה לה, יחד עם הנתונים המצטברים על מספרם הניכר של האזרחים מקרב ההרוגים והפצועים, והפגיעה הנמשכת בתשתיות אזרחיות, מעוררים חשש כבד להפרות חמורות של המשפט הבינלאומי ההומניטארי על ידי ישראל.
החובות החלות על ישראל להבטחת צרכיה האזרחיים של האוכלוסייה
גם לאחר ההתנתקות, ישראל שמרה בידיה שליטה נרחבת על רצועת עזה. כתוצאה מכך, וכן כתוצאה מהתלות של עזה בישראל, אותה יצרה ישראל במהלך שנות הכיבוש הארוכות, ממשיכות לחול על ישראל חובות כלפי האוכלוסייה האזרחית בעזה. חובות אלה ימשיכו לחול כל עוד ממשיכה ישראל לשלוט על היבטי חיים נרחבים ברצועה, וכל עוד ישראל איננה מאפשרת לתושבי עזה לקיים ולנהל חיים עצמאיים. כתוצאה מכך, ישראל מחויבת להבטיח, כי באזורי הלחימה האוכלוסייה האזרחית לא תסבול ממחסור במים, חשמל, ציוד רפואי, תרופות ומזון. יתרה מכך, יש חובה להבטיח כי בתי החולים המקומיים יוכלו לתת שירות רפואי סביר בעת הקרבות.
סגירת המעברים ומניעת מעבר מצרכים חיוניים
המערך הרפואי ברצועת עזה היה על סף קריסה עוד בטרם החל המבצע הצבאי. מצב זה הותיר את מערך הרפואה ללא יכולת לטפל בפצועים הרבים כתוצאה מההפצצות.
הצמצום היזום באספקת הדלק לרצועת עזה מאז יום 27.10.2007 וחסימת האספקה של הסולר התעשייתי לרצועה מאז יום 4.11.2008 הגבילו בצורה חמורה את יכולת ייצור החשמל בעזה ובכך שיבשו את פעילותם של מוסדות הומניטאריים חיוניים. מחסור זה היה ידוע היטב לגורמי הביטחון, שכן ארגוני זכויות אדם התריעו עליו באופן חוזר ונשנה. לאור זאת, צפוי היה כי במסגרת המבצע הצבאי יוחרף המחסור. על פי דיני המלחמה, המפקד הצבאי היה צריך להיערך למצב זה, אך לא עשה כן.