כמחצית מהאוכלוסייה הערבית בנגב מתגוררת בשבע עיירות, שהמדינה הקימה, והפכו למוקדי אבטלה ועוני. השאר, כ-80,000 אזרחים ערבים בדואים, מתגוררים ביישובים שהמדינה מסרבת להכיר בהם ולהסדיר את מעמדם, אף על פי שחלקם הגדול הוקם עוד לפני הקמת מדינת ישראל, והאחרים הועברו למקום מושבם הנוכחי בידי המדינה. מזה שנים רבות פועלות ממשלות ישראל מתוך גישה פטרונית, הכופה על האוכלוסייה הערבית מגורים בעיירות, שהמדינה מתכננת עבורם ללא שיתופם וללא התחשבות בתביעותיהם לזכויות בקרקע, באורח החיים ובהרכב הקהילתי של האוכלוסייה הערבית הבדואית בנגב. למרות שהישוב הכפרי הוא אורח החיים המסורתי של הבדואים, ואף על פי שרובם מעונינים להמשיכו, הסדירה המדינה לאחרונה רק שני ישובים כפריים, ושבעה ישובים פרבריים נמצאים בשלבי תכנון. לשם השוואה – בתקופה זו הוקמו 113 יישובים כפריים ועשרות חוות בודדים עבור האוכלוסייה היהודית בנגב.
האגודה לזכויות האזרח עתרה לבג"ץ בשנת 2000 נגד תכנית המתאר המחוזית לנגב, שהפלתה לרעה את ערביי הנגב. בעקבות העתירה הונחו צוותי תכנון מטעם משרד הפנים, לכלול בתכנית המתאר למטרופולין באר שבע פתרונות של התיישבות בדואית כפרית, בתיאום עם נציגי האוכלוסייה, ותוך התחשבות בצרכיה. האגודה לזכויות האזרח פעלה לאפשר לנציגי האוכלוסייה להשפיע על תכני התכנית החדשה (תמ"מ 23/14/4), והדגישה את החובה להתאים את התכנון לצורכי האוכלוסייה ולרצונותיה, ולשמור על עקרונות השוויון והצדק החלוקתי. למרבה הצער, גם התוכנית החדשה, שנמצאת בהליכי תכנון מתקדמים, עודנה לוקה באפליה, חוסר סבירות ושיקולים זרים.
במקביל לאיטיות ההתקדמות במסלול התכנוני, הכריזה ממשלת ישראל על תכניות ממשלתיות, שמטרתן להכריח את האוכלוסייה לוותר על תביעותיה לשוויון בחלוקת משאבי קרקע ותכנון, תוך שימוש במספר אמצעים: הגברת צעדי האכיפה, כגון הריסות בתים והשמדת יבולים; בירור תביעות הבעלות בכלים פורמליים, שעלולים להוביל לעקירת עשרות יישובים שהיו קיימים לפני הקמת מדינת ישראל; ומניעת זכויות בסיסיות כמו מים, חשמל, בריאות וחינוך – כל זאת כדי לרכז את ערביי הנגב ביישובים צפופי אוכלוסייה, שהמדינה תכננה עבורם. במקביל, מתוקצבות תכניות שמטרתן למשוך אוכלוסייה יהודית חזקה לנגב, תוך הקצאת משאבי קרקע ומשאבים אחרים לטובתם, על חשבון אוכלוסיית הנגב (למשל תכנית נגב 2015).
האגודה לזכויות האזרח ממשיכה לפעול למען שוויון וצמיחה בנגב, לקידום מעמד הכפרים הבלתי מוכרים ולקידום תכנון שוויוני וצודק. האגודה דורשת להשקיע את עיקר המשאבים הציבוריים בתכניות פיתוח הנגב למימוש זכויות תושביהם של הכפרים הבלתי מוכרים לכבוד, לשוויון, לחינוך ולבריאות.
