השירות שמספק משרד הפנים לתושבי ירושלים המזרחית, באמצעות לשכת משרד הפנים, אינו עומד בשום אמות-מידה סבירות: אין בה די כוח אדם לטיפול בפונים הרבים; שעות קבלת הקהל קצרות; המקום צר וצפוף וכל פנייה כרוכה בהגעה למקום שעות רבות לפני פתיחת הלשכה (לעיתים נאלצים פונים לבלות את הלילה מול הכניסה ללשכה על מנת להבטיח שיזכו להיכנס אליה למחרת) והמתנה ללא מחסה משמש או גשם, בעמידה בתור ארוך ודחוס (נשים נאלצות לעיתים לפרוש מן התור מפאת הדחיסות והצפיפות הרבה עם ממתינים גברים). לא פעם תושבים הממתינים בתור מתעלפים עקב החום הכבד והדחיסות.
האגודה לזכויות האזרח ומרכז אל-קודס לזכויות חברתיות כלכליות הגישו לבג"צ עתירה נגד משרד הפנים בדרישה לשפר את השרותים, הנהלים והתנאים בלשכה. בדיון בעתירה הודיע שר הפנים כי מקובלות עליו מרבית הטענות, וכי החליט לתגבר את הלשכה בכוח אדם ולהעביר את הטיפול ביציאה לירדן לנקודות המעבר בגשרים. עוד אמר השר כי שינוי המדיניות בנוגע למעמד התושבות בירושלים המזרחית (ראו להלן) אמור להקל על העומס בלשכה בירושלים המזרחית. לקראת הדיון בעתירה הודיע השר כי בתוך חצי שנה תועבר הלשכה למבנה חדש אך בבוקר הדיון בבג"צ חזר בו והודיע כי המעבר יתרחש רק בעוד שנה. יש לציין כי במשך שמונה חודשים, מהגשת העתירה ועד לדיון בבית המשפט, לא טרח משרד הפנים לעשות דבר לשיפור השירות בלשכה.
השופטים מתחו ביקורת חריפה על התנאים בלשכה והורו למשרד הפנים לנקוט צעדים ממשיים לשיפור המצב כבר בתקופה הקרובה.
תושבי ירושלים המזרחית שמעמדם כתושבים נשלל
בין השנים 1996-1999 נשלל מאלפים מהפלסטינים תושבי ירושלים המזרחית מעמדם כתושבי קבע, כתוצאה ממדיניות משרד הפנים, שכונתה "הטרנספר השקט", לפיה פלסטינים תושבי ירושלים ששהו תקופה מסויימת בחו"ל, או עברו להתגורר בשטחים או אף בשכונות שבפאתי ירושלים, איבדו את מעמדם כתושבים, תעודות הזהות שלהם הוחרמו, זכויותיהם הסוציאליות נשללו ויכולתם לעבוד בתחומי ישראל הוגבלה. ביטול מעמדם של תושבי ירושלים נעשה בהליך בלתי הוגן, תוך הפרה בוטה של כללי הצדק הטבעי, ללא תשתית עובדתית, בניגוד לנהלים הקודמים, שעליהם הסתמכו אותם תושבים ולמרות שמרכז חייהם ממשיך להיות בירושלים.
בעקבות עתירה לבג"צ הודיע שר הפנים כי הורה לבטל מדיניות זו וכי מי שמעמדם נשלל מהם במסגרת מדיניות זו יוכרו כתושבים אם יוכיחו שהם גרים בעיר מזה שנתיים. זהו פתרון בעייתי בהתחשב בעובדה שבשנתיים הללו היו מגורים כאלה בלתי-חוקיים ותושבים רבים נאלצו לעזוב בשל כך. מכל מקום, תושבים המבקשים לקבל את מעמדם בחזרה אמורים לעבור הליך הנמשך לפחות שנתיים במסגרתו הם נאלצים לבלות ימים רבים בלשכת משרד הפנים בירושלים המזרחית (ראו לעיל), תוך טרטור ביורוקרטי ודרישות אינסופיות להביא הוכחות שונות לצורך הכרה במעמדם.
